PDB-5is4: Endothiapepsin in complex with chiral brominated primary amine fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5is4

タイトル

Endothiapepsin in complex with chiral brominated primary amine fragment

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.368 Å

データ登録者

Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5is4.cif.gz	188.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5is4.ent.gz	151.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5is4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5is4_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5is4_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	5is4_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	5is4_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pmy C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lap-d 5p2o-d 5re3-d 5r23-d 5mb6-d 5p01-d 5p31-d 3pi0-d 5p2g-d 4y35-d 5p4w-d 5p7d-d 5p8i-d 5p81-d 5rd3-d 4lhh-d 4y3s-d 5p1k-d 5p2c-d 5ozj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.192, 73.124, 52.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 286分子

#2: 化合物	ChemComp-6LY / (1S)-2-amino-1-(4-bromophenyl)ethan-1-ol 分子量: 216.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀BrNO
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.24 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→42.7 Å / Num. obs: 67872 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.37→1.45 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.368→42.673 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1493	3394	5 %
R_work	0.129	-	-
obs	0.13	67869	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.368→42.673 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	42	280	2692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2523
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.224	3459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.188	827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	450

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3679-1.3874	0.244	133	0.2197	2534	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3874-1.4082	0.2453	141	0.1901	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4082-1.4302	0.2441	141	0.1875	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4302-1.4536	0.2346	142	0.1712	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4536-1.4787	0.2105	140	0.1623	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4787-1.5056	0.1763	143	0.1591	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5056-1.5345	0.1793	138	0.1498	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5345-1.5658	0.1646	143	0.1379	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5658-1.5999	0.1678	140	0.1279	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5999-1.6371	0.1586	143	0.1159	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6371-1.6781	0.1559	141	0.1104	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6781-1.7234	0.1581	142	0.1098	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7234-1.7741	0.1239	141	0.1046	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7741-1.8314	0.1374	142	0.1038	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8314-1.8969	0.1261	142	0.1011	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8969-1.9728	0.1383	141	0.1025	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9728-2.0626	0.1222	141	0.1011	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0626-2.1713	0.1283	142	0.102	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1713-2.3074	0.1425	143	0.1086	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3074-2.4855	0.14	141	0.1169	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4855-2.7356	0.1574	143	0.1239	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7356-3.1313	0.145	143	0.13	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1313-3.9447	0.1386	142	0.14	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9447-42.6933	0.1451	146	0.1566	2758	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 286分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 286分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 286分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)