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万見
- PDB-1y8w: T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: alphaR92... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y8w
タイトルT-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: alphaR92A oxy (2mM IHP, 20% PEG) (10 test sets)
要素
  • Hemoglobin alpha chain
  • Hemoglobin beta chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEMOGLOBIN MUTANT / GLOBIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / erythrocyte development / oxygen transport ...cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / erythrocyte development / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / response to hydrogen peroxide / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Late endosomal microautophagy / platelet aggregation / regulation of blood pressure / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Chaperone Mediated Autophagy / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystallographic evidence for a new ensemble of ligand-induced allosteric transitions in hemoglobin: the T-to-T(high) quaternary transitions.
著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
履歴
登録2004年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52026年8月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 600HETEROGEN AN IHP MOLECULE WAS NOT ADDED TO THE MODEL SINCE NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS ...HETEROGEN AN IHP MOLECULE WAS NOT ADDED TO THE MODEL SINCE NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND AT ITS BINDING SITE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha chain
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin alpha chain
D: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,56712
ポリマ－61,9734
非ポリマー2,5948
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.400, 98.500, 67.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細the crystallographic asymmetric unit in this entry is an alpha2beta2 tetramer. the crystallographic asymmetric unit and biological unit are equivalent

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin alpha chain


分子量: 15096.302 Da / 分子数: 2 / 変異: V1M, R92A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化詳細: 10% PEG 6000, 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, 3 MM SODIUM DITHIONITE, 10 MG/ML DEOXYHB, PH 7.0, BATCH, TEMPERATURE 298K, 1 ATM N2. EXPOSING DEOXY CRYSTAL TO LIGAND: A ...詳細: 10% PEG 6000, 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, 3 MM SODIUM DITHIONITE, 10 MG/ML DEOXYHB, PH 7.0, BATCH, TEMPERATURE 298K, 1 ATM N2. EXPOSING DEOXY CRYSTAL TO LIGAND: A DEOXY CRYSTAL WAS SOAKED (UNDER 1 ATM NITROGEN) IN SUBSTITUTE MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% PEG 6000, 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE (PH 7.0), 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, AND 2.2 MM IHP. THE IHP-STABILIZED CRYSTAL WAS THEN EXPOSED TO 1 ATM OF OXYGEN AT 177K AND DATA WAS COLLECTED AT 169K.

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データ収集

回折平均測定温度: 169 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月20日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.9 Å / Num. obs: 13441 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 2.9→3.13 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2570 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC5精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XZ7

1xz7


解像度: 2.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 29.42 / SU ML: 0.559 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.537 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26695 1307 10.4 %MATCHED TO PDB ENTRY 1XZ7
Rwork0.17898 ---
obs0.18796 11302 89.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4368 0 180 143 4691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8812.0676446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15739654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6963570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.41415757
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2890.31417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.34255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2840.5229
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.210.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.57
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7951.52858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51324564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.71731850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.844.51878
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.111 Å / Total num. of bins used: 7 /
Rfactor反射数
Rfree0.354 218
Rwork0.207 1934

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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