PDB-5i0t: Thiosulfate bound Cysteine Dioxygenase at pH 6.8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i0t

タイトル

Thiosulfate bound Cysteine Dioxygenase at pH 6.8

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cupin-fold / cysteine to cysteine sulfinate / C93-Y157 crosslink / catalysis oxidation / thiosulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2016年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i0t.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i0t.ent.gz	106.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i0t_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i0t_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	5i0t_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	5i0t_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pixC 4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0uC 4ieoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xfc-d 4xfb-d 6cdn-d 2q5e-4 4pjy-d 4jto-d 4iew-d 5msz-d 4z82-d 3nm7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23090.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-THJ / THIOSULFATE 分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 24% PEG 4000, 0.15 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→30.6 Å / Num. obs: 44485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / R_merge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 21.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IEO

4ieo

解像度: 1.37→30.6 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	4333	9.81 %
R_work	0.1692	-	-
obs	0.1723	44156	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→30.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1504	0	6	313	1823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	2257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.846	611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.3856	0.3769	128	0.336	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3856-1.4019	0.3084	148	0.3203	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4019-1.419	0.3338	125	0.2957	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
1.419-1.4369	0.2873	149	0.282	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4369-1.4558	0.2899	143	0.2838	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4558-1.4758	0.3051	155	0.2701	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4758-1.4969	0.2464	139	0.26	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4969-1.5192	0.2326	141	0.2403	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5192-1.5429	0.2891	135	0.225	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5429-1.5682	0.2375	157	0.2104	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5682-1.5953	0.2439	151	0.196	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5953-1.6243	0.2	135	0.1902	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6243-1.6555	0.2221	154	0.1786	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6555-1.6893	0.2149	140	0.1823	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.726	0.2054	149	0.1843	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
1.726-1.7662	0.206	135	0.1804	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7662-1.8104	0.2216	135	0.1755	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8104-1.8593	0.2122	138	0.163	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8593-1.914	0.2123	132	0.1654	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.914-1.9758	0.189	137	0.1572	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9758-2.0464	0.1863	156	0.1522	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0464-2.1283	0.1776	161	0.1517	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1283-2.2251	0.1884	133	0.1424	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2251-2.3424	0.1874	141	0.1463	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3424-2.4891	0.2119	139	0.1507	1354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4891-2.6812	0.1796	166	0.1526	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6812-2.9508	0.2036	148	0.155	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9508-3.3773	0.1725	153	0.1529	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3773-4.2532	0.183	146	0.1444	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2532-30.6076	0.1733	164	0.1666	1497	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.2405 Å / Origin y: 2.9606 Å / Origin z: -49.6222 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0951 Å²	0.0008 Å²	-0.0055 Å²	-	0.1124 Å²	0.0083 Å²	-	-	0.1087 Å²
L	0.8901 °²	0.398 °²	-0.1774 °²	-	1.016 °²	0.1487 °²	-	-	0.8696 °²
S	0.0153 Å °	-0.0175 Å °	-0.0511 Å °	0.0456 Å °	-0.0152 Å °	-0.003 Å °	0.0628 Å °	-0.0333 Å °	-0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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