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- PDB-5ij8: Structure of the primary oncogenic mutant Y641N Hs/AcPRC2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ij8
タイトルStructure of the primary oncogenic mutant Y641N Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor
要素
  • Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
  • Polycomb protein EED
  • Polycomb protein SUZ12
キーワードtransferase/transferase inhibitor / lysine methyltransferase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of kidney development / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of striated muscle cell differentiation / sex chromatin / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway ...regulation of kidney development / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of striated muscle cell differentiation / sex chromatin / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / random inactivation of X chromosome / primary miRNA binding / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / response to tetrachloromethane / cerebellar cortex development / facultative heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / chromatin silencing complex / ESC/E(Z) complex / protein-lysine N-methyltransferase activity / negative regulation of stem cell differentiation / RSC-type complex / pronucleus / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / synaptic transmission, GABAergic / lncRNA binding / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / G1 to G0 transition / histone methyltransferase activity / oligodendrocyte differentiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of cell differentiation / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / pericentric heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / heterochromatin formation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nucleosome binding / keratinocyte differentiation / protein localization to chromatin / enzyme activator activity / methylated histone binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / B cell differentiation / transcription corepressor binding / positive regulation of GTPase activity / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / liver regeneration / hippocampus development / promoter-specific chromatin binding / positive regulation of MAP kinase activity / protein modification process / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of circadian rhythm / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / HCMV Early Events / G1/S transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor activity / rhythmic process / response to estradiol / chromatin organization / chromosome / methylation / Oxidative Stress Induced Senescence / cell population proliferation / chromosome, telomeric region / nuclear body / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / : / Ezh2, MCSS domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain ...EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / : / Ezh2, MCSS domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain / CXC domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SET domain profile. / SET domain / SANT/Myb domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger C2H2 type domain signature. / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6BN / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Polycomb protein EED / Polycomb protein SUZ12 / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
類似検索 - 構成要素
生物種Anolis carolinensis (グリーンアノール)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Brooun, A. / Deng, Y.-L. / Liu, W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Polycomb repressive complex 2 structure with inhibitor reveals a mechanism of activation and drug resistance.
著者: Brooun, A. / Gajiwala, K.S. / Deng, Y.L. / Liu, W. / Bolanos, B. / Bingham, P. / He, Y.A. / Diehl, W. / Grable, N. / Kung, P.P. / Sutton, S. / Maegley, K.A. / Yu, X. / Stewart, A.E.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
B: Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
E: Polycomb protein EED
F: Polycomb protein EED
S: Polycomb protein SUZ12
T: Polycomb protein SUZ12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,86422
ポリマ－273,8756
非ポリマー1,98916
水00
1
A: Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
F: Polycomb protein EED
T: Polycomb protein SUZ12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,93211
ポリマ－136,9383
非ポリマー9948
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14130 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area42630 Å2
手法PISA
2
B: Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
E: Polycomb protein EED
S: Polycomb protein SUZ12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,93211
ポリマ－136,9383
非ポリマー9948
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14020 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area42750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.331, 115.133, 153.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 72892.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anolis carolinensis (グリーンアノール), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: EZH2, EZH2, KMT6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G1KPH4, UniProt: Q15910, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 41776.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75530
#3: タンパク質 Polycomb protein SUZ12 / Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor ...Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor of zeste 12 protein homolog


分子量: 22268.748 Da / 分子数: 2 / Mutation: Y641N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUZ12, CHET9, JJAZ1, KIAA0160
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15022
#4: 化合物 ChemComp-6BN / 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one / 1,2,3,4-テトラヒドロ-2-(1,2-ジヒドロ-2-オキソ-4-エチル-6-メチルピリジン-3-イルメチル)-5(以下略)


分子量: 536.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31Cl2N3O5
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 5.80)

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→115.13 Å / Num. obs: 49287 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.98→3.15 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
autoPROCデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→91.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9138 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8697 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.387
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 2491 5.08 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1907 48989 99.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.1379 Å20 Å20.2059 Å2
2--16.5923 Å20 Å2
3---4.5456 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.374 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.99→91.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15500 0 86 0 15586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115926HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1621479HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5711SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes450HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2308HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15926HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd23SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2015SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17767SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 185 5.14 %
Rwork0.2361 3416 -
all0.2387 3601 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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