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万見
- PDB-5im0: Crystal structure of the RNA recognition motif of mRNA decay regu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5im0
タイトルCrystal structure of the RNA recognition motif of mRNA decay regulator AUF1
要素(Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / mRNA decay / hnRNP D0 / AUF1 / RNA recognition motif / crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte dedifferentiation / cellular response to putrescine / circadian regulation of translation / response to rapamycin / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / response to sodium phosphate / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / positive regulation of telomere capping ...hepatocyte dedifferentiation / cellular response to putrescine / circadian regulation of translation / response to rapamycin / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / response to sodium phosphate / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / positive regulation of telomere capping / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of cytoplasmic translation / RNA catabolic process / telomeric DNA binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / response to electrical stimulus / RNA processing / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / cellular response to nitric oxide / mRNA Splicing - Major Pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / cerebellum development / positive regulation of translation / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to estradiol stimulus / liver development / response to calcium ion / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / regulation of gene expression / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CARG-binding factor, N-terminal / CBFNT (NUC161) domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...CARG-binding factor, N-terminal / CBFNT (NUC161) domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Choi, Y.J. / Chang, J.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea (NRF)2013R1A1A1061391 韓国
引用ジャーナル: Biomed Res Int / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the N-Terminal RNA Recognition Motif of mRNA Decay Regulator AUF1.
著者: Choi, Y.J. / Yoon, J.H. / Chang, J.H.
履歴
登録2016年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6562
ポリマ－19,6562
非ポリマー00
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area9970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.068, 39.411, 93.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0 / hnRNP D0 / AU-rich element RNA-binding protein 1


分子量: 10176.004 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 71-156 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPD, AUF1, HNRPD / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q14103
#2: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0 / mRNA decay regulator / hnRNP D0 / AU-rich element RNA-binding protein 1


分子量: 9480.401 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 77-156 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPD, AUF1, HNRPD / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q14103
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The sequence database of chain A and B is Isoform 2 of Q14103.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 16559 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 42.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→26.594 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 1555 10.11 %
Rwork0.1698 --
obs0.1733 15364 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.594 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 0 0 263 1543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9871730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.945504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6952-1.72170.23391390.20391196X-RAY DIFFRACTION95
1.7217-1.74990.25181410.21361261X-RAY DIFFRACTION100
1.7499-1.78010.27711420.21051269X-RAY DIFFRACTION100
1.7801-1.81250.25511280.19181232X-RAY DIFFRACTION99
1.8125-1.84730.2461430.18841268X-RAY DIFFRACTION100
1.8473-1.8850.21471380.18731248X-RAY DIFFRACTION100
1.885-1.9260.21561370.17551262X-RAY DIFFRACTION100
1.926-1.97080.26871470.17651295X-RAY DIFFRACTION100
1.9708-2.02010.23591400.17241219X-RAY DIFFRACTION100
2.0201-2.07470.21151500.17121285X-RAY DIFFRACTION100
2.0747-2.13570.20271420.17151254X-RAY DIFFRACTION100
2.1357-2.20460.2381400.18321275X-RAY DIFFRACTION100
2.2046-2.28330.23311390.16961242X-RAY DIFFRACTION100
2.2833-2.37470.18841400.16521260X-RAY DIFFRACTION100
2.3747-2.48270.23781470.18151261X-RAY DIFFRACTION100
2.4827-2.61350.21681270.18511277X-RAY DIFFRACTION100
2.6135-2.77710.2161510.17771269X-RAY DIFFRACTION100
2.7771-2.99120.23031440.17491246X-RAY DIFFRACTION100
2.9912-3.29180.1781500.16041272X-RAY DIFFRACTION100
3.2918-3.76690.16441340.14081235X-RAY DIFFRACTION100
3.7669-4.74160.15511480.1361261X-RAY DIFFRACTION100
4.7416-26.59680.17471430.18471251X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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