[日本語] English
万見
- PDB-5ig5: Crystal structure of N. vectensis CaMKII-B hub at pH 4.2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ig5
タイトルCrystal structure of N. vectensis CaMKII-B hub at pH 4.2
要素CaMKII-B hub
キーワードTRANSFERASE / Ca2+/CaM-dependent kinase / sea anemone / peptide docking / open-spiral
機能・相同性
機能・相同性情報


Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / neuron projection / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
calcium/calmodulin-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Nematostella vectensis (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bhattacharyya, M. / Gee, C.L. / Barros, T. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)NA 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanism of activation-triggered subunit exchange in Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase II.
著者: Bhattacharyya, M. / Stratton, M.M. / Going, C.C. / McSpadden, E.D. / Huang, Y. / Susa, A.C. / Elleman, A. / Cao, Y.M. / Pappireddi, N. / Burkhardt, P. / Gee, C.L. / Barros, T. / Schulman, H. ...著者: Bhattacharyya, M. / Stratton, M.M. / Going, C.C. / McSpadden, E.D. / Huang, Y. / Susa, A.C. / Elleman, A. / Cao, Y.M. / Pappireddi, N. / Burkhardt, P. / Gee, C.L. / Barros, T. / Schulman, H. / Williams, E.R. / Kuriyan, J.
履歴
登録2016年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Structure summary
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CaMKII-B hub
F: CaMKII-B hub
C: CaMKII-B hub
D: CaMKII-B hub
E: CaMKII-B hub
B: CaMKII-B hub
G: CaMKII-B hub


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8057
ポリマ－115,8057
非ポリマー00
水21612
1
A: CaMKII-B hub
F: CaMKII-B hub
C: CaMKII-B hub
D: CaMKII-B hub
E: CaMKII-B hub
B: CaMKII-B hub
G: CaMKII-B hub

A: CaMKII-B hub
F: CaMKII-B hub
C: CaMKII-B hub
D: CaMKII-B hub
E: CaMKII-B hub
B: CaMKII-B hub
G: CaMKII-B hub


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,61014
ポリマ－231,61014
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area35740 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area83260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.974, 113.974, 241.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-454-

VAL

21G-468-

HIS

-
要素

#1: タンパク質
CaMKII-B hub / Predicted protein


分子量: 16543.576 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 335-476 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク)
遺伝子: v1g157808 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7RF52
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 2.5 M sodium chloride, 0.1 M acetate pH 4.2, and 0.25 M lithium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.352 Å / Num. obs: 37190 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3→3.13 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.373 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2229: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HKX

1hkx


解像度: 3→49.352 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 1816 4.89 %
Rwork0.2324 --
obs0.2342 37120 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7792 0 0 12 7804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62512321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2245471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.08120.41461290.35162676X-RAY DIFFRACTION100
3.0812-3.17190.3451580.32812638X-RAY DIFFRACTION100
3.1719-3.27430.3681640.30272634X-RAY DIFFRACTION100
3.2743-3.39130.36361510.2942690X-RAY DIFFRACTION100
3.3913-3.5270.33921470.28072668X-RAY DIFFRACTION100
3.527-3.68750.31831360.24382704X-RAY DIFFRACTION100
3.6875-3.88180.27811400.22372668X-RAY DIFFRACTION100
3.8818-4.12490.24021130.2152729X-RAY DIFFRACTION100
4.1249-4.44320.23571250.19372731X-RAY DIFFRACTION100
4.4432-4.890.19741240.1712737X-RAY DIFFRACTION100
4.89-5.59670.20791230.19422764X-RAY DIFFRACTION100
5.5967-7.0480.31181370.26462791X-RAY DIFFRACTION100
7.048-49.35880.24571690.23322874X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4217-1.52831.74614.09720.32595.55160.2014-0.45420.0519-0.39490.41760.2346-0.3776-0.5054-0.39130.6144-0.1883-0.12750.95310.32090.4997-89.860813.9148-71.7594
25.8438-0.838-0.70796.2856-1.42856.8808-0.10340.5478-0.3805-0.45580.1737-0.02710.7069-0.141-0.02040.536-0.05670.05220.749-0.2610.3754-35.7399-8.369-61.5629
32.14541.6993-1.92383.0117-1.54881.8826-0.10371.32021.0784-0.6182-0.1454-0.28-0.00980.98060.02710.5924-0.06070.01031.71580.40750.8409-56.553515.0171-75.8785
41.05960.81071.05172.68590.66844.72820.46841.2917-1.1123-1.11990.22190.2250.77150.3007-0.83981.01030.1909-0.49121.8501-0.35450.7998-63.2022-6.2532-80.0677
55.42451.1339-0.65975.9169-1.09296.78690.0693-0.11790.46480.09450.202-0.2054-0.63850.0938-0.18880.3505-0.01560.02150.7528-0.20130.4776-32.94712.717-52.0203
62.96190.85660.84470.87260.63941.5290.3396-0.2739-0.77860.00450.10540.50080.8616-0.7522-0.51490.6799-0.8453-0.96011.4290.69611.2802-94.889-8.313-68.7599
75.02950.1337-0.24417.66180.19566.5350.0421-0.8486-0.10070.52080.0154-0.5352-0.02350.29260.03460.3738-0.09540.10330.8267-0.04250.4812-105.6786-12.9568-38.5158
82.4979-0.4815-0.70414.13910.54372.7969-0.21320.1571-0.2515-0.0731-0.30110.62890.4239-0.28080.40990.447-0.28310.00271.20560.15840.3988-106.9704-9.8192-36.7785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B'
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G'

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る