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- PDB-5i5d: Salmonella global domain 245 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i5d
タイトルSalmonella global domain 245
要素Inner membrane protein YejM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Salmonella 245-586
機能・相同性Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / plasma membrane / Inner membrane protein YejM
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Dong, C. / Dong, H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights into cardiolipin transfer from the Inner membrane to the outer membrane by PbgA in Gram-negative bacteria.
著者: Dong, H. / Zhang, Z. / Tang, X. / Huang, S. / Li, H. / Peng, B. / Dong, C.
履歴
登録2016年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inner membrane protein YejM
B: Inner membrane protein YejM
C: Inner membrane protein YejM
D: Inner membrane protein YejM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,1624
ポリマ－272,1624
非ポリマー00
水22,3931243
1
A: Inner membrane protein YejM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0411
ポリマ－68,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inner membrane protein YejM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0411
ポリマ－68,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Inner membrane protein YejM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0411
ポリマ－68,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Inner membrane protein YejM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0411
ポリマ－68,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 196.090, 70.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILEAA243 - 584243 - 584
21SERSERILEILEBB243 - 584243 - 584
12VALVALILEILEAA244 - 584244 - 584
22VALVALILEILECC244 - 584244 - 584
13SERSERILEILEAA243 - 584243 - 584
23SERSERILEILEDD243 - 584243 - 584
14VALVALILEILEBB244 - 584244 - 584
24VALVALILEILECC244 - 584244 - 584
15SERSERALAALABB243 - 585243 - 585
25SERSERALAALADD243 - 585243 - 585
16VALVALILEILECC244 - 584244 - 584
26VALVALILEILEDD244 - 584244 - 584

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Inner membrane protein YejM


分子量: 68040.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
遺伝子: yejM, STM2228 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40709
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: in 0.1 M Bis-tris pH 5.5 and 16% PEG3350 / PH範囲: 5.2-5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 177 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→98.4 Å / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 11.8 % / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.64→98.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.044 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 7305 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 137670 85.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.14 Å20 Å2-1.02 Å2
2---5.43 Å20 Å2
3---13.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→98.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10744 0 0 1243 11987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01910997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.0210147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9671.93314966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.071323208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95651351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95324.47557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.61151641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2631568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.21664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7022.0885428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7012.0875427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7223.126771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7223.1216772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2992.3845569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2992.3845570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4443.4638196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.69320.25649895
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.519.90748609
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A405900.09
12B405900.09
21A400240.1
22C400240.1
31A398420.1
32D398420.1
41B399320.1
42C399320.1
51B397560.11
52D397560.11
61C402280.09
62D402280.09
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 264 -
Rwork0.303 4789 -
obs--40.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35270.0213-0.07640.56650.03590.11140.0088-0.006-0.0208-0.0499-0.01090.00080.0006-0.01550.00210.03270.0007-0.02870.0040.00040.029846.743928.44138.0896
20.62570.0318-0.02040.579-0.2440.1248-0.0099-0.0682-0.0154-0.02530.0095-0.02490.0129-0.01690.00040.0258-0.0005-0.02260.01620.00720.027717.367528.642643.1658
30.4439-0.2302-0.10910.6830.06770.2986-0.00480.03920.0567-0.01130.0585-0.03930.00190.0093-0.05360.009-0.0051-0.01630.01790.01110.0585-1.655672.393566.1385
40.4394-0.0916-0.0120.29660.02880.15630.0108-0.01780.0442-0.0110.01190.0221-0.00420.0204-0.02270.0205-0.0008-0.01540.0034-0.00360.050727.857172.38229.4581
50000000000000000.0145000.014500.0145000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A243 - 585
2X-RAY DIFFRACTION2B242 - 585
3X-RAY DIFFRACTION3C244 - 585
4X-RAY DIFFRACTION4D240 - 585
5X-RAY DIFFRACTION5W1 - 1459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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