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万見
- PDB-5i8o: HMM5 Fab in complex with disaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i8o
タイトルHMM5 Fab in complex with disaccharide
要素
  • HMM5 antibody heavy chain
  • HMM5 antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody Fab glycan allergy
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Andersen, G.R. / Tjerrild, L.M. / Spillner, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of HMM5 Fab with a bound disaccharide
著者: Plum, M. / Bantleon, F. / Tjerrild, L. / Raiber, T. / Eckenberger, J. / Wolf, S. / Miehe, M. / Jabs, F. / Greunke, K. / Seismann, H. / Jakob, T. / Andersen, G.R. / Spillner, E.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: HMM5 antibody heavy chain
L: HMM5 antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6253
ポリマ－46,2432
非ポリマー3811
水11,962664
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.447, 63.587, 108.771
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 HMM5 antibody heavy chain


分子量: 22858.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体 HMM5 antibody light chain


分子量: 23384.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 381.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAc[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_1*OC_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15-25 mM LiSO4, 15-26.5% (w/v) PEG 3350, 0.1M Tris or HEPES pH 7.0-8.5, 18 mM Fuca1-3GlcNAca1-OMe

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.913 Å / Num. obs: 41574 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.594 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.05
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.860.9821.721100
1.86-1.940.7212.51100
1.94-2.030.5463.361100
2.03-2.130.4414.331100
2.13-2.270.3385.621100
2.27-2.440.296.461100
2.44-2.690.2158.13199.9
2.69-3.080.13712.061100
3.08-3.880.08219.711100
3.880.0625.05199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→44.913 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 1991 4.8 %
Rwork0.1643 --
obs0.1663 41511 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.25 Å2 / Biso mean: 20.1541 Å2 / Biso min: 9.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.913 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3250 0 26 664 3940
Biso mean--34.19 31.15 -
残基数----436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1224569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6321219
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.8450.34561380.268527802918
1.845-1.89490.29891410.238127572898
1.8949-1.95070.28751410.212227862927
1.9507-2.01360.24961410.196228132954
2.0136-2.08560.25191430.182827632906
2.0856-2.16910.21411440.168528022946
2.1691-2.26780.22891390.164928182957
2.2678-2.38740.21261430.16527872930
2.3874-2.5370.19321400.167228172957
2.537-2.73280.21351440.161228112955
2.7328-3.00780.19361390.161528452984
3.0078-3.44290.17931410.148428422983
3.4429-4.33710.16411450.133428763021
4.3371-44.92720.15731520.144430233175
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.9011 Å / Origin y: 1.3005 Å / Origin z: 12.973 Å
111213212223313233
T0.149 Å20.0026 Å20.0103 Å2-0.1079 Å20.0113 Å2--0.1142 Å2
L0.9269 °20.0775 °20.1686 °2-0.1068 °20.1018 °2--0.1932 °2
S0.0056 Å °-0.0124 Å °0.0206 Å °-0.0028 Å °0.004 Å °-0.0028 Å °-0.0115 Å °-0.0137 Å °-0.0076 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain H or Chain LH1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION1Chain H or Chain LL1 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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