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Yorodumi- PDB-5hw2: Crystal Structure of Adenylosuccinate Lyase from Francisella tula... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hw2 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Adenylosuccinate Lyase from Francisella tularensis Complexed with fumaric acid | |||||||||
Components | Adenylosuccinate lyase | |||||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.054 Å | |||||||||
Authors | Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Adenylosuccinate Lyase from Francisella tularensis Complexed with fumaric acid Authors: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hw2.cif.gz | 685.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hw2.ent.gz | 568.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hw2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5hw2_validation.pdf.gz | 494.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5hw2_full_validation.pdf.gz | 516.6 KB | Display | |
Data in XML | 5hw2_validation.xml.gz | 70.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5hw2_validation.cif.gz | 100.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4eeiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 50183.594 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (bacteria) Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: purB, FTT_0015, BZ14_879 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q5NIQ1, adenylosuccinate lyase |
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-Non-polymers , 5 types, 1006 molecules
#2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.9 / Details: 1.5 M Sodium/potassium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979206 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979206 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,k,-l / Fraction: 0.49 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 120165 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.119 / Net I/av σ(I): 15.892 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 683828 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4EEI Resolution: 2.054→36.432 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / Phase error: 26.73 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.88 Å2 / Biso mean: 35.8537 Å2 / Biso min: 0 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.054→36.432 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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