[日本語] English
万見
- PDB-5hw1: Crystal structure of TEM1 beta-lactamase in the presence of 1.2 M... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hw1
タイトルCrystal structure of TEM1 beta-lactamase in the presence of 1.2 MPa xenon
要素Beta-lactamase TEM
キーワードHYDROLASE / xenon
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Roose, B.W. / Dmochowski, I.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM097478 米国
Department of Defense Lung Cancer Research ProgramW81XWH-14-1-0424 米国
引用ジャーナル: Chemphyschem / 年: 2018
タイトル: A Structural Basis for129Xe Hyper-CEST Signal in TEM-1 beta-Lactamase.
著者: Roose, B.W. / Zemerov, S.D. / Wang, Y. / Kasimova, M.A. / Carnevale, V. / Dmochowski, I.J.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
B: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,35417
ポリマ－115,6484
非ポリマー1,70713
水14,628812
1
A: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3064
ポリマ－28,9121
非ポリマー3943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3064
ポリマ－28,9121
非ポリマー3943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3064
ポリマ－28,9121
非ポリマー3943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4375
ポリマ－28,9121
非ポリマー5254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.690, 84.610, 95.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase TEM / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2


分子量: 28911.904 Da / 分子数: 4 / 変異: M180T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% (v/v) tacsimate (pH 6.0), 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 3350
PH範囲: 6.0 - 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.18
反射解像度: 1.7→51.27 Å / Num. obs: 106586 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.5.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HVI

5hvi


解像度: 1.7→51.265 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 24.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1904 10081 4.8 %
Rwork0.1515 --
obs0.1533 106560 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 51.15 Å2 / Biso mean: 9.5305 Å2 / Biso min: 2.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→51.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8023 0 11 812 8846
Biso mean--14.41 18.15 -
残基数----1052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20211098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7513040
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7001-1.72940.21075020.1917100511055395
1.7294-1.76090.21714580.18699771043596
1.7609-1.79470.19525220.1816100791060195
1.7947-1.83140.20354880.177699361042495
1.8314-1.87120.18765100.171899131042395
1.8712-1.91470.16065360.16100141055095
1.9147-1.96260.19534900.1565100771056795
1.9626-2.01570.20165500.155499081045895
2.0157-2.0750.19084600.1571100511051196
2.075-2.1420.17784780.1511100471052595
2.142-2.21850.21144670.143599611042896
2.2185-2.30730.20485180.147999551047395
2.3073-2.41230.18444740.1477101211059596
2.4123-2.53950.19095560.148199001045695
2.5395-2.69860.19855480.145399151046395
2.6986-2.9070.17785200.1446100461056695
2.907-3.19950.18025000.145599651046595
3.1995-3.66230.18464740.1276100191049395
3.6623-4.61360.17635060.124799701047695
4.6136-49.3360.19965200.173299451046595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13120.75420.46361.7153-0.42291.08270.094-0.185-0.17530.0557-0.0931-0.04340.2734-0.02540.00550.13390.00590.03130.08990.02070.0559-7.0044-24.134313.0403
20.5557-0.0430.00840.63080.34750.2166-0.03230.0104-0.14650.0060.00590.0370.3152-0.1970.01110.1645-0.0390.01810.09340.00210.056-16.3329-20.68729.5563
30.46010.00630.17570.0272-0.01410.4474-0.02560.05550.0307-0.01960.0094-0.0038-0.0723-0.0213-0.00520.0847-0.00440.02650.0342-0.00370.0297-18.4284-8.2435-13.6338
41.1266-0.17520.30420.8977-0.13170.9427-0.03560.08040.0683-0.0541-0.0321-0.0618-0.07280.04950.0240.07870.00680.01950.0338-0.00170.0318-6.9815-5.8442-15.8633
51.38030.3624-0.51711.1241-0.20431.5890.0047-0.06170.12110.06850.04020.1158-0.0624-0.1533-0.03750.06490.00790.00860.0383-0.00450.0319-20.2471-5.1196-6.0284
60.6888-0.1363-0.04660.25640.08210.39140.0285-0.12290.0540.09580.0008-0.0257-0.1269-0.0107-0.03540.1061-0.010.01950.0486-0.00690.0274-14.4305-3.68784.7072
70.1632-0.3926-0.15380.99470.72332.5930.0171-0.0478-0.049-0.0278-0.05050.05870.1528-0.19910.04670.0826-0.0140.01220.07090.01030.0268-20.0852-18.67751.4815
81.4318-0.25920.86480.8880.08670.8111-0.0126-0.0713-0.09040.08170.01150.05850.0726-0.06460.10550.0864-0.00310.02510.0282-0.010.0276-19.9111-20.9838-12.0084
90.707-0.1622-0.04150.63570.32340.7806-0.0283-0.0151-0.06080.0308-0.0085-0.03880.07490.0453-0.02250.09050.00220.01510.0279-0.00590.0262-6.5189-21.5907-0.4987
100.5550.1046-0.32482.0133-0.72440.6471-0.0574-0.0905-0.0211-0.0470.1025-0.07240.22970.1407-0.01320.14010.02910.02220.1066-0.01690.04290.4799-22.93146.3824
111.0775-0.66950.05411.71820.24481.29010.00170.1749-0.0695-0.1546-0.02350.02510.1312-0.09190.02530.0871-0.01920.02540.0992-0.00970.0319-38.9504-24.14228.8178
120.60850.0132-0.15491.4354-0.25581.423-0.00480.0972-0.0731-0.12180.0352-0.09960.1560.07950.00570.0742-0.00130.01570.076-0.01190.0411-29.5565-20.518612.288
130.4299-0.05980.15290.17670.09350.147-0.016-0.03780.0790.04540.0081-0.0008-0.03-0.0090.0640.08280.00560.0210.0136-0.00180.0346-27.2382-8.261935.6092
140.31560.210.07350.4962-0.20130.2672-0.015-0.01220.05260.04020.01220.0595-0.0476-0.0191-0.02950.0756-0.00810.02250.01010.00170.0328-33.2164-5.238533.767
150.857-0.0397-0.13170.51850.16370.06860.02490.16710.0858-0.1738-0.00180.0407-0.1337-0.0015-0.06420.1387-0.00190.01260.05710.01890.0461-31.2533-3.557817.3677
160.52950.17320.46220.6222-0.53991.2480.04050.0909-0.08180.0252-0.0092-0.1180.10640.1018-0.04450.06410.005-0.0010.0414-0.01810.039-25.637-18.605220.51
170.8375-0.04490.20390.3996-0.04410.49-0.00810.0166-0.0038-0.0055-0.00670.0104-0.0045-0.0398-0.00610.070800.0160.00860.01040.0237-35.4326-20.893927.5783
180.88530.2074-0.14610.28670.03020.5119-0.02550.0098-0.11820.00030.05310.01540.0878-0.0632-0.04320.0884-0.00680.00090.03110.00150.0332-36.1743-23.387819.186
191.7712-1.6414-0.47364.15580.58920.30390.00520.121-0.0069-0.0870.02470.04580.0506-0.0485-0.02430.0824-0.00370.00550.0516-0.00190.0293-46.6409-22.45515.8643
201.44340.21280.47912.13080.37140.92650.0687-0.0510.12470.0843-0.10830.0788-0.1409-0.07540.02730.10130.00240.00550.0482-0.01240.0372-8.1004-10.509861.0252
210.7585-0.54790.02440.5444-0.32740.6475-0.01640.0410.13620.0108-0.0082-0.1093-0.18630.1622-0.00240.1216-0.0240.01420.06490.0040.04731.2999-13.705457.4551
220.1331-0.0268-0.02270.1630.09630.1244-0.00860.0287-0.0466-0.0310.002-0.00910.0194-0.0047-0.00560.0834-0.0130.01060.0115-0.01050.03183.1143-26.115934.2336
230.4560.25040.00281.2642-0.03060.0011-0.04270.0485-0.0302-0.02860.00760.05650.0543-0.050.01910.0862-0.01120.01430.0232-0.00330.0382-8.4191-28.929532.0105
240.18170.0518-0.08160.15190.17450.34410.0088-0.0463-0.03890.11590.00910.00060.0870.0216-0.00940.1102-0.00530.00520.0198-0.00430.03721.8043-30.23947.5288
250.2627-0.06910.00470.08250.04490.0867-0.00960.00360.044-0.0150.0044-0.0083-0.0442-0.0029-0.03380.1038-0.0180.0175-0.00610.0110.0315-3.3605-13.499145.2503
262.31872.540.24266.07950.27820.1642-0.0023-0.1460.14510.0682-0.03930.2802-0.1603-0.18280.0490.11940.02530.00950.0955-0.00290.0404-15.695-11.628154.2998
271.32430.37870.26611.04570.22810.10770.0359-0.12480.14630.1097-0.06670.0685-0.1376-0.0606-0.00120.1306-0.00160.00320.053-0.01770.0505-23.403231.828739.224
280.2953-0.17190.26070.1289-0.14190.2339-0.06210.02370.10140.01410.0163-0.0503-0.15570.0484-0.00780.1266-0.0150.00710.0419-0.00620.0558-13.636928.769935.4808
290.2003-0.1538-0.14040.40830.23090.2359-0.02060.0329-0.0286-0.0517-0.0029-0.01190.0562-0.02160.0170.0897-0.0122-0.0010.0145-0.0010.0297-11.988116.341712.2884
300.3960.1331-0.30750.3084-0.10340.2555-0.0820.1186-0.07-0.05060.03280.06160.2158-0.23610.00770.1094-0.04470.01080.08080.00040.0466-23.566713.97669.8792
310.16120.0958-0.12110.67850.40630.4601-0.0232-0.0023-0.03410.03890.0394-0.0450.07170.0399-0.0850.0896-0.00010.02170.0192-0.00170.0307-10.244712.963619.7658
320.0492-0.0270.020.1160.04940.04520.0146-0.0151-0.01570.06340.005-0.00130.030.00990.01790.1069-0.00930.01660.0175-0.00210.0261-13.973516.880329.4432
330.46330.25030.06770.87940.07420.26460.0189-0.00040.03980.01440.0135-0.0859-0.05590.03190.01160.0761-0.01710.02110.0163-0.00980.0387-10.417329.069914.1932
340.4487-0.07160.12120.4037-0.23760.4717-0.00320.00630.0255-0.0092-0.02340.011-0.0285-0.0312-0.0830.0878-0.00410.01960.01520.00370.0181-23.768929.69625.6148
352.11631.78460.15246.01880.10030.9598-0.066-0.10420.1368-0.02070.10870.2293-0.0685-0.2055-0.02730.09060.01840.01480.08310.01080.0391-30.927730.682832.3804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 50 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 68 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 98 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 99 through 131 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 132 through 155 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 156 through 179 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 180 through 195 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 196 through 212 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 213 through 269 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 270 through 288 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 26 through 50 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 51 through 68 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 69 through 98 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 99 through 155 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 156 through 179 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 180 through 195 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 196 through 250 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 251 through 269 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 270 through 288 )B0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 26 through 50 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 51 through 68 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 69 through 98 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 99 through 131 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 132 through 179 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 180 through 269 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 270 through 288 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 26 through 50 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 51 through 68 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 69 through 98 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 99 through 131 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 132 through 155 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 156 through 195 )D0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 196 through 212 )D0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 213 through 269 )D0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 270 through 288 )D0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る