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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jc8
タイトルCrystal structure of a putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans
要素Putative short-chain dehydrogenase/reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / quinone binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short-chain dehydrogenase/reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans
著者: Conrady, D.G. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
B: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
C: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
D: Putative short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,34122
ポリマ－115,2284
非ポリマー1,11318
水19,0601058
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16730 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area33410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.180, 81.080, 86.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...
21(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...
31(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...
41(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALA(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA4 - 1212 - 20
12VALVALGLYGLY(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA14 - 1822 - 26
13GLYGLYASPASP(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA21 - 4529 - 53
14ASPASPLEULEU(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA47 - 5555 - 63
15LEULEUPROPRO(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA57 - 6765 - 75
16LEULEUVALVAL(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA69 - 7877 - 86
17LEULEUALAALA(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA81 - 8789 - 95
18CYSCYSGLYGLY(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA89 - 9097 - 98
19VALVALASNASN(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA92 - 98100 - 106
110GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA100 - 102108 - 110
111PROPROLEULEU(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA104 - 110112 - 118
112GLUGLUALAALA(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA112 - 116120 - 124
113GLNGLNGLUGLU(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA118 - 138126 - 146
114GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA139147
115ALAALAASPASP(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA4 - 26812 - 276
116ALAALAASPASP(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA4 - 26812 - 276
117ALAALAASPASP(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA4 - 26812 - 276
118ALAALAASPASP(chain A and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...AA4 - 26812 - 276
21ALAALAALAALA(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB4 - 1212 - 20
22VALVALGLYGLY(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB14 - 1822 - 26
23GLYGLYASPASP(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB21 - 4529 - 53
24ASPASPLEULEU(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB47 - 5555 - 63
25LEULEUPROPRO(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB57 - 6765 - 75
26LEULEUVALVAL(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB69 - 7877 - 86
27LEULEUALAALA(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB81 - 8789 - 95
28CYSCYSGLYGLY(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB89 - 9097 - 98
29VALVALASNASN(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB92 - 98100 - 106
210GLYGLYPROPRO(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB100 - 102108 - 110
211PROPROLEULEU(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB104 - 110112 - 118
212GLUGLUALAALA(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB112 - 116120 - 124
213GLNGLNGLUGLU(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB118 - 138126 - 146
214GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB139147
215ALAALAASPASP(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB4 - 26812 - 276
216ALAALAASPASP(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB4 - 26812 - 276
217ALAALAASPASP(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB4 - 26812 - 276
218ALAALAASPASP(chain B and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...BB4 - 26812 - 276
31ALAALAALAALA(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC4 - 1212 - 20
32VALVALGLYGLY(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC14 - 1822 - 26
33GLYGLYASPASP(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC21 - 4529 - 53
34ASPASPLEULEU(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC47 - 5555 - 63
35LEULEUPROPRO(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC57 - 6765 - 75
36LEULEUVALVAL(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC69 - 7877 - 86
37LEULEUALAALA(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC81 - 8789 - 95
38CYSCYSGLYGLY(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC89 - 9097 - 98
39VALVALASNASN(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC92 - 98100 - 106
310GLYGLYPROPRO(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC100 - 102108 - 110
311PROPROLEULEU(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC104 - 110112 - 118
312GLUGLUALAALA(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC112 - 116120 - 124
313GLNGLNTHRTHR(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC118 - 151126 - 159
314GLYGLYPROPRO(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC153 - 200161 - 208
315VALVALLEULEU(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC202 - 219210 - 227
316LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC221229
317ALAALAASPASP(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC4 - 26812 - 276
318ALAALAASPASP(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC4 - 26812 - 276
319ALAALAASPASP(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC4 - 26812 - 276
320ALAALAASPASP(chain C and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...CC4 - 26812 - 276
41ALAALAALAALA(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD4 - 1212 - 20
42VALVALGLYGLY(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD14 - 1822 - 26
43GLYGLYASPASP(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD21 - 4529 - 53
44ASPASPLEULEU(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD47 - 5555 - 63
45LEULEUPROPRO(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD57 - 6765 - 75
46LEULEUVALVAL(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD69 - 7877 - 86
47LEULEUALAALA(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD81 - 8789 - 95
48CYSCYSGLYGLY(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD89 - 9097 - 98
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410GLYGLYPROPRO(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD100 - 102108 - 110
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415ALAALAASPASP(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD4 - 26812 - 276
416ALAALAASPASP(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD4 - 26812 - 276
417ALAALAASPASP(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD4 - 26812 - 276
418ALAALAASPASP(chain D and (resid 4:12 or resid 14:18 or resid...DD4 - 26812 - 276

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要素

#1: タンパク質
Putative short-chain dehydrogenase/reductase


分子量: 28807.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_C0972 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13GE3
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1058 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen H11: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, BuxeA.00010.c.B1 PS02595 at 22.5mg/ml, cryo protected in 80% mother liquor-20% ethylene glycol mix

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→38.023 Å / Num. obs: 165687 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 12.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.490.3514.45184.8
1.49-1.530.2666.13194.8
1.53-1.570.2157.42194.9
1.57-1.620.1749.22195.3
1.62-1.670.14510.81195.5
1.67-1.730.12112.8196
1.73-1.80.09715.66196.1
1.8-1.870.07918.67196.5
1.87-1.960.06322.89196.8
1.96-2.050.05127.36197.1
2.05-2.160.04331.93197.4
2.16-2.290.03537.88197.7
2.29-2.450.03340.38197.9
2.45-2.650.0343.87198.1
2.65-2.90.02847.29198.4
2.9-3.240.02652.77198.4
3.24-3.740.02257.92198.6
3.74-4.590.0261.21198.7
4.59-6.480.0260.76199
6.480.01959.94193.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_2356精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NI5

4ni5


解像度: 1.45→38.023 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1576 2032 1.23 %
Rwork0.1411 --
obs0.1413 165652 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.57 Å2 / Biso mean: 18.9925 Å2 / Biso min: 7.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→38.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7374 0 70 1068 8512
Biso mean--32.87 31.52 -
残基数----1030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87810533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6112830
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3886X-RAY DIFFRACTION4.566TORSIONAL
12B3886X-RAY DIFFRACTION4.566TORSIONAL
13C3886X-RAY DIFFRACTION4.566TORSIONAL
14D3886X-RAY DIFFRACTION4.566TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.48370.20271120.19449476958884
1.4837-1.52080.18791260.164107321085895
1.5208-1.56190.18621040.1514108031090795
1.5619-1.60790.16911350.1391108221095795
1.6079-1.65980.15191160.1368108681098496
1.6598-1.71910.13771270.1344108541098196
1.7191-1.78790.16161260.139109201104696
1.7879-1.86930.17811510.1428109691112096
1.8693-1.96790.16061280.1402110531118197
1.9679-2.09110.18041310.1402110311116297
2.0911-2.25260.1431620.1387110821124498
2.2526-2.47920.16541560.1406111541131098
2.4792-2.83790.15321710.148111971136898
2.8379-3.5750.15871330.1372113031143699
3.575-38.0360.14291540.1351113561151098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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261.4333-0.7936-1.09491.59541.12091.62090.0243-0.04590.0781-0.0332-0.02160.0102-0.09560.0509-0.00580.0862-0.0049-0.0180.08050.00990.065-9.024113.267327.8684
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 48 )A4 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 74 )A49 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 89 )A75 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 90 through 140 )A90 - 140
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 141 through 161 )A141 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 162 through 199 )A162 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 200 through 214 )A200 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 215 through 233 )A215 - 233
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 234 through 268 )A234 - 268
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 4 through 185 )B4 - 185
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 186 through 268 )B186 - 268
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 4 through 25 )C4 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 26 through 48 )C26 - 48
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 49 through 89 )C49 - 89
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 90 through 111 )C90 - 111
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 112 through 161 )C112 - 161
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 162 through 185 )C162 - 185
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 186 through 218 )C186 - 218
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 219 through 268 )C219 - 268
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 4 through 48 )D4 - 48
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 49 through 74 )D49 - 74
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 75 through 111 )D75 - 111
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 112 through 161 )D112 - 161
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 162 through 185 )D162 - 185
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 186 through 214 )D186 - 214
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 215 through 266 )D215 - 266
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 267 through 268 )D267 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る