PDB-5i1h: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-53/IGKV3-20

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i1h

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-53/IGKV3-20

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.222 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i1h.cif.gz	96.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i1h.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i15C 5i16C 5i17C 5i18C 5i19C 5i1aC 5i1cSC 5i1dC 5i1eC 5i1gC 5i1iSC 5i1jC 5i1kC 5i1lC 4kmt C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u6o-d 5i1g-d 5i1a-1 1um5-d 4ub0-d 2fjf-12 4o51-2 5dmg-2 5i76-1 4dvb-2 2orb-1 5i1a-2 1uyw-2 4dn3-d 4jha-d 4jzn-1 7jwp-7 6mfj-2 6uga-1 5mu0-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.380, 89.380, 211.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23373.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24239.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 19% PEG 4K, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5 PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月27日 / 詳細: VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.222→30 Å / Num. obs: 24323 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 36.2
反射シェル	解像度: 2.222→2.28 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I1I,5I1C

5i1i

5i1c

解像度: 2.222→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 7.204 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26588	1006	4.2 %	RANDOM
R_work	0.22852	-	-	-
obs	0.23004	23217	94.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0.04 Å²	-0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.222→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3217	0	10	71	3298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.97	1.962	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.436	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.987	24.063	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.447	15	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.766	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.123	6.797	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.225	7.629	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.88	7.011	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.828		4733
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.222→2.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	37	-
R_work	0.316	888	-
obs	-	-	51.1 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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