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- PDB-6tsy: Cytochrome c6 from Thermosynechococcus elongatus in a monoclinic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tsy
タイトルCytochrome c6 from Thermosynechococcus elongatus in a monoclinic space group
要素Cytochrome c6
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Cyanobacteria / heme / electron transport / photosystem I
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c6
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Feiler, C.G. / Falke, S. / Sarrou, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of native cytochrome c6from Thermosynechococcus elongatus in two different space groups and implications for its oligomerization.
著者: Falke, S. / Feiler, C. / Chapman, H. / Sarrou, I.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c6
B: Cytochrome c6
C: Cytochrome c6
D: Cytochrome c6
E: Cytochrome c6
F: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,93113
ポリマ－55,1246
非ポリマー3,8077
水3,189177
1
A: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8062
ポリマ－9,1871
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8062
ポリマ－9,1871
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8062
ポリマ－9,1871
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8062
ポリマ－9,1871
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9023
ポリマ－9,1871
非ポリマー7152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8062
ポリマ－9,1871
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.019, 109.905, 55.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-328-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c6 / Cytochrome c-553 / Cytochrome c553 / Soluble cytochrome f


分子量: 9187.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
参照: UniProt: P0A3X9
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 40mM KNO3 / PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→41.76 Å / Num. obs: 28317 / % possible obs: 95.51 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.84 Å2 / CC1/2: 0.92 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 9.93
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2409 / CC1/2: 0.466 / Rpim(I) all: 1.01 / Rrim(I) all: 1.88 / % possible all: 80.72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EIC

4eic


解像度: 2.25→41.76 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 1415 5 %
Rwork0.1878 --
obs0.191 28283 95.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3817 0 263 177 4257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2695738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.345586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007735
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.330.44061190.41612274X-RAY DIFFRACTION81
2.33-2.420.32521430.29732716X-RAY DIFFRACTION98
2.42-2.530.34261450.27022742X-RAY DIFFRACTION98
2.53-2.670.36781420.27272693X-RAY DIFFRACTION96
2.67-2.830.30961420.21712705X-RAY DIFFRACTION97
2.83-3.050.26891470.21392801X-RAY DIFFRACTION99
3.05-3.360.25851450.17432746X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.850.24111390.16442647X-RAY DIFFRACTION93
3.85-4.850.17891440.12392717X-RAY DIFFRACTION97
4.85-41.760.18271490.13552827X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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