PDB-5hsh: Crystal structure of the G291R mutant of human phosphoglucomutase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hsh

タイトル

Crystal structure of the G291R mutant of human phosphoglucomutase 1

要素

Phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase / enzyme / missense mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / gluconeogenesis / glycolytic process / glucose metabolic process / tertiary granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Induced Structural Disorder as a Molecular Mechanism for Enzyme Dysfunction in Phosphoglucomutase 1 Deficiency.
著者: Stiers, K.M. / Kain, B.N. / Graham, A.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2016年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hsh.cif.gz	392.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hsh.ent.gz	320.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hsh_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hsh_full_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示
XML形式データ	5hsh_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	5hsh_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5epcSC 5f9cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vbi-1 5epc-2 5jn5-1 3pmg-1 6uo6-1 3ihg-3 1jdy-2 1ung-1 2efe-1 6uo6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.780, 170.780, 99.287
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 61619.035 Da / 分子数: 2 / 変異: G291R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.7 / 詳細: ~1.0M Sodium Citrate, 0.1M CHES Buffer pH 9.7.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→60.537 Å / Num. obs: 48369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 2.81 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EPC

5epc

解像度: 2.65→60.537 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2733	2162	5.03 %
R_work	0.23	-	-
obs	0.2321	42988	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→60.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7373	0	25	101	7499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7561
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.214	10308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.397	4425
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1180
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7117	0.4103	157	0.3726	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7117-2.7795	0.3408	135	0.3301	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7795-2.8546	0.3618	126	0.3004	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8546-2.9386	0.3322	145	0.2957	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9386-3.0335	0.324	160	0.2924	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0335-3.1419	0.3547	123	0.2864	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1419-3.2677	0.314	149	0.2791	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2677-3.4164	0.3326	136	0.2627	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4164-3.5965	0.3267	143	0.2403	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5965-3.8218	0.2577	156	0.2213	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8218-4.1168	0.2452	139	0.2174	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1168-4.5309	0.2452	138	0.1908	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5309-5.1863	0.2388	160	0.1988	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1863-6.5329	0.2929	139	0.2455	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5329-60.5524	0.2309	156	0.2009	2942	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4853	-0.5793	0.8371	3.8651	0.6278	2.8639	-0.1199	-0.5128	0.1837	0.4808	0.2729	0.2472	-0.8869	-0.6691	-0.1315	0.9472	0.1116	0.2082	0.6762	0.1502	0.5966	-33.737	72.8111	1.8739
2	0.9451	-0.8144	0.2122	2.0934	-0.5986	4.0345	-0.04	0.0609	0.0349	-0.0154	0.1235	0.3075	0.025	-0.0967	-0.083	0.3854	-0.0506	0.0401	0.477	0.0768	0.6195	-24.2925	45.7433	-1.3344
3	4.046	1.3417	-0.7975	1.3786	-0.9087	5.5222	0.2685	-0.8723	0.0947	0.3516	-0.2595	0.2457	0.0899	0.403	-0.0257	0.5457	-0.0094	0.0744	0.6416	0.041	0.5804	-21.1499	40.3157	23.1204
4	2.8221	1.8984	-0.0031	3.7551	-1.7155	5.2135	0.1139	0.5359	-0.2616	-0.0601	0.1352	-0.5644	-0.7047	1.044	-0.3022	0.6984	-0.0957	0.1018	0.8831	-0.1926	0.8307	30.0262	62.9439	-14.8334
5	3.2347	2.6133	0.3876	2.8358	-1.6656	5.7471	-0.0115	1.0074	-0.2316	-0.1992	0.333	0.0694	-0.2881	0.0322	-0.5005	0.6469	0.0686	-0.0115	0.8107	-0.0956	0.8076	19.3596	56.869	-12.916
6	2.277	0.8905	0.4782	1.7981	0.2731	4.6465	-0.0634	0.5477	0.3248	-0.5644	0.4731	-0.5196	-0.881	0.7015	-0.5119	0.9478	-0.1503	0.1823	0.9167	-0.1363	0.7557	29.8119	65.6995	-16.1738
7	4.2155	1.7653	-0.7551	2.5821	0.6942	2.5381	0.4745	-0.1543	-0.0188	0.5905	-0.0111	-0.22	-0.4641	0.1226	-0.4054	0.6611	0.0711	-0.0548	0.6622	0.0047	0.7726	20.118	54.1077	0.8531
8	2.4521	0.6033	0.4314	3.3536	0.8867	3.0054	0.3216	-0.0735	-0.8469	0.1023	0.0292	-1.2805	0.6867	0.5928	-0.578	0.7353	0.2002	-0.2331	0.754	-0.1326	1.1582	20.1426	33.086	-6.0776
9	2.5013	0.0099	1.1573	3.7128	-0.1484	4.3601	0.0986	0.4551	-0.1312	-0.177	0.2822	-0.032	0.328	-0.2895	-0.3412	0.3844	-0.028	-0.0079	0.8244	0.0194	0.663	4.9597	39.2374	-16.8837
10	1.6499	-0.5617	1.1503	4.3615	0.4855	4.8726	0.5198	1.945	-1.1735	-1.9073	-0.626	-0.4482	-0.323	0.2873	-0.3569	1.4193	-0.1409	-0.0811	1.6049	0.0228	0.9917	3.277	38.8007	-44.7228
11	1.5993	-1.7214	0.5735	3.4852	1.1009	3.5745	-0.0296	0.6352	0.3169	-1.1911	0.3195	-0.0087	-0.4219	-0.2082	-0.2705	0.7656	-0.1007	0.1009	1.2324	0.05	0.7195	4.7584	44.2343	-33.2566
12	2.1554	-0.8687	1.9101	4.0042	0.2351	4.5005	0.3044	0.5732	-0.202	-0.9912	0.5309	-1.1871	1.043	1.0501	-0.774	0.8911	0.0675	0.0179	1.0601	-0.4567	1.1838	10.0629	28.1837	-36.4664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 183 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 184 through 405 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 406 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 96 through 140 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 141 through 170 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 171 through 212 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 213 through 293 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 294 through 434 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 435 through 473 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 474 through 522 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 523 through 562 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)