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- PDB-5ht9: Crystal structure of M-crystallin in the presence of nickel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ht9
タイトルCrystal structure of M-crystallin in the presence of nickel
要素Beta/gama crystallin family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / beta gamma crystallin
機能・相同性
機能・相同性情報


Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Beta/gama crystallin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.869 Å
データ登録者Jamkhindikar, A. / Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inconspicuous nickel-binding methanoarchaeal betagamma-crystallins
著者: Jamkhindikar, A. / Srivastava, S.S. / Sharma, Y. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta/gama crystallin family protein
B: Beta/gama crystallin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,13910
ポリマ－18,5062
非ポリマー6338
水3,207178
1
A: Beta/gama crystallin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5705
ポリマ－9,2531
非ポリマー3174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
2
B: Beta/gama crystallin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5705
ポリマ－9,2531
非ポリマー3174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.151, 52.934, 85.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta/gama crystallin family protein / M-crystallin


分子量: 9252.976 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-120 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)
株: C2A / 遺伝子: MA_2526 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TMX3
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS, 25%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 12211 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 22.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.303 / Net I/av σ(I): 34.174 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.86-1.933.10.1190.915176.7
1.93-24.10.1020.981199.8
2-2.094.40.0911.145199.9
2.09-2.214.50.0811.1391100
2.21-2.344.60.0731.161100
2.34-2.524.60.0691.3061100
2.52-2.784.60.0591.3841100
2.78-3.184.60.0481.553199.8
3.18-44.60.0371.593199.5
4-254.40.0361.552197.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å22.77 Å
Translation2.5 Å22.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.869→22.768 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2144 636 5.22 %
Rwork0.1671 --
obs0.1697 12174 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.869→22.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 34 178 1524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9891856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.586490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8692-2.01350.26351230.17072151X-RAY DIFFRACTION95
2.0135-2.21590.21611310.16092305X-RAY DIFFRACTION100
2.2159-2.53620.2331030.18362332X-RAY DIFFRACTION100
2.5362-3.1940.2141360.18312326X-RAY DIFFRACTION100
3.194-22.76970.20051430.15432424X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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