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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ht9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of M-crystallin in the presence of nickel | ||||||
![]() | Beta/gama crystallin family protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / beta gamma crystallin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jamkhindikar, A. / Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inconspicuous nickel-binding methanoarchaeal betagamma-crystallins 著者: Jamkhindikar, A. / Srivastava, S.S. / Sharma, Y. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9252.976 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-120 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: C2A / 遺伝子: MA_2526 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.74 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS, 25%(w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 12211 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 22.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.303 / Net I/av σ(I): 34.174 / Net I/σ(I): 27.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.869→22.768 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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