PDB-5ixa: HCMV DNA polymerase processivity subunit UL44 at neutral pH and l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ixa

タイトル

HCMV DNA polymerase processivity subunit UL44 at neutral pH and low salt

要素

DNA polymerase processivity factor

キーワード

REPLICATION / HCMV Pol accessory subunit / protein-protein interaction / human cytomegalovirus / DNA polymerase / processivity factor

機能・相同性

機能・相同性情報

bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA replication / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.684 Å

データ登録者

Chen, H. / Coen, D.M. / Hogle, J.M. / Filman, D.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: A Small Covalent Allosteric Inhibitor of Human Cytomegalovirus DNA Polymerase Subunit Interactions.
著者: Chen, H. / Coseno, M. / Ficarro, S.B. / Mansueto, M.S. / Komazin-Meredith, G. / Boissel, S. / Filman, D.J. / Marto, J.A. / Hogle, J.M. / Coen, D.M.

履歴

登録	2016年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ixa.cif.gz	207.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ixa.ent.gz	167.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ixa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ixa_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ixa_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	5ixa_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	5ixa_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ixa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ixa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iwdC 1t6lS 1yyp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4irx-d 1yyp-1 3fhk-3 6kmv-1 1u5e-d 6kkn-d 7ako-d 6me2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase processivity factor

B: DNA polymerase processivity factor

65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.026, 100.829, 109.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA polymerase processivity factor / Polymerase accessory protein / PAP / Protein ICP36 分子量: 32576.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 遺伝子: UL44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16790
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHOR STATES THAT THE SER 205 IS INDEED CORRECT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 microliter of 8 mg/mL UL44 in the storage buffer (20 mM Tris (PH 7.5), 500 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT and 5% glycerol) and 0.2 microliter crystallization buffer (0.1 M HEPES (PH 7.0) ...詳細: 0.2 microliter of 8 mg/mL UL44 in the storage buffer (20 mM Tris (PH 7.5), 500 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT and 5% glycerol) and 0.2 microliter crystallization buffer (0.1 M HEPES (PH 7.0) and 18% PEG12K) were mixed and crystallized in sitting drops over the crystallization buffer at room temperature

結晶

マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.35 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 microliter of 8 mg/mL UL44 in the storage buffer (20 mM Tris (PH 7.5), 500 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT and 5% glycerol) and 0.2 microliter crystallization buffer (0.1 M HEPES (PH 7.0) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.684→37.108 Å / Num. obs: 23307 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T6L

1t6l

解像度: 2.684→37.108 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	1187	5.09 %
R_work	0.2103	-	-
obs	0.2128	23307	97.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.684→37.108 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3925	0	0	98	4023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.587	5441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.445	1462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	687

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6843-2.8064	0.3642	125	0.3038	2649	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8064-2.9543	0.3239	165	0.2733	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9543-3.1393	0.3017	149	0.2519	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1393-3.3815	0.3124	144	0.2316	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3815-3.7216	0.2732	143	0.2217	2786	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7216-4.2594	0.2416	155	0.2014	2775	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2594-5.3638	0.2193	163	0.1596	2797	X-RAY DIFFRACTION	97
5.3638-37.1117	0.2104	143	0.1866	2811	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0129	-0.024	-0.0081	0.0405	-0.0115	0.0105	-0.0234	0.0597	0.111	0.0155	-0.0167	-0.1007	-0.0407	-0.0143	-0	0.231	0.0221	0.0053	0.1786	0.0231	0.1779	47.2772	70.9092	75.9575
2	0.0315	0.003	0.0401	0.0119	0.0019	0.0556	-0.0052	0.007	0.0649	-0.0246	-0.0444	-0.006	-0.0665	0.0155	-0.0348	0.2149	0.0207	0.129	0.2614	0.0558	0.3139	50.5233	74.7625	73.1392
3	0.0061	-0.0114	-0.0156	0.0266	0.0429	0.0849	-0.0124	0.1428	0.1374	0.0233	-0.0921	-0.0105	-0.0225	-0.1129	-0.0116	0.2376	0.0672	-0.0153	0.2278	0.0479	0.2138	32.2448	91.649	64.2843
4	0.0162	0.017	-0.0177	0.0229	0.0018	0.0191	-0.0243	0.0685	-0.0042	-0.0769	-0.0487	-0.0408	-0.0195	-0.0582	-0.0005	0.1203	-0.0171	0.0351	0.1703	-0.0458	0.1786	48.749	43.0159	68.7917
5	0.0169	-0.0097	0.0038	0.0058	-0.0068	0.0113	-0.0024	0.0368	-0.0463	0.0072	-0.0272	0.0006	0.0329	0.0423	-0	0.3269	-0.0246	0.0056	0.1602	-0.0402	0.2707	46.1606	39.0101	72.3338
6	0.0182	0.0071	0.0144	0.0725	0.0112	0.0142	-0.0101	0.0071	0.0106	-0.0745	-0.0195	0.1329	0.0036	0.0015	0.015	0.1651	-0.1446	-0.0186	0.189	-0.2789	0.1479	30.7064	26.0528	55.1148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 270 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 119 through 143 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 144 through 272 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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