PDB-5itj: The structure of histone-like protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5itj

タイトル

The structure of histone-like protein

要素

AbrB family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Histone-like protein / Complex / DNA-binding fold

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Lin, B.L. / Chen, C.Y. / Huang, C.H. / Ko, T.P. / Chiang, C.H. / Lin, K.F. / Chang, Y.C. / Lin, P.Y. / Tsai, H.H.G. / Wang, A.H.J.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: The Arginine Pairs and C-Termini of the Sso7c4 from Sulfolobus solfataricus Participate in Binding and Bending DNA.
著者: Lin, B.L. / Chen, C.Y. / Huang, C.H. / Ko, T.P. / Chiang, C.H. / Lin, K.F. / Chang, Y.C. / Lin, P.Y. / Tsai, H.H.G. / Wang, A.H.J.

履歴

登録	2016年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5itj.cif.gz	38.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5itj.ent.gz	25.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5itj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5itj_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5itj_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	5itj_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	5itj_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5itj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5itj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5itmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6roy-1 5zys-d 6jcc-d 6roy-2 6kc4-3 1h4x-1 1aya-1 5itm-3 1rms-d 1pp8-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AbrB family transcriptional regulator

B: AbrB family transcriptional regulator

ヘテロ分子

13.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.464, 48.538, 55.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AbrB family transcriptional regulator / Histone-like protein 分子量: 6283.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SULA_1064, SULB_1065, SULC_1064 / プラスミド: pET-29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3K9N8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 0.1 M Tris-Cl, 40% PEG 400, 0.2 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→30 Å / Num. obs: 14365 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 44.7
反射シェル	解像度: 1.63→1.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.63→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 1.54 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22875	726	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17826	-	-	-
obs	0.18099	13605	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.63→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	772	0	39	153	964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.02	812
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.639	2.021	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.176	3.012	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.952	5	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.514	25.882	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.821	15	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.334	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.307	1.54	382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.277	1.533	381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.448	2.287	474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.457	2.293	475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.313	2.254	430
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.316	2.255	431
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.291	3.115	611
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.531	16.101	964
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.529	16.139	965
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	47	-
R_work	0.234	961	-
obs	-	-	94.83 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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