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- PDB-5ieb: Solution structure of SdrG from Sphingomonas melonis Fr1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ieb
タイトルSolution structure of SdrG from Sphingomonas melonis Fr1
要素Sensory transduction regulatory protein
キーワードPROTEIN / Single domain response regulator FAT GUY Familly
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensory transduction regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas melonis FR1 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Campagne, S. / Vorholt, J.A. / Allain, F.H.-T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
ETHETH-21 09-3 スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Role of the PFXFATG[G/Y] Motif in the Activation of SdrG, a Response Regulator Involved in the Alphaproteobacterial General Stress Response.
著者: Campagne, S. / Dintner, S. / Gottschlich, L. / Thibault, M. / Bortfeld-Miller, M. / Kaczmarczyk, A. / Francez-Charlot, A. / Allain, F.H. / Vorholt, J.A.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory transduction regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8931
ポリマ－13,8931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6490 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sensory transduction regulatory protein


分子量: 13892.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas melonis FR1 (バクテリア)
遺伝子: SR41_04275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1MA58

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
121isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic23D 1H-15N NOESY
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic11D H

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SdrG, 10 mM NaPO4, 50 mM NaCl, 90% H2O/10% D2O
詳細: 1 mM SdrG labeled 13C 15N / Label: 13C15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSdrG[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMNaPO4natural abundance1
50 mMNaClnatural abundance1
試料状態詳細: Solvent NaPO4 10mM pH 6.5, NaCl50 mM / イオン強度: 50 mM / Label: 13C15N / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001cryo probbed
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II9002cryo probbed

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.96P. Guntherstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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