PDB-5ifj: Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E01 Fab fragment in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ifj

タイトル

Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E01 Fab fragment in complex of peptide PLQPEQPFP

要素

1E01 Fab fragment heavy chain
1E01 Fab fragment light chain
peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-gliadin antibody / gliadin peptide / celiac disease

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Triticum aestivum (コムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.

引用

ジャーナル: JCI Insight / 年: 2017
タイトル: Stereotyped antibody responses target posttranslationally modified gluten in celiac disease.
著者: Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ifj.cif.gz	646.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ifj.ent.gz	537.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ifj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ifj_validation.pdf.gz	525.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ifj_full_validation.pdf.gz	549.2 KB	表示
XML形式データ	5ifj_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	5ifj_validation.cif.gz	89 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ig7C 5ihzSC 5ijkC 5ik3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jny-1 1f90-d 4gxv-1 6qn8-3 5drx-2 3mlt-4 3cvi-d 6vor-2 5ig7-3 5ig7-2 4odw-1 1nbv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1E01 Fab fragment heavy chain

B: 1E01 Fab fragment light chain

C: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

D: 1E01 Fab fragment heavy chain

E: 1E01 Fab fragment light chain

F: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

G: 1E01 Fab fragment heavy chain

H: 1E01 Fab fragment light chain

I: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

J: 1E01 Fab fragment heavy chain

K: 1E01 Fab fragment light chain

L: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

192 kDa, 12 ポリマー
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1

A: 1E01 Fab fragment heavy chain

B: 1E01 Fab fragment light chain

C: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: 1E01 Fab fragment heavy chain

E: 1E01 Fab fragment light chain

F: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: 1E01 Fab fragment heavy chain

H: 1E01 Fab fragment light chain

I: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.1 kDa, 3 ポリマー
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4

J: 1E01 Fab fragment heavy chain

K: 1E01 Fab fragment light chain

L: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	112.450, 141.280, 177.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	1E01 Fab fragment heavy chain 分子量: 23765.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	1E01 Fab fragment light chain 分子量: 23002.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO 分子量: 1052.177 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Triticum aestivum (コムギ)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M MES, pH 6.5, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→112.45 Å / Num. obs: 117865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IHZ

5ihz

解像度: 2.35→88.53 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	5827	4.95 %
R_work	0.205	-	-
obs	0.2067	117758	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→88.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13068	0	60	363	13491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	18310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.784	7996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2051
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2323

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.3767	0.3686	192	0.3249	3687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3767-2.4047	0.3617	173	0.3099	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4047-2.434	0.3372	178	0.3016	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.434-2.4648	0.3519	186	0.2911	3656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4648-2.4972	0.331	182	0.2893	3737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4972-2.5315	0.317	186	0.282	3692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5315-2.5676	0.3431	211	0.2909	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5676-2.606	0.3701	217	0.2952	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.606-2.6467	0.3068	221	0.2961	3641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6467-2.6901	0.3151	197	0.2717	3737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6901-2.7365	0.3195	190	0.2691	3689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7365-2.7862	0.3571	194	0.2637	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7862-2.8398	0.3046	203	0.2473	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8398-2.8978	0.2954	171	0.242	3710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-2.9608	0.2613	194	0.2344	3726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9608-3.0297	0.3414	198	0.2496	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0297-3.1054	0.2765	233	0.2519	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1054-3.1894	0.2946	181	0.2411	3723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1894-3.2833	0.3051	199	0.2491	3756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2833-3.3892	0.2683	180	0.2259	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3892-3.5104	0.2557	193	0.2095	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5104-3.6509	0.243	184	0.2061	3727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6509-3.8171	0.2411	204	0.2035	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8171-4.0183	0.2464	179	0.1933	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0183-4.2701	0.1978	172	0.1671	3758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2701-4.5998	0.1952	205	0.1516	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5998-5.0626	0.1643	186	0.1446	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0626-5.7951	0.1829	215	0.1562	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7951-7.3007	0.2156	201	0.1841	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3007-88.5928	0.1738	202	0.1822	4010	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9707	0.3246	0.4488	0.9872	0.3669	1.511	-0.0173	-0.0625	-0.1774	-0.0551	0.0047	-0.0437	0.0165	0.048	0.0309	0.3621	0.0738	0.0007	0.3681	0.0882	0.434	0.2567	-45.6752	18.752
2	1.3711	0.1297	0.7337	1.6205	0.2085	2.4438	-0.0472	0.0891	-0.0645	-0.0758	0.0135	0.1672	-0.0456	-0.0787	0.0425	0.4068	0.0699	-0.0203	0.3989	0.065	0.4062	-3.7271	-31.5444	9.1047
3	1.4921	0.5453	0.747	1.032	1.0469	1.5942	-0.0084	-0.0892	-0.1401	-0.0246	-0.0802	-0.0123	0.0761	0.077	0.0796	0.3899	0.0477	0.1433	0.3627	0.1112	0.4432	24.4069	-65.3736	15.9584
4	1.8906	0.603	0.2885	1.2614	0.5829	1.9688	-0.0226	-0.3025	-0.3037	-0.0615	-0.0567	-0.1532	0.0468	0.1427	0.0739	0.3546	0.0142	0.1165	0.3751	0.0641	0.4187	40.0681	-62.5548	8.4207
5	3.0326	0.2392	-1.8432	2.2593	-0.8048	3.5494	-0.4265	0.1141	-0.4979	-0.2544	0.0648	-0.0374	0.7638	-0.0779	0.318	0.5166	-0.0497	0.0202	0.3541	0.0785	0.3862	10.9985	-67.6429	45.3582
6	2.1607	0.1896	-1.2962	3.2382	-1.7654	4.1848	-0.2872	0.0462	-0.3474	-0.3348	-0.4032	-0.7153	0.9567	0.5667	0.6046	0.6796	0.0577	0.0788	0.447	0.1262	0.4936	14.4853	-75.019	61.2559
7	1.8025	-0.8957	-0.0092	1.7885	0.1151	2.113	0.0297	-0.2029	-0.4559	0.1122	-0.0178	0.3616	0.3509	-0.2671	-0.0144	0.4119	-0.1038	0.0423	0.4103	0.0995	0.7352	-9.252	-76.1353	22.9051
8	1.9599	-1.51	-0.0326	2.6611	0.6195	1.998	0.0378	-0.1925	-0.8359	-0.0081	0.0873	0.9098	0.6426	-0.8065	-0.0883	0.6757	-0.28	0.0168	0.813	0.1771	1.2272	-24.0445	-85.7364	24.2309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 1:220)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 1:213)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain D and resseq 1:221)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain E and resseq 1:213)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain G and resseq 1:221)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain H and resseq 1:213)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain J and resseq 1:223)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain K and resseq 1:213)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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