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- PDB-5iz4: Crystal structure of a putative short-chain dehydrogenase/reducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iz4
タイトルCrystal structure of a putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans
要素Putative short-chain dehydrogenase/reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Burkholderia xenovorans / short-chain dehydrogenase/reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / quinone binding / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Short-chain dehydrogenase/reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0753
ポリマ－28,5291
非ポリマー5452
水4,053225
1
A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子

A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子

A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子

A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,29912
ポリマ－114,1174
非ポリマー2,1828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation15_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation16_445-y-1/2,-x-1/2,-z+1/21
Buried area15620 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area32630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.610, 84.610, 135.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-572-

HOH

21A-587-

HOH

31A-602-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative short-chain dehydrogenase/reductase / BuxeA.00010.e.B1


分子量: 28529.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_C0900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13GL4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytic Morpheus f12: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyld-glucosamine; 10mM bicine/Trizma ...詳細: Microlytic Morpheus f12: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyld-glucosamine; 10mM bicine/Trizma base pH 8.5; BuxeA.00010.e.B1.PS37833 at 12.8mg/ml + 3mM NAD, direct cryo; tray: 270602f12, puck jra0-6; only the ADP moiety of NAD was observed in the density

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月17日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→35.865 Å / Num. obs: 25142 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 19.78 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 30.22
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.80.5294.64199.9
1.8-1.840.415.93199.9
1.84-1.90.3437.311100
1.9-1.960.2719.221100
1.96-2.020.2111.831100
2.02-2.090.15715.371100
2.09-2.170.13417.931100
2.17-2.260.10922.34199.9
2.26-2.360.09225.711100
2.36-2.470.07630.31100
2.47-2.610.06535.1199.8
2.61-2.770.05440.87199.9
2.77-2.960.04646.99199.9
2.96-3.20.03756.781100
3.2-3.50.03165.591100
3.5-3.910.02772.831100
3.91-4.520.02678.45199.8
4.52-5.530.02579.311100
5.53-7.830.02975.23199.6
7.83-35.8650.02972.91196.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_2356精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4e3z

4e3z


解像度: 1.75→35.865 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 1900 7.57 %
Rwork0.1521 --
obs0.1543 25101 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84 Å2 / Biso mean: 26.3457 Å2 / Biso min: 11.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→35.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1795 0 35 227 2057
Biso mean--41.71 37.19 -
残基数----247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7972645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.491161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.79380.25171340.187616171751100
1.7938-1.84230.2161150.175116521767100
1.8423-1.89650.21391500.169116061756100
1.8965-1.95770.23811390.173816281767100
1.9577-2.02760.22681350.167416251760100
2.0276-2.10880.21491350.158516341769100
2.1088-2.20480.19141340.153116611795100
2.2048-2.3210.17211510.148316051756100
2.321-2.46640.19741370.151616471784100
2.4664-2.65680.19681390.154716671806100
2.6568-2.9240.20051340.151516721806100
2.924-3.34690.16761330.144816801813100
3.3469-4.21560.15371330.131517011834100
4.2156-35.87270.14891310.15721806193799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6811.16090.56723.27270.67892.6875-0.10150.13120.1303-0.34480.1063-0.061-0.41320.1899-0.00270.3005-0.0370.04240.1524-0.00030.1958-23.980820.120713.5878
22.5010.27590.17820.56480.1270.83090.00140.15150.0498-0.2210.0411-0.0558-0.0560.1151-0.04960.24990.00380.03750.10420.00090.1336-32.51457.577811.0594
34.0774-0.551-0.21080.8189-0.16931.0274-0.0809-0.14440.0217-0.06380.028-0.08980.01790.08610.05980.17660.00540.01020.1051-0.00340.1279-33.90944.680522.3599
42.3409-0.7784-0.71932.11030.53122.39980.09440.06850.2685-0.2496-0.05250.0188-0.2857-0.19360.00120.1690.0048-0.01550.1182-0.00240.1262-35.778415.431228.5959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 69 )A3 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 138 )A70 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 139 through 183 )A139 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 184 through 261 )A184 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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