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万見
- PDB-5io3: Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5io3
タイトルCrystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - I422
要素Uncharacterized protein RavZ
キーワードHYDROLASE / Autophagy / Atg8 / deconjugating enzyme / protease / Atg4B
機能・相同性
機能・相同性情報


host intracellular membrane-bounded organelle / symbiont-mediated suppression of host autophagy / protein delipidation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / RavZ C-terminal PI3P-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine protease RavZ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Kwon, D.H. / Kim, L. / Kim, B.-W. / Hong, S.B. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2017
タイトル: The 1:2 complex between RavZ and LC3 reveals a mechanism for deconjugation of LC3 on the phagophore membrane
著者: Kwon, D.H. / Kim, S. / Jung, Y.O. / Roh, K.H. / Kim, L. / Kim, B.-W. / Hong, S.B. / Lee, I.Y. / Song, J.H. / Lee, W.C. / Choi, E.J. / Hwang, K.Y. / Song, H.K.
履歴
登録2016年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein RavZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2951
ポリマ－56,2951
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)222.041, 222.041, 71.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-632-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein RavZ


分子量: 56295.258 Da / 分子数: 1 / 変異: C258S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1683 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5ZUV9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.2M NaCl, 28% PEG 3350, 0.1M Imidazole pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→39.25 Å / Num. obs: 23220 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 20.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.74→39.25 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 33.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2866 2000 8.61 %
Rwork0.2244 --
obs0.2298 23216 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 0 33 3071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.344181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3531876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7404-2.80890.43061230.35741307X-RAY DIFFRACTION86
2.8089-2.88480.38811360.37221442X-RAY DIFFRACTION95
2.8848-2.96970.40421410.34671485X-RAY DIFFRACTION96
2.9697-3.06550.39961380.3341478X-RAY DIFFRACTION98
3.0655-3.17510.33141420.29981507X-RAY DIFFRACTION99
3.1751-3.30210.3661430.30741516X-RAY DIFFRACTION99
3.3021-3.45240.37181430.27991522X-RAY DIFFRACTION99
3.4524-3.63430.31351440.23511525X-RAY DIFFRACTION99
3.6343-3.86180.26331450.20691529X-RAY DIFFRACTION99
3.8618-4.15980.27171440.17981535X-RAY DIFFRACTION99
4.1598-4.5780.25461460.16621551X-RAY DIFFRACTION100
4.578-5.23940.23191480.15571568X-RAY DIFFRACTION100
5.2394-6.59730.29041490.22721580X-RAY DIFFRACTION100
6.5973-42.97750.221580.17191672X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88760.3267-0.33130.69520.61391.1748-0.07780.16490.17510.02620.12790.0416-0.2846-0.0352-0.02370.36860.0455-0.08750.1794-0.01560.20355.3837-34.17362.67
20.6723-0.1419-0.45710.19-0.00910.39850.12710.0811-0.2075-0.16220.1011-0.0589-0.22040.33440.00380.4878-0.1787-0.0880.42490.0550.373867.1002-41.44-7.0306
30.34230.0182-0.07520.4729-0.41360.372-0.05810.01980.25060.14080.03170.1803-0.26680.0618-0.15730.5667-0.1079-0.02720.14760.0430.431363.4416-24.012111.7144
40.53310.05170.16360.3431-0.06930.0722-0.0876-0.02330.22050.16440.0646-0.1358-0.15220.05670.0330.6353-0.210.03060.2345-0.14080.510155.9407-10.904734.7923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 49 through 167 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 168 through 242 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 243 through 358 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 359 through 433 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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