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- PDB-5i6i: Crystal structure of a dBCCP-variant of Chaetomium thermophilum a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i6i
タイトルCrystal structure of a dBCCP-variant of Chaetomium thermophilum acetyl-CoA carboxylase
要素Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein
キーワードLIGASE / Carboxylase / Fatty acid metabolism / Multienzyme / Carrier protein-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, central domain / : / : / Acetyl-CoA carboxylase, central region / Acetyl-CoA carboxylase, BT domain / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase ...Acetyl-CoA carboxylase, central domain / : / : / Acetyl-CoA carboxylase, central region / Acetyl-CoA carboxylase, BT domain / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-CoA carboxylase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 8.4 Å
データ登録者Hunkeler, M. / Stuttfeld, E. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation138262 スイス
Swiss National Science Foundation159696 スイス
Swiss National Science Foundation145023 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: The dynamic organization of fungal acetyl-CoA carboxylase.
著者: Hunkeler, M. / Stuttfeld, E. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein
B: Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)497,4812
ポリマ－497,4812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13400 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area129670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)462.200, 462.200, 204.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein,Acetyl-CoA carboxylase-like protein


分子量: 248740.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallized construct contains amino acids 1-2297 (aligned to accession code: G0S3L5). The carrier protein (residues 701-766 aligned to accession code G0S3L5) was removed from the ...詳細: The crystallized construct contains amino acids 1-2297 (aligned to accession code: G0S3L5). The carrier protein (residues 701-766 aligned to accession code G0S3L5) was removed from the construct and replaced by a GSG linker. Due to formatting restrictions the SEQRES card was truncated C-terminally to residue R2261. C-terminal stretches after L2259 in chain A could not be modeled unambiguously and were interpreted as poly-Ala/UNK residues
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類), (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0021690 / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0S3L5, acetyl-CoA carboxylase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.61 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus buffer system 3, Morpheus ethylene glycol mix, PEG4000, Glycerol
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 8.4→49.95 Å / Num. obs: 12113 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 751.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.294 / Net I/σ(I): 9.05
反射 シェル解像度: 8.4→8.62 Å / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 3.82 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSVERSION March 1, 2015データ削減
XSCALEVERSION March 1, 2015データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i6f, 5i6e

5i6f

5i6e


解像度: 8.4→49.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.6999 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6775 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 3.654
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3236 549 4.53 %RANDOM
Rwork0.2968 ---
obs0.2981 12111 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 250.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-112.2897 Å20 Å20 Å2
2--112.2897 Å20 Å2
3----224.5795 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 8.4→49.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22445 0 0 0 22445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00822918HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0131027HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10772SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes618HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3293HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it22918HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2911SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact25953SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 8.4→9.2 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3138 118 4.15 %
Rwork0.2542 2725 -
all0.2564 2843 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.38484.3656-11.927132.50783.195924.94630.4223-0.09381.0546-0.2688-0.8273-0.63331.35190.92390.4051.3068-0.2280.09640.517-0.47090.9119-36.250715.083853.2108
211.148315.16771.065313.7983.975724.94630.5916-1.22911.7980.57240.06850.1512-2.16790.4894-0.66010.5876-0.3392-0.12420.62830.45480.304-59.542655.064274.7779
3-7.21413.76391.84618.6036-9.01618.7890.06711.247-0.1077-0.28440.8788-1.00680.54671.9297-0.9459-1.04350.0760.6228-0.7803-0.1669-0.9119-69.982654.929148.1248
41.05821.1636-0.15446.2209-5.29263.79060.4814-0.28960.7435-0.58050.0628-0.1992-1.1419-1.2877-0.5442-0.517-0.2280.4709-1.30680.0964-0.9119-106.877588.401925.0697
532.5078-4.3656-6.886117.38486.106324.9463-1.49040.45750.2032-0.11541.4212-0.6566-1.57980.94880.06920.79070.24550.16250.42520.62030.9119-85.8338191.8525-6.7313
69.6448-12.7698-1.845115.30159.016724.0820.38342.1452-2.0903-1.1202-0.20830.3552.1024-0.4844-0.17510.80830.23530.60480.4075-0.13560.3593-113.257153.3344-24.2335
716.6457-3.2982-3.195922.8201-11.927101.045-0.54260.3307-0.4466-1.6865-0.2315-1.29031.14030.6415-0.517-0.2280.1669-1.30680.6228-0.1869-106.6313152.72343.8376
82.7431-1.60061.63765.0952-1.68464.0050.4025-0.58652.23041.03370.5404-0.5976-1.1419-1.2877-0.9429-0.517-0.2280.6228-1.3068-0.1669-0.9119-109.5375109.990137.9253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|788 - 1031}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|1040 - 1327}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|1328 - 1523}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|1524 - 2259}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|788 - 1032}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|1036 - 1327}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|1328 - 1523}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|1524 - 2259}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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