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Yorodumi- PDB-7luy: Crystal Structure of guanylate kinase from Bartonella henselae st... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7luy | ||||||
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Title | Crystal Structure of guanylate kinase from Bartonella henselae str. Houston-1 | ||||||
Components | Guanylate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Guanylate kinasem / gmk / Bartonella henselae / Rochalimaea henselae / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bartonella henselae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of guanylate kinase from Bartonella henselae str. Houston-1 Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7luy.cif.gz | 585.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7luy.ent.gz | 401.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7luy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7luy_validation.pdf.gz | 517.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7luy_full_validation.pdf.gz | 526.1 KB | Display | |
Data in XML | 7luy_validation.xml.gz | 45.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7luy_validation.cif.gz | 62.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2f3tS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28254.342 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: BaheA.00713.a.A1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bartonella henselae (bacteria) / Strain: ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1 / Gene: gmk, BH05390 / Plasmid: BaheA.00713.a.A1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q6G439, guanylate kinase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: RigakuReagents JCSG+ screen, condition H9: 200mM lithium sulfate, 100mM BisTris pH 5.5, 25% (w/V) PEG 3350: BaheA.00713.a.A1.PS00367 at 20mg/ml: tray 205529 H9: cryoprotectant: 25% ethylene glycol: puck: ekw2-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.9774 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 21, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 59593 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.574 % / Biso Wilson estimate: 46.792 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 19.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2f3t in two domains as per Morda Resolution: 2.3→45.71 Å / SU ML: 0.3185 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.9884 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→45.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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