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- PDB-5hw2: Crystal Structure of Adenylosuccinate Lyase from Francisella tula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hw2
タイトルCrystal Structure of Adenylosuccinate Lyase from Francisella tularensis Complexed with fumaric acid
要素Adenylosuccinate lyase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate lyase / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) ...Adenylosuccinate lyase / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / : / PHOSPHATE ION / Adenylosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.054 Å
データ登録者Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate Lyase from Francisella tularensis Complexed with fumaric acid
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate lyase
B: Adenylosuccinate lyase
C: Adenylosuccinate lyase
D: Adenylosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,92920
ポリマ－200,7344
非ポリマー1,19516
水17,835990
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29250 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area59390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.680, 88.680, 255.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenylosuccinate lyase


分子量: 50183.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: purB, FTT_0015, BZ14_879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q5NIQ1, adenylosuccinate lyase

-
非ポリマー , 5種, 1006分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H4O4
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 990 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 1.5 M Sodium/potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979206 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979206 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,k,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 120165 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.119 / Net I/av σ(I): 15.892 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 683828
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.095.50.61759990.8150.2760.6790.69898.6
2.09-2.125.60.53660570.8310.2390.590.7199.3
2.12-2.165.60.45860350.8990.2030.5040.75799.3
2.16-2.215.70.39960270.9050.1750.4380.81399.2
2.21-2.265.70.34960450.9140.1520.3830.86999.2
2.26-2.315.70.30260340.9380.1310.3310.94498.9
2.31-2.375.80.27960100.9470.1190.3050.98499
2.37-2.435.80.24260250.9570.1030.2641.05299.2
2.43-2.55.80.2260430.9580.0930.241.1398.6
2.5-2.585.80.19259980.9690.0810.2091.22498.8
2.58-2.685.80.18260080.9620.0770.1991.30298.4
2.68-2.785.70.15659850.9740.0660.171.36798.1
2.78-2.915.70.13859460.9730.0590.1511.41397.9
2.91-3.065.60.11759420.9790.0510.1281.597.9
3.06-3.255.50.09959600.9840.0430.1081.56197.7
3.25-3.515.40.08459580.9860.0370.0931.56397.4
3.51-3.865.30.07859440.9880.0340.0861.59897.5
3.86-4.425.30.06759700.9880.030.0741.40197.8
4.42-5.565.50.05660310.9880.0250.0611.06298.4
5.56-507.10.04161480.9980.0160.0440.69499.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
SBC-Collectデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EEI

4eei


解像度: 2.054→36.432 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 11829 5.23 %
Rwork0.1882 214694 -
obs0.1919 113636 93.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.88 Å2 / Biso mean: 35.8537 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.054→36.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13276 0 68 990 14334
Biso mean--31.3 27.09 -
残基数----1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49818271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8848289
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0553-2.09070.33713880.27148509889770
2.0907-2.12870.29214320.2679087951975
2.1287-2.16960.3514700.26359475994578
2.1696-2.21390.30365240.255497061023080
2.2139-2.2620.30346250.256199451057082
2.262-2.31460.28386210.2389102971091885
2.3146-2.37240.27695510.2416109451149691
2.3724-2.43650.29065600.2313112521181293
2.4365-2.50820.28395840.2233113101189493
2.5082-2.5890.28336340.2185112411187594
2.589-2.68150.28516100.2214113991200993
2.6815-2.78870.27146400.2125112611190193
2.7887-2.91550.27485820.209113041188693
2.9155-3.0690.26435460.1966112761182293
3.069-3.26090.2826160.1852112791189593
3.2609-3.51210.2416460.1668111681181492
3.5121-3.86450.21166120.1492112101182293
3.8645-4.42130.17755870.1334112661185393
4.4213-5.56130.18196440.1354113121195693
5.5613-25.87790.19766250.1636114521207795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69050.08860.12110.65110.22720.6005-0.1482-0.01270.2759-0.31170.0789-0.1289-0.35230.10760.03060.3884-0.08290.0690.1176-0.00260.2491-10.04080.047-0.2294
20.6163-0.18250.01260.7229-0.21930.5450.0636-0.0765-0.044-0.1495-0.08330.21050.0377-0.1074-0.01280.17650.0024-0.02380.2321-0.02590.1089-38.4441-26.6782-2.4978
30.007-0.0604-0.00350.54750.06720.0282-0.0514-0.14210.1494-0.1431-0.04360.0437-0.0502-0.00420.07640.3183-0.02170.00560.2097-0.05390.2603-13.40144.014216.6479
40.62260.29050.12090.92770.07810.5404-0.061-0.04590.0394-0.22590.04670.017-0.0752-0.0709-0.02280.1836-0.0042-0.00720.10320.00390.1077-23.7885-17.57421.2401
50.1577-0.0223-0.02750.16520.06840.21840.0093-0.03760.0339-0.12920.0118-0.00710.01530.028-0.02670.2139-0.0350.04060.092-0.00970.1302-16.2009-19.32671.8792
61.24660.3739-0.23190.64340.16220.1613-0.0045-0.0267-0.4603-0.3503-0.06360.24720.269-0.13210.08630.4369-0.1783-0.15910.4390.03140.4905-53.5625-46.3922-4.0336
70.00790.08060.03171.8166-1.39411.71350.02520.02170.04660.06170.00570.2833-0.1046-0.2902-0.06920.6766-0.186-0.29980.5890.04470.5894-66.9636-50.1047-4.056
80.5499-0.2697-0.0250.7716-0.55830.45780.1685-0.0033-0.0346-0.08420.18240.3149-0.0462-0.09580.00360.3085-0.054-0.28910.3096-0.07420.2227-52.1381-24.3103-5.8157
91.64860.52740.82080.36910.32010.7976-0.1438-0.0428-0.10530.0034-0.05230.30590.08070.02430.05130.1769-0.01160.04060.53720.06780.1954-41.9736-33.729725.0742
100.4407-0.355-0.24731.9112-0.31870.30210.03490.03330.0570.1173-0.09460.1087-0.1128-0.04620.0090.2968-0.04920.05510.58260.11930.4804-59.3169-38.098422.1711
110.03880.111-0.00520.4122-0.41041.21030.0507-0.1609-0.2535-0.04130.020.13830.2620.0720.00120.2907-0.1619-0.03540.52250.19270.4981-49.6578-46.561319.4133
120.54350.15250.02290.78920.11760.327-0.0424-0.21250.0427-0.05040.02910.0556-0.1165-0.1293-0.02530.1169-0.00030.01480.2722-0.02260.1181-27.8251-17.338122.132
130.4372-0.1252-0.26180.6351-0.12940.59390.0149-0.1855-0.0366-0.02520.0283-0.0268-0.0316-0.1452-0.0020.05680.00120.02480.20790.03850.1079-25.0775-28.436420.6149
140.14380.0628-0.11170.5807-0.40510.3965-0.0379-0.06830.206-0.17270.1674-0.232-0.07350.0646-0.04440.2652-0.055-0.04620.6298-0.27580.3735-2.42993.791631.8391
150.3628-0.24320.21030.2655-0.14410.1252-0.0129-0.03270.0584-0.0133-0.0580.0229-0.0145-0.0390.01650.6455-0.2030.03690.5563-0.18530.95748.523819.122321.9356
160.83490.2685-0.03420.25150.15210.19820.03640.02380.2471-0.0491-0.0112-0.1307-0.27190.0508-0.01590.3354-0.0237-0.01370.2175-0.1130.3189-10.202912.283428.1351
170.033-0.08910.28260.3543-0.08390.8113-0.0921-0.0567-0.03830.03670.0879-0.09090.10670.14360.04560.2843-0.04480.02910.48750.15370.2043-10.2279-47.899139.4759
180.59090.4493-0.1530.7806-0.01140.6981-0.0768-0.09210.02070.21490.0637-0.0687-0.08860.00170.0040.19630.0019-0.00830.44040.1270.2013-9.8038-38.581248.7763
190.36350.06930.43630.12840.22261.2683-0.184-0.092-0.3514-0.05050.108-0.07550.07090.0897-0.00070.1589-0.01460.04840.2860.16590.3256-11.5093-51.349919.7369
200.038-0.07060.18270.0941-0.24220.59660.05860.0916-0.218-0.23270.0339-0.14220.10220.15260.00420.7228-0.15620.0670.0475-0.1850.2296-21.7279-52.4538-12.1491
210.5710.37570.53150.64030.6671.3580.0623-0.0796-0.0792-0.06390.0067-0.19420.14380.2182-0.08210.1583-0.0360.04750.19770.0710.2979-3.3745-45.932118.327
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250.80760.4778-1.23150.2777-0.70731.88970.0786-0.02940.0179-0.01460.00350.0422-0.02670.0416-0.05170.8837-0.17370.01680.326-0.10520.3567-22.0198-55.003-21.5916
261.12170.8762-0.22070.6817-0.17510.04750.0670.12330.0365-0.16530.12170.13510.0199-0.1789-0.02990.9539-0.06250.06860.4869-0.18430.4456-16.0997-54.845-37.178
270.91350.1106-0.29070.6594-0.02720.0922-0.06450.1689-0.1575-0.268-0.1266-0.0080.0932-0.03540.00150.48970.07130.06360.2081-0.07540.3944-12.7218-60.7133-12.3472
280.46710.24170.15420.4125-0.10070.22550.03780.0176-0.0465-0.15020.0183-0.1034-0.02340.1475-0.08150.4044-0.05140.15330.19310.02740.22543.1579-34.7927-16.9833
290.28940.02760.08920.3363-0.14810.23560.04170.03670.01530.00610.03140.04420.19480.0103-0.00220.6133-0.01260.2180.2737-0.03310.0937-5.7129-34.5724-25.909
300.54780.16760.5010.59230.66841.85630.0139-0.1166-0.0867-0.2087-0.0187-0.22380.18040.32640.01320.1219-0.03750.23020.23670.07150.35397.0059-32.49493.7941
310.21370.1250.03110.43460.17751.0309-0.1106-0.24-0.1329-0.131-0.0259-0.22280.34790.24670.05470.28190.01720.14540.25480.03490.34893.5845-35.174814.3553
320.2971-0.2279-0.05820.1149-0.11720.714-0.0049-0.3129-0.1271-0.2256-0.0049-0.2406-0.05710.13810.02030.2004-0.00120.15550.11670.05040.28490.9417-30.04068.16
330.63350.04970.3070.50960.13470.7575-0.0332-0.1410.134-0.1735-0.0396-0.1257-0.06870.1112-0.01290.2301-0.01440.12260.23530.02760.202-1.034-24.654710.2927
341.90860.951-0.79750.5759-0.17651.63940.053-0.2963-0.09930.31920.0176-0.0131-0.03580.10460.02130.2753-0.0597-0.08150.69080.01640.42856.0622-29.471255.5675
35-0.00040.00510.0017-0.0050.00020.00020.006-0.2365-0.03850.2384-0.0323-0.02630.02170.10830.02770.3945-0.077-0.09160.77290.02840.486414.9367-27.955860.5834
360.03350.07570.25110.16410.62131.9649-0.24460.1020.0108-0.1348-0.0688-0.207-0.17330.09960.05610.0413-0.1783-0.03990.73210.15690.579516.4658-31.783134.9114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 130 )A1 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 173 )A131 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 191 )A174 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 192 through 271 )A192 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 272 through 333 )A272 - 333
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 334 through 387 )A334 - 387
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 388 through 410 )A388 - 410
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 411 through 438 )A411 - 438
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 36 )B1 - 36
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 37 through 54 )B37 - 54
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 55 through 93 )B55 - 93
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 94 through 271 )B94 - 271
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 272 through 332 )B272 - 332
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 333 through 362 )B333 - 362
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 363 through 398 )B363 - 398
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 399 through 433 )B399 - 433
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 54 )C1 - 54
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 55 through 93 )C55 - 93
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 94 through 130 )C94 - 130
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 131 through 150 )C131 - 150
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 151 through 191 )C151 - 191
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 192 through 216 )C192 - 216
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 217 through 271 )C217 - 271
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 272 through 336 )C272 - 336
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 337 through 363 )C337 - 363
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 364 through 410 )C364 - 410
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 411 through 431 )C411 - 431
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 1 through 54 )D1 - 54
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 55 through 93 )D55 - 93
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 94 through 131 )D94 - 131
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 132 through 191 )D132 - 191
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 192 through 271 )D192 - 271
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 272 through 349 )D272 - 349
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 350 through 387 )D350 - 387
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 388 through 410 )D388 - 410
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 411 through 431 )D411 - 431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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