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- PDB-3vty: Crystal structure of MamA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vty
タイトルCrystal structure of MamA
要素MamA
キーワードPROTEIN BINDING / Tetratricopeptide repeats (TPR) containing protein / TPR proteins / protein-protein interactions / cytosol / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...: / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Candidatus Magnetobacterium bavaricum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Baran, D. / Davidov, G. / Zarivach, R.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Inter-phylum structural conservation of the magnetosome-associated TPR-containing protein, MamA
著者: Zeytuni, N. / Baran, D. / Davidov, G. / Zarivach, R.
履歴
登録2012年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MamA
B: MamA
C: MamA
D: MamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,80810
ポリマ－82,5954
非ポリマー2136
水10,881604
1
A: MamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6842
ポリマ－20,6491
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7203
ポリマ－20,6491
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6842
ポリマ－20,6491
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7203
ポリマ－20,6491
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area31500 Å2
手法PISA
6
A: MamA
D: MamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4045
ポリマ－41,2982
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
7
B: MamA
C: MamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4045
ポリマ－41,2982
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.701, 101.315, 139.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a monomer.

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要素

#1: タンパク質
MamA


分子量: 20648.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Magnetobacterium bavaricum (バクテリア)
株: Mbav / 遺伝子: MamA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K7N5L8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE OF THE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT ...THE SEQUENCE DATABASE OF THE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. RESIDUES 42 TO END OF THE ENTIRE PROTEIN WAS CLONED, N-TERMINAL RESIDUES MG (40-41) AND C-TERMINAL RESIDUES ELALVPR (217-223) WERE FROM EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.1M Sodium Acetate pH 4.4, 1.75M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→81.99 Å / Num. all: 49963 / Num. obs: 49745 / % possible obs: 99.1 %
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→81.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2005 / WRfactor Rwork: 0.1535 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.8822 / SU B: 7.355 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1755 / SU Rfree: 0.1629 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 2523 5.1 %RANDOM
Rwork0.1625 ---
all0.1653 49963 --
obs0.1653 49745 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.47 Å2 / Biso mean: 21.2149 Å2 / Biso min: 5.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→81.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5528 0 6 604 6138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0225724
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.9897707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1339819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4835729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97825.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.673151126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6671521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1511.53506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3061.51447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00425613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2232218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1654.52077
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 176 -
Rwork0.186 3367 -
all-3543 -
obs--96.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40310.22370.13560.15360.13660.19390.0083-0.0387-0.0378-0.0065-0.0218-0.0245-0.0009-0.01160.01350.03910.00740.00690.03220.01410.065612.977744.842416.8454
20.2743-0.18370.03480.1658-0.12660.3089-0.06410.0464-0.05590.0216-0.03710.01420.0450.00370.10120.0416-0.00940.03510.0262-0.02320.0784-1.677243.6332-14.1287
30.1534-0.2284-0.12660.35420.12950.3585-0.01730.038-0.01410.0291-0.06010.0043-0.0046-0.02710.07740.0366-0.00840.00150.0486-0.01480.042813.253356.9737-15.837
40.1760.2273-0.05240.3076-0.12010.5270.0026-0.0445-0.0163-0.0068-0.0629-0.0099-0.03210.01580.06030.02450.0219-0.01110.04890.0050.0508-1.528358.850417.458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2B42 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3C42 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4D46 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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