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- PDB-5ijt: Human Peroxiredoxin 2 Oxidized (SS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijt
タイトルHuman Peroxiredoxin 2 Oxidized (SS)
要素Peroxiredoxin-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / decamer disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / T cell homeostasis ...respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / T cell homeostasis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of blood coagulation / T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / thymus development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.148 Å
データ登録者Haynes, A.C. / Bolduc, J.A. / Lowther, W.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM072866 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Novel hyperoxidation resistance motifs in 2-Cys peroxiredoxins.
著者: Bolduc, J.A. / Nelson, K.J. / Haynes, A.C. / Lee, J. / Reisz, J.A. / Graff, A.H. / Clodfelter, J.E. / Parsonage, D. / Poole, L.B. / Furdui, C.M. / Lowther, W.T.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年3月27日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: citation / citation_author / entity_poly
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-2
B: Peroxiredoxin-2
C: Peroxiredoxin-2
D: Peroxiredoxin-2
E: Peroxiredoxin-2
F: Peroxiredoxin-2
G: Peroxiredoxin-2
H: Peroxiredoxin-2
I: Peroxiredoxin-2
J: Peroxiredoxin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,45114
ポリマ－219,18910
非ポリマー2624
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20520 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area70130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.014, 198.784, 116.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-2 / Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / ...Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / Thioredoxin peroxidase 1 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase 1


分子量: 21918.887 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX2, NKEFB, TDPX1 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32119, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6.1% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate pH 4.1, 0.2 M zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.148→44.5 Å / Num. obs: 122120 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.148→2.23 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QMV

1qmv


解像度: 2.148→44.463 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 3611 2.96 %
Rwork0.2066 118509 -
obs0.2081 122120 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 292.86 Å2 / Biso mean: 78.1382 Å2 / Biso min: 33.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.148→44.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13141 0 4 95 13240
Biso mean--108.4 51.31 -
残基数----1683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01613436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33218214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1797962
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1482-2.17640.37391280.31514235436391
2.1764-2.20620.35761370.29244844621100
2.2062-2.23780.31921380.27545634701100
2.2378-2.27120.34621420.271246484790100
2.2712-2.30660.32461370.259744724609100
2.3066-2.34450.29831380.263845474685100
2.3445-2.38490.31021400.268946174757100
2.3849-2.42820.33441390.254245214660100
2.4282-2.47490.30861390.263745734712100
2.4749-2.52550.29941380.255845494687100
2.5255-2.58040.35051390.247245464685100
2.5804-2.64040.31231420.248746414783100
2.6404-2.70640.31431380.246145274665100
2.7064-2.77960.32571410.255546054746100
2.7796-2.86140.29131370.23945074644100
2.8614-2.95370.25321410.231646154756100
2.9537-3.05920.30421380.231145534691100
3.0592-3.18170.27341390.229745564695100
3.1817-3.32640.29581410.23746504791100
3.3264-3.50180.25281370.222145044641100
3.5018-3.72110.2431410.211145894730100
3.7211-4.00820.28341380.201745774715100
4.0082-4.41120.21711410.166546044745100
4.4112-5.04880.19111400.150946134753100
5.0488-6.3580.2261400.189345824722100
6.358-44.47210.22321420.176446314773100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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