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- PDB-6kah: Crosslinked alpha(Ni)-beta(Fe-CO) human hemoglobin A in the T qua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kah
タイトルCrosslinked alpha(Ni)-beta(Fe-CO) human hemoglobin A in the T quaternary structure at 95 K: Dark
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Photolysis / Hybrid
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BUT-2-ENEDIAL / CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II) / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Shibayama, N. / Park, S.Y. / Ohki, M. / Sato-Tomita, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP 16K07326 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work.
著者: Shibayama, N. / Sato-Tomita, A. / Ohki, M. / Ichiyanagi, K. / Park, S.Y.
履歴
登録2019年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年7月6日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / struct / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,38622
ポリマ－124,1628
非ポリマー5,22314
水27,2391512
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,69311
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6127
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,69311
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6127
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11950 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.529, 94.032, 99.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 5種, 1526分子

#3: 化合物
ChemComp-HNI / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II)


分子量: 619.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4NiO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#6: 化合物 ChemComp-2FU / BUT-2-ENEDIAL


分子量: 84.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.6
詳細: 20%w/v PEG 3350, 50 mM citrate-ammonium buffer, 150 mM dipotassium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→19.85 Å / Num. obs: 201015 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 11.64 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 909011 / Scaling rejects: 104
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.540.19778215195230.9470.1060.2255.490.7
5.43-19.8550.0571894337580.9950.0270.06326.593.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.7データスケーリング
PHENIXdev_1839精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J40

1j40


解像度: 1.45→19.85 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 19.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 10124 5.04 %
Rwork0.1726 --
obs0.1738 200980 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.65 Å2 / Biso mean: 17.2216 Å2 / Biso min: 4.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8768 0 364 1512 10644
Biso mean--14.82 27.63 -
残基数----1148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96512908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7123204
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.46650.23162910.20545735602688
1.4665-1.48370.23443480.19995872622091
1.4837-1.50180.22453230.19665967629092
1.5018-1.52080.23273400.18876093643394
1.5208-1.54080.20713080.18566155646394
1.5408-1.56190.21053150.18076226654196
1.5619-1.58420.21113140.18696281659597
1.5842-1.60790.2253130.18926324663797
1.6079-1.6330.21463250.18476364668998
1.633-1.65970.2013590.17956369672899
1.6597-1.68830.21533190.18096453677299
1.6883-1.7190.18963320.18636410674299
1.719-1.75210.24143580.19066439679799
1.7521-1.78780.23733500.18256420677099
1.7878-1.82660.21413430.17546414675799
1.8266-1.86910.21073510.17766442679399
1.8691-1.91580.21143590.17866435679499
1.9158-1.96760.22143140.18226515682999
1.9676-2.02540.20333230.17816475679899
2.0254-2.09070.21193440.173664766820100
2.0907-2.16540.21023540.169664416795100
2.1654-2.25190.18233280.166765096837100
2.2519-2.35430.17953440.165864906834100
2.3543-2.47820.20913560.171465316887100
2.4782-2.63310.20443320.174564926824100
2.6331-2.83590.1863430.170365256868100
2.8359-3.12030.1983460.174165316877100
3.1203-3.56950.17753730.16865246897100
3.5695-4.48860.16143590.146865276886100
4.4886-19.85660.17153600.16816421678197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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