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万見
- PDB-5it3: Swirm domain of human Lsd1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5it3
タイトルSwirm domain of human Lsd1
要素Lysine-specific histone demethylase 1A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development ...guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / negative regulation of DNA binding / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to cAMP / negative regulation of protein binding / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific histone demethylase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Yuan, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Tlx-interacting peptide of Lsd1 inhibits the proliferation of brain tumor stem cells
著者: Hu, R. / Sun, X. / Hameed, U.F.S. / Moorthy, B.S. / Jeffrey, P.D. / Zhou, L. / Ma, X. / Chen, F. / Mu, Q. / Pei, J. / Swaminathan, K. / Yuan, P.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: Lysine-specific histone demethylase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9194
ポリマ－19,8712
非ポリマー492
水3,657203
1
A: Lysine-specific histone demethylase 1A

A: Lysine-specific histone demethylase 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8712
ポリマ－19,8712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
2
B: Lysine-specific histone demethylase 1A
ヘテロ分子

B: Lysine-specific histone demethylase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9686
ポリマ－19,8712
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.170, 49.970, 48.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-360-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 9935.300 Da / 分子数: 2 / 断片: Swirm domain, UNP residues 183-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: O60341
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, 25%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9777, 0.979, 0.9793, 0.9649
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年8月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97771
20.9791
30.97931
40.96491
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 28163 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 4.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.174 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19405 1358 5 %RANDOM
Rwork0.15932 ---
obs0.16108 25553 95.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.276 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1397 0 2 203 1602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191485
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9422032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98833233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0325184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.5292480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14215251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7891511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8911.738694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7731.732693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7022.592868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7252.598869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0872.188791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.0882.185791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9943.1071155
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.71515.9871843
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.50515.0511740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.399→1.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 103 -
Rwork0.228 1644 -
obs--84.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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