PDB-5hyt: Structure of human C4b-binidng protein alpha chain CCP domains 1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hyt

タイトル

Structure of human C4b-binidng protein alpha chain CCP domains 1 and 2 in complex with the hypervariable region of group A Streptococcus M22 protein

要素

C4b-binding protein alpha chain
Precursor to Protein Sir22

キーワード

IMMUNE SYSTEM / M protein / Complement / Streptococcus pyogenes / hypervariable antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of opsonization / response to symbiotic bacterium / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / cell wall / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Ghosh, P.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32 GM007240	米国
American Heart Association	14PRE18320032	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI096837	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI077780	米国

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Conserved patterns hidden within group A Streptococcus M protein hypervariability recognize human C4b-binding protein.
著者: Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Hirakis, S.P. / Biswas, T. / Amaro, R.E. / Nizet, V. / Ghosh, P.

履歴

登録	2016年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hyt.cif.gz	265.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hyt.ent.gz	215 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5hyt_validation.pdf.gz	492.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hyt_full_validation.pdf.gz	503.6 KB	表示
XML形式データ	5hyt_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	5hyt_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hypSC 5hyuC 5hzpC 5i0qC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vuq-1 3ugb-1 4hku-d 3cto-d 5zhy-d 40 3d55-d 6jk0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Precursor to Protein Sir22

B: C4b-binding protein alpha chain

C: Precursor to Protein Sir22

D: C4b-binding protein alpha chain

F: C4b-binding protein alpha chain

G: Precursor to Protein Sir22

H: C4b-binding protein alpha chain

E: Precursor to Protein Sir22

96.1 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Precursor to Protein Sir22

B: C4b-binding protein alpha chain

C: Precursor to Protein Sir22

D: C4b-binding protein alpha chain

登録者が定義した集合体
48.1 kDa, 4 ポリマー
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2

F: C4b-binding protein alpha chain

G: Precursor to Protein Sir22

H: C4b-binding protein alpha chain

E: Precursor to Protein Sir22

登録者が定義した集合体
48.1 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.079, 80.348, 152.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Precursor to Protein Sir22 分子量: 9865.811 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 48-126 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: sir22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54901
#2: タンパク質	C4b-binding protein alpha chain / C4bp / Proline-rich protein / PRP 分子量: 14163.894 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 49-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4BPA, C4BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04003
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M Ammonium Sulfate, 2% PEG 400, HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→76.47 Å / Num. obs: 28415 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.54→2.68 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HYP

5hyp

解像度: 2.54→76.47 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2744	2000	7.06 %
R_work	0.2134	-	-
obs	0.2178	28328	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→76.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4844	0	0	70	4914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.485	6704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.748	1828
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	744
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	868

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.54-2.6035	0.4192	139	0.3401	1836	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6035-2.6739	0.3761	141	0.3088	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6739-2.7526	0.2825	139	0.2855	1839	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7526-2.8415	0.3232	141	0.28	1850	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8415-2.943	0.3385	141	0.283	1851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.943-3.0609	0.4013	141	0.2758	1855	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0609-3.2002	0.3376	142	0.2774	1871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2002-3.3689	0.3204	142	0.244	1879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3689-3.58	0.3038	143	0.2216	1867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.8564	0.2938	143	0.2	1896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8564-4.2444	0.2402	144	0.1751	1888	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2444-4.8585	0.2078	144	0.1623	1895	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8585-6.1208	0.247	146	0.1822	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1208-76.5046	0.2101	154	0.1884	2022	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8584	-0.8792	4.9278	4.0229	-2.5989	6.5381	-0.1769	-0.6271	0.5664	-0.0328	0.3002	0.0785	-0.2825	-0.7084	-0.1284	0.5453	0.0516	0.0367	0.4879	-0.1745	0.4261	-3.4684	2.8962	22.0044
2	5.7425	1.8739	-1.3754	7.186	3.5717	3.3793	-0.3918	0.5711	-0.1381	-0.0145	0.0988	0.1726	0.4204	0.0689	0.0906	0.4582	0.0047	0.0219	0.5343	-0.0583	0.1929	12.7688	-12.6526	4.1792
3	9.8356	-6.6516	-1.318	5.0169	1.355	2.4521	0.5152	0.6311	0.4746	-1.8323	-0.7674	-0.4888	-0.0241	1.1157	-0.1678	0.641	0.1151	0.033	0.9707	0.0962	0.518	22.1722	-13.863	4.9297
4	6.7573	-5.2557	0.6927	4.3769	-1.2842	4.4749	-0.185	-0.5013	-0.5031	0.3342	-0.0528	0.5838	0.3199	0.0924	0.0924	0.3225	-0.058	0.0228	0.5387	-0.1261	0.3981	10.6619	-12.3325	11.4042
5	2.1911	0.6689	1.6294	1.9969	-1.1961	4.7596	-0.4091	-0.3738	0.5469	0.4464	0.2358	0.4779	-0.5875	-0.7638	-0.1282	0.5799	0.1201	0.0157	0.688	-0.0777	0.4963	-10.3266	6.8776	10.8608
6	1.4784	-2.8677	-0.4525	9.2382	-2.5215	3.239	0.7233	1.2527	-1.0817	-1.1176	0.14	1.2789	-0.2016	-2.136	-0.4056	0.6754	0.1274	-0.022	1.2895	-0.1558	0.496	-13.0958	2.2051	6.5402
7	5.6259	2.5278	1.7023	2.3333	-0.6808	8.0764	0.391	2.1647	0.5392	-0.9172	-0.2736	2.2962	-0.4984	0.2132	-0.3192	0.8633	0.389	-0.2952	1.3154	0.1086	1.1226	-20.2994	11.9257	-0.9179
8	0.1651	-0.2073	0.5055	1.8103	-0.1644	1.7297	0.2696	1.5243	-0.1075	0.463	-0.1536	0.4761	0.3158	0.4506	-0.0714	0.6756	0.0838	-0.007	0.7442	-0.087	0.4564	-4.6159	6.6612	3.0028
9	8.061	-8.4539	6.4265	9.1459	-6.805	5.2488	-0.4046	1.6977	1.6469	0.4615	-0.9162	-1.1799	-0.9004	1.9014	0.7897	0.7351	0.0202	-0.1364	0.876	-0.0323	0.5107	0.2614	9.0814	8.7861
10	3.0201	-4.0985	3.1932	6.5933	-3.1187	4.7339	-0.8371	2.3688	0.7788	1.2294	-0.2121	0.649	-2.1983	0.1234	0.4469	1.0961	0.3689	-0.1775	0.9251	0.1648	0.8652	-16.3469	16.6856	1.1426
11	7.6758	-1.6639	5.0556	2.5243	-3.8853	7.5087	0.5223	0.5519	-0.6765	-0.381	-0.2524	0.2567	0.5248	-0.4632	-0.1865	0.4219	0.0929	-0.0134	0.5005	-0.1898	0.4794	-6.93	-4.9513	23.5587
12	2.899	-1.5927	-0.627	8.2099	-2.0327	5.8825	-0.1736	-0.7324	-0.4205	0.1597	0.2579	-0.0449	0.3347	-0.2144	-0.1024	0.4211	0.0039	0.0727	0.5464	-0.0193	0.5182	-1.8076	-11.2821	46.7043
13	5.1926	1.3386	2.941	1.4145	1.0768	4.4702	-0.22	-0.2396	0.3869	-0.2393	-0.14	0.7159	-0.0629	-1.5548	0.2671	0.5342	0.0206	-0.038	1.1966	-0.2816	0.8123	-27.4621	-2.1498	25.5624
14	7.3504	4.191	-1.5492	7.6549	-0.8106	3.7774	0.0078	-0.0852	-0.8132	0.2094	0.066	-0.8547	0.0364	0.1479	-0.0678	0.4122	0.0765	0.0546	0.7075	0.1435	0.56	10.8518	-29.6824	18.9958
15	7.9469	-1.6633	4.5655	3.3897	-0.9324	7.9046	-0.1222	0.0546	-0.051	-0.1739	-0.0295	0.393	0.0032	-0.9461	0.0547	0.3043	-0.0394	0.0298	0.5086	-0.0724	0.3196	-22.1663	-29.4678	9.381
16	8.4352	-1.5455	7.364	3.3357	-2.9423	9.0907	0.0516	-0.5679	-0.9044	-0.0594	0.2348	0.2929	0.4393	-0.1886	-0.3385	0.4045	0.0386	0.0811	0.4484	0.0943	0.4013	-13.5566	-39.1483	30.5108
17	2.3112	2.8748	-1.3055	3.5293	-1.3619	1.0936	0.6567	-0.1373	0.459	0.6514	-0.7082	0.6186	0.0195	-1.363	0.0981	0.5911	0.1367	0.1357	0.6616	0.0429	0.5174	-15.7885	-23.496	55.8775
18	3.0862	2.5376	-0.2496	6.0174	5.8342	9.1255	0.3661	-0.5216	0.1773	1.4232	0.1581	-0.1865	0.7949	-0.5115	-0.112	0.7939	0.2325	0.0563	0.7871	0.2038	0.539	-11.3025	-27.2661	60.5144
19	4.167	1.7039	1.3331	5.263	3.7645	2.8532	-0.0627	0.6445	0.416	-0.023	0.3425	0.0586	-0.5675	-0.7431	-0.4096	0.4519	0.0226	0.065	0.5462	0.2054	0.4281	-11.8313	-30.5704	46.141
20	7.0277	2.4275	1.6503	8.0156	4.7365	5.957	0.2754	0.0416	1.0466	0.2825	0.2854	-0.079	-0.186	-0.029	-0.2525	0.677	0.117	0.1574	0.5807	0.083	0.5164	-10.2962	-18.7878	52.6852
21	6.488	1.254	3.1835	9.3323	3.1496	3.5322	0.5199	-0.9846	-0.8094	-0.3077	-0.8062	1.5848	0.598	-1.2411	0.1832	0.5565	-0.0113	-0.0555	0.8098	0.1569	0.8366	-27.569	-39.2877	30.6004
22	3.7471	-0.7173	0.8893	8.4374	1.6699	7.957	-0.5528	-0.2849	0.5146	0.2727	0.2165	1.3346	-0.754	-1.9354	0.3364	0.4622	0.182	0.059	0.8794	0.1756	0.6425	-30.8694	-33.2835	31.1563
23	0.234	0.4126	-0.5732	3.1042	-1.3073	1.3889	0.5862	-1.0744	-0.4493	-0.2771	0.3069	1.3849	0.7877	-1.7883	-0.9091	0.5902	-0.1688	-0.0571	1.2865	0.4288	1.2343	-39.3319	-39.8868	31.7895
24	4.1406	2.2241	-1.741	5.3317	2.9623	4.2294	0.8867	-0.5425	-1.8191	-0.6281	-0.053	1.1768	0.8622	-1.4997	-0.4133	0.6019	-0.2164	-0.2113	1.1387	0.3984	1.3496	-34.2751	-45.1429	34.4215
25	3.7784	-1.309	5.4444	3.8397	-2.3241	7.7891	0.1213	0.681	0.1918	0.2575	-0.2345	-0.0588	-0.1136	0.5084	0.1069	0.4383	-0.0195	-0.0188	0.3124	0.0156	0.3293	-12.0612	-31.3462	27.4323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 80 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 14 through 27 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 28 through 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 60 through 73 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 74 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 87 through 102 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 103 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 110 through 115 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 116 through 124 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 52 through 79 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 0 through 59 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 60 through 124 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 1 through 59 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 60 through 124 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'G' and (resid 52 through 80 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 0 through 13 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 14 through 33 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 34 through 47 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 48 through 59 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 60 through 74 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 75 through 86 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 87 through 109 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 110 through 124 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 52 through 79 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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