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- PDB-5hvu: Rho-associated protein kinase 1 (ROCK 1) in complex with a pyridi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hvu
タイトルRho-associated protein kinase 1 (ROCK 1) in complex with a pyridine thiazole piperidine inhibitor
要素Rho-associated protein kinase 1
キーワードTransferase/transferase inhibitor / kinase / inhibitor / complex / solubilizing group / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / regulation of cell junction assembly ...apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / regulation of cell junction assembly / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / bleb / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / embryonic morphogenesis / bleb assembly / neuron projection arborization / leukocyte tethering or rolling / regulation of cell motility / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of amyloid-beta clearance / regulation of establishment of endothelial barrier / response to angiotensin / regulation of synapse maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of stress fiber assembly / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / aortic valve morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of neuron differentiation / motor neuron apoptotic process / RND3 GTPase cycle / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of focal adhesion assembly / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / RHOB GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Apoptotic cleavage of cellular proteins / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / negative regulation of amyloid-beta formation / mitotic cytokinesis / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of cell adhesion / negative regulation of protein binding / Rho protein signal transduction / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of autophagy / centriole / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cell migration / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / tau protein binding / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytoplasmic stress granule / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / secretory granule lumen / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-65R / Rho-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jacobs, M.J.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: ROCK inhibitors 2. Improving potency, selectivity and solubility through the application of rationally designed solubilizing groups.
著者: Gao, H. / Marhefka, C. / Jacobs, M.D. / Cao, J. / Bandarage, U.K. / Green, J.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 1
B: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8984
ポリマ－96,0252
非ポリマー8732
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area35450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.820, 181.820, 90.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細Dimer confirmed by analytical ultracentrifugation

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要素

#1: タンパク質 Rho-associated protein kinase 1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / ...Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / coiled-coil-containing protein kinase I / ROCK-I / p160 ROCK-1 / p160ROCK


分子量: 48012.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): High-5
参照: UniProt: Q13464, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-65R / 2-{3-[3-(piperidin-4-yl)propoxy]phenyl}-N-[4-(pyridin-4-yl)-1,3-thiazol-2-yl]acetamide


分子量: 436.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N4O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 4.5% PEG3350, 100mM MES, pH 5.5, 50mM CaCl2, 10mM DTT, 0.45 mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.75 Å / Num. all: 42634 / Num. obs: 42080 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.53 % / Biso Wilson estimate: 91.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 289174 / Scaling rejects: 14460
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
2.8-2.96.250.3114.62817042161.19181899.9
2.9-3.026.390.2455.82853342111.1161899.8
3.02-3.156.430.1847.32864342111.03157999.5
3.15-3.326.510.1359.32885642010.97148799.3
3.32-3.536.570.1122904941760.87159898.5
3.53-3.86.670.07615.32922141640.83142898.1
3.8-4.186.720.05720.42937041680.83137297.9
4.18-4.786.660.04425.52925641780.81144297.5
4.78-6.026.670.03928.72926042100.77116198
6.02-29.756.410.02541.12881643450.7995798.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.11.6精密化
d*TREK8.0SSIデータ削減
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2ETR without igands

2etr


解像度: 2.8→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.429 / SU Rfree Blow DPI: 0.271 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.276
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2036 4.84 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.239 42033 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 177.97 Å2 / Biso mean: 75.02 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4559 Å20 Å20 Å2
2---1.4559 Å20 Å2
3---2.9117 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6378 0 62 188 6628
Biso mean--61.39 66.35 -
残基数----788
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2301SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes947HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6600HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion805SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7485SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6600HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8917HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.08
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 176 5.66 %
Rwork0.273 2934 -
all-3110 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4722-1.07790.3980.94620.05781.266-0.0463-0.4413-0.22150.03840.12820.0005-0.1896-0.2486-0.0819-0.08230.13850.0486-0.05010.0637-0.247551.581109.132127.4949
23.2607-0.8935-0.68280.94630.07090.7223-0.0315-0.2613-0.0311-0.06940.10440.08750.20230.3726-0.07290.01060.16420.0301-0.0992-0.0441-0.24670.093128.440322.4082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A6 - 405
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B5 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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