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万見
- PDB-4cge: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Resuscitation pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cge
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Resuscitation promoting factor E
要素RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE
キーワードHYDROLASE / SECRETED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素 / quorum sensing / regulation of cell population proliferation / hydrolase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / Transglycosylase-like domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Resuscitation-promoting factor RpfE
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.756 Å
データ登録者Mavrici, D. / Prigozhin, D.M. / Alber, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Mycobacterium Tuberculosis Rpfe Crystal Structure Reveals a Positively Charged Catalytic Cleft.
著者: Mavrici, D. / Prigozhin, D.M. / Alber, T.
履歴
登録2013年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Structure summary
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE
B: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE
C: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE
D: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE
E: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE
F: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8906
ポリマ－47,8906
非ポリマー00
水1267
1
A: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9821
ポリマ－7,9821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9821
ポリマ－7,9821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9821
ポリマ－7,9821
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9821
ポリマ－7,9821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9821
ポリマ－7,9821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9821
ポリマ－7,9821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.543, 84.004, 72.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RESUSCITATION-PROMOTING FACTOR RPFE


分子量: 7981.673 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 98-172 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O53177, 加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11
検出器日付: 2012年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→42 Å / Num. obs: 10498 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 48.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.756→42.002 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2899 504 5.1 %
Rwork0.2336 --
obs0.2364 9944 94.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.756→42.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 0 7 3241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.584465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5631135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7556-3.03290.39351170.3062147X-RAY DIFFRACTION86
3.0329-3.47150.32291250.26972351X-RAY DIFFRACTION94
3.4715-4.3730.24771300.21632436X-RAY DIFFRACTION98
4.373-42.00690.27811320.21152506X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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