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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hy8 | ||||||
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タイトル | Glycation restrains allosteric transition in hemoglobin: The molecular basis of oxidative stress under hyperglycemic conditions in diabetes | ||||||
![]() | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / Glycation / hemoglobin / diabetes / oxidative stress | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saraswathi, N.T. / Pannu, N.S. / Syakhovich, V.E. / Saurabh, A. / Bokut, S.B. / Moras, D. / Ruff, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Glycation restrains allosteric transition in hemoglobin: The molecular basis of oxidative stress under hyperglycemic conditions in diabetes 著者: Saraswathi, N.T. / Pannu, N.S. / Syakhovich, V.E. / Saurabh, A. / Bokut, S.B. / Moras, D. / Ruff, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 581.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 487.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hhoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 10分子 ACEGSBDFHT
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 2種, 4分子 


#5: 糖 | #6: 糖 | ChemComp-GLC / | |
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-非ポリマー , 3種, 250分子 




#3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-OXY / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 / PH範囲: 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→112.13 Å / Num. obs: 69814 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/av σ(I): 23.7 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / % possible all: 55.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HHO 解像度: 2.3→112.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 17.233 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.506 / ESU R Free: 0.269 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 410.18 Å2 / Biso mean: 109.574 Å2 / Biso min: 23.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→112.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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