PDB-5ig7: Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E01 Fab fragment in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ig7

タイトル

Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E01 Fab fragment in complex of peptide PLQPQQPFP

要素

1E01 Fab fragment heavy chain
1E01 Fab fragment light chain
peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-gliadin antibody / gliadin peptide / celiac disease

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.

引用

ジャーナル: JCI Insight / 年: 2017
タイトル: Stereotyped antibody responses target posttranslationally modified gluten in celiac disease.
著者: Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2016年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ig7.cif.gz	646.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ig7.ent.gz	536.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ig7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ifjC 5ihzSC 5ijkC 5ik3C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dca-2 3uo1-d 6c5i-d 1uyw-1 5ukn-d 6qn8-5 3i75-d 6ug9-3 6xul-6 6u3z-2 2ajy-d 7jwp-6 4kjp-2 3g6j-4 5ihz-3 1y0l-3 3v52-d 5k9j-d 6a9k-2 5ifj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1E01 Fab fragment heavy chain

B: 1E01 Fab fragment light chain

C: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

D: 1E01 Fab fragment heavy chain

E: 1E01 Fab fragment light chain

F: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

G: 1E01 Fab fragment heavy chain

H: 1E01 Fab fragment light chain

I: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

J: 1E01 Fab fragment heavy chain

K: 1E01 Fab fragment light chain

L: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

192 kDa, 12 ポリマー
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1

A: 1E01 Fab fragment heavy chain

B: 1E01 Fab fragment light chain

C: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: 1E01 Fab fragment heavy chain

E: 1E01 Fab fragment light chain

F: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.1 kDa, 3 ポリマー
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3

G: 1E01 Fab fragment heavy chain

H: 1E01 Fab fragment light chain

I: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
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4

J: 1E01 Fab fragment heavy chain

K: 1E01 Fab fragment light chain

L: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.900, 112.670, 104.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	1E01 Fab fragment heavy chain 分子量: 23765.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	1E01 Fab fragment light chain 分子量: 23002.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLN-GLN-PRO-PHE-PRO 分子量: 1051.192 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 20 % w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→55.87 Å / Num. obs: 127251 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IHZ

5ihz

解像度: 1.97→55.869 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	6374	5.01 %
R_work	0.1896	-	-
obs	0.1919	127204	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→55.869 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13070	0	55	792	13917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13442
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	18308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.499	7994
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	2052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-1.9924	0.364	219	0.3138	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9924-2.0158	0.361	228	0.3039	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0404	0.3886	210	0.2897	3999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0404-2.0662	0.33	214	0.2821	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0662-2.0934	0.3243	208	0.2645	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0934-2.1221	0.2795	208	0.2474	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1221-2.1524	0.2756	245	0.2403	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1524-2.1846	0.2848	217	0.2342	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1846-2.2187	0.2753	208	0.2298	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2187-2.2551	0.2884	207	0.2296	3981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2551-2.294	0.3009	200	0.2377	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.3357	0.2852	215	0.2357	4038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3357-2.3806	0.2872	205	0.2349	4014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3806-2.4292	0.3182	210	0.2226	4038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4292-2.482	0.2804	223	0.2201	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.482-2.5398	0.2717	199	0.2172	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5398-2.6033	0.2671	220	0.2195	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6033-2.6737	0.2735	204	0.2093	4032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6737-2.7523	0.3091	211	0.2196	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7523-2.8412	0.2622	214	0.2104	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8412-2.9427	0.2719	217	0.2146	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9427-3.0605	0.2683	228	0.2171	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0605-3.1998	0.2787	204	0.2027	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1998-3.3685	0.2288	191	0.1866	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3685-3.5795	0.2217	214	0.1795	4028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5795-3.8558	0.1948	209	0.1696	4086	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8558-4.2437	0.1933	216	0.1399	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2437-4.8575	0.1609	203	0.1253	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8575-6.1187	0.1769	214	0.1431	4086	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1187-55.8918	0.1773	213	0.17	4101	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6273	0.5082	-0.2191	2.1529	-0.9087	0.9918	0.0368	0.0542	0.0435	-0.1347	-0.0304	0.1091	0.004	-0.0551	-0.0095	0.173	0.0273	0.0116	0.2235	-0.0602	0.1585	155.093	135.3225	142.0533
2	0.5847	-0.335	-0.0476	3.6465	-1.8336	1.6153	0.1154	-0.0487	0.1561	0.1048	0.0644	0.5428	-0.1468	-0.2059	-0.1813	0.2217	0.0119	0.0143	0.2812	-0.0905	0.3496	141.2493	138.7455	152.4439
3	0.7549	-0.0063	-0.1591	1.5936	0.8279	1.0505	0.06	0.0392	0.1372	-0.0535	-0.0374	-0.0981	-0.0262	0.0451	-0.0146	0.2019	0.0145	-0.0407	0.2915	0.0371	0.2647	180.9154	116.8696	140.9829
4	0.7752	-0.6919	-0.323	2.1681	1.4775	1.5413	0.1077	-0.0551	0.1997	0.1107	0.0872	-0.3842	0.0457	0.1352	-0.1998	0.2171	-0.0203	-0.0292	0.2591	0.0401	0.3573	194.7782	111.3125	150.7149
5	0.5897	-0.5727	-0.1251	1.5347	0.8975	1.2307	0.0544	0.0205	-0.0147	-0.0037	-0.0317	-0.0174	-0.0657	0.0329	-0.0228	0.1856	-0.0306	0.0331	0.2825	0.04	0.1916	181.0471	136.7261	117.349
6	0.8349	-0.043	-0.0558	3.2799	2.0955	2.1297	0.0955	0.2175	0.1233	-0.4666	0.2164	-0.3955	-0.3296	0.3858	-0.2903	0.324	-0.0326	0.0742	0.4522	0.0496	0.2937	194.947	142.0792	107.548
7	0.276	-0.2585	0.0082	1.7483	-0.9135	0.8092	0.0273	0.1069	0.0304	0.0165	-0.0414	0.0242	0.003	-0.0111	-0.0107	0.227	0.0034	-0.0381	0.3707	-0.0522	0.2312	154.7976	118.3758	115.9305
8	0.6371	1.1396	-0.3641	3.6641	-1.6817	1.0775	-0.0591	0.2715	0.1189	-0.249	0.2609	0.3346	0.106	-0.1393	-0.2111	0.2302	0.0366	-0.0338	0.4113	-0.0384	0.2531	141.0833	114.757	105.7097

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 1:220)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 1:213)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain D and resseq 1:221)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain E and resseq 1:213)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain G and resseq 1:220)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain H and resseq 1:213)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain J and resseq 1:221)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain K and resseq 1:213)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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