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- PDB-6tr1: Native cytochrome c6 from Thermosynechococcus elongatus in space ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tr1
タイトルNative cytochrome c6 from Thermosynechococcus elongatus in space group H3
要素(Cytochrome c6) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Heme / Cyanobacteria / Electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c6
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Falke, S. / Feiler, C.G. / Sarrou, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of native cytochrome c6from Thermosynechococcus elongatus in two different space groups and implications for its oligomerization.
著者: Falke, S. / Feiler, C. / Chapman, H. / Sarrou, I.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c6
C: Cytochrome c6
E: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,51611
ポリマ－27,5453
非ポリマー1,9708
水99155
1
A: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8143
ポリマ－9,1721
非ポリマー6412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9256
ポリマ－9,2141
非ポリマー7105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7772
ポリマ－9,1581
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.800, 94.800, 160.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ACE

#1: タンパク質 Cytochrome c6 / Cytochrome c-553 / Cytochrome c553 / Soluble cytochrome f


分子量: 9172.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P0A3X9
#2: タンパク質 Cytochrome c6 / Cytochrome c-553 / Cytochrome c553 / Soluble cytochrome f


分子量: 9214.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P0A3X9
#3: タンパク質 Cytochrome c6 / Cytochrome c-553 / Cytochrome c553 / Soluble cytochrome f


分子量: 9158.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cytochrome c6
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P0A3X9

-
非ポリマー , 3種, 63分子

#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, potassium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.522
11K, H, -L20.478
反射解像度: 1.189→73.065 Å / Num. all: 170023 / Num. obs: 170023 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 4.5 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 524507
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.19-1.253.11.5550.576258249511.0261.8731.5550.898.7
1.25-1.332.91.4510.566753233200.9921.7681.4510.898
1.33-1.423.11.3030.670005222550.851.5631.3030.999.2
1.42-1.542.90.9020.859005205020.6161.0980.9021.298.1
1.54-1.683.20.5761.361371189940.370.6880.5762.198.9
1.68-1.8830.2812.751414171230.1860.3390.2813.998.7
1.88-2.173.30.1216.249937152110.0770.1430.1218.699.3
2.17-2.663.10.0848.338999126320.0550.1010.08413.397.6
2.66-3.763.40.05211.83327197480.0320.0610.05219.397.7
3.76-36.5333.30.04413.71749452870.0270.0520.04421.896.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EIC

4eic


解像度: 1.7→36.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.1862 / FOM work R set: 0.8697 / SU B: 1.005 / SU ML: 0.036 / SU R Cruickshank DPI: 0.0146 / SU Rfree: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 2864 4.9 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1868 55146 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.4 Å2 / Biso mean: 21.067 Å2 / Biso min: 10.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3 Å20 Å20 Å2
2--3.3 Å20 Å2
3----6.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→36.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1922 0 134 55 2111
Biso mean--15.59 25.23 -
残基数----259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0192108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8042.0212882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28134455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.365258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69826.29289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.50315324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg35.86153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.022517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02516
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 207 -
Rwork0.201 4100 -
all-4307 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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