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万見
- PDB-5hy8: Glycation restrains allosteric transition in hemoglobin: The mole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hy8
タイトルGlycation restrains allosteric transition in hemoglobin: The molecular basis of oxidative stress under hyperglycemic conditions in diabetes
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Glycation / hemoglobin / diabetes / oxidative stress
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / alpha-D-glucopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Saraswathi, N.T. / Pannu, N.S. / Syakhovich, V.E. / Saurabh, A. / Bokut, S.B. / Moras, D. / Ruff, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glycation restrains allosteric transition in hemoglobin: The molecular basis of oxidative stress under hyperglycemic conditions in diabetes
著者: Saraswathi, N.T. / Pannu, N.S. / Syakhovich, V.E. / Saurabh, A. / Bokut, S.B. / Moras, D. / Ruff, M.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
S: Hemoglobin subunit alpha
T: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,34432
ポリマ－155,20310
非ポリマー7,14122
水4,179232
1
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,79111
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,7107
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,21615
ポリマ－62,0814
非ポリマー3,13411
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area24020 Å2
手法PISA
3
S: Hemoglobin subunit alpha
T: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

S: Hemoglobin subunit alpha
T: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,67512
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,5948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)237.987, 59.267, 137.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 10分子 ACEGSBDFHT

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
糖 , 2種, 4分子

#5: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 250分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 / PH範囲: 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→112.13 Å / Num. obs: 69814 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/av σ(I): 23.7 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.3→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / % possible all: 55.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HHO

1hho


解像度: 2.3→112.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 17.233 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.506 / ESU R Free: 0.269
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 3020 5 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
obs0.2053 57698 86.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 410.18 Å2 / Biso mean: 109.574 Å2 / Biso min: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å2-1.21 Å2
2--3.33 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→112.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10886 0 491 232 11609
Biso mean--58.5 52.23 -
残基数----1428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01911747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0211094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9482.00216085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.85325468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.87651418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44323.96447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.779151752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1291528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.21776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02113213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0390.022761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8062.7985702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7992.7975701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8714.1877110
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 128 -
Rwork0.386 2699 -
all-2827 -
obs--55.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4146-1.1885-0.87342.0713-0.04462.8263-0.0612-0.56030.5502-0.00410.1423-0.4247-0.17830.1768-0.08110.0163-0.00280.00130.1629-0.09620.1355-25.0157.42498.596
23.3046-1.7270.11.6298-0.11181.560.13280.3169-0.9435-0.0004-0.15920.27360.536-0.42730.02650.2099-0.1235-0.03430.2676-0.12570.362-40.731-16.64282.95
33.12640.32720.40851.72330.065310.83630.2194-0.37791.05740.00750.1979-0.1585-1.07871.8733-0.41730.1485-0.28280.17340.6103-0.33560.615912.17339.90311.178
43.4038-1.3669-0.33011.24720.08292.9055-0.218-0.6508-0.08260.28370.18670.1594-0.0004-0.56430.03130.07650.0410.05320.460500.0514-47.1192.268106.119
55.3185-0.17850.15522.20480.6683.03340.12061.00180.3192-0.1299-0.00190.0872-0.262-0.3874-0.11870.02990.07420.01160.45960.05450.0385-46.9864.46773.466
66.2987-3.13381.92363.8212-0.86525.16380.21021.42121.9608-0.2676-1.4175-1.6531-0.0612.54781.20730.03210.00910.12681.66060.85710.983715.54931.07772.663
79.3148-3.41232.80333.1838-1.9114.8014-0.5289-0.99210.66960.29760.0932-0.2613-0.34480.33530.43570.06240.027-0.01520.2538-0.04080.1161-4.78429.49985.36
83.2404-1.1051.04871.7047-0.72257.8619-0.2070.86630.8725-0.0523-0.6309-0.298-0.49691.26010.8380.1571-0.0311-0.03440.44570.32150.4214-10.54940.69555.457
94.5313-1.20372.15313.5051-0.98796.21630.68830.7791-0.629-0.5881-0.56840.24242.1311.4033-0.11990.97140.57650.09010.412-0.07030.2636-8.62716.66755.927
103.89140.4099-0.43520.35470.08311.04950.4356-0.74320.27090.17490.18450.02731.8393-0.3235-0.62010.4186-0.079-0.06190.4228-0.02440.2363-3.35722.21914.957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B12 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3T1 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4A1 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6E3 - 139
7X-RAY DIFFRACTION7F1 - 146
8X-RAY DIFFRACTION8G2 - 140
9X-RAY DIFFRACTION9H1 - 146
10X-RAY DIFFRACTION10S1 - 141

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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