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- PDB-1fhj: CRYSTAL STRUCTURE OF AQUOMET HEMOGLOBIN-I OF THE MANED WOLF (CHRY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fhj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AQUOMET HEMOGLOBIN-I OF THE MANED WOLF (CHRYSOCYON BRACHYURUS) AT 2.0 RESOLUTION.
要素
  • HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
  • HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / maned wolf / hemoglobin / metahemoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle ...haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Chrysocyon brachyurus (タテガミオオカミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fadel, V. / de Azevedo, W.F.
引用
ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of hemoglobin from the maned wolf (Chrysocyon brachyurus) using synchrotron radiation.
著者: Fadel, V. / Canduri, F. / Olivieri, J.R. / Smarra, A.L. / Colombo, M.F. / Bonilla-Rodriguez, G.O. / de Azevedo, W.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization, Preliminary X-ray Diffraction Analysis and Patterson Search of Oxyhemoglobin I from the Wolf (Chrysocyon brachiurus)
著者: Smarra, A.L. / Fadel, V. / Dellamano, M. / Olivieri, J.R. / de Azevedo Jr., W.F. / Bonilla-Rodriguez, G.O.
履歴
登録2000年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
C: HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
D: HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0478
ポリマ－62,5814
非ポリマー2,4664
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.184, 87.725, 133.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit has a complete tetramer formed by two alpha chains and two beta chains.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)


分子量: 15270.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chrysocyon brachyurus (タテガミオオカミ)
参照: UniProt: P01952, UniProt: P60523*PLUS
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)


分子量: 16020.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chrysocyon brachyurus (タテガミオオカミ)
参照: UniProt: P02056, UniProt: P60526*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 1500 30%, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.37
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.864→72.548 Å / Num. all: 53941 / Num. obs: 50240 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.62 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 2.38 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Num. unique all: 2799 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN OXYHEMOGLOBIN pdb id 1HHO

1hho


解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0
詳細: Refmac was also used for refinement. THE SIMULLATED ANNEALING METHOD (X-PLOR) AND MAXIMUM LIKELIHOOD METHOD (REFMAC) WAS EMPLOYED. Data was used to 1.8 angstroms, but with low completeness.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 10 -Fixed randomly for x-plor refinement and fixed the same reflections for the refmac refinement.
Rwork0.194 ---
all-53547 --
obs-50039 93.45 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4420 0 172 308 4900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.171
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.927

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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