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万見
- PDB-5hou: Solution Structure of p53TAD-TAZ1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hou
タイトルSolution Structure of p53TAD-TAZ1
要素Cellular tumor antigen p53,CREB-binding protein fusion protein
キーワードTRANSCRIPTION / intrinsically disordered protein / binding motif / transcriptional coactivator / protein-protein interaction / tumor suppressor / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cAMP response element binding protein binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex ...Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cAMP response element binding protein binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of cell adhesion molecule production / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / CD209 (DC-SIGN) signaling / Estrogen-dependent gene expression / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / peroxisome proliferator activated receptor binding / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / circadian behavior / bone marrow development / face morphogenesis / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / T cell lineage commitment / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / negative regulation of glial cell proliferation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / positive regulation of dendritic spine development / ER overload response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of DNA replication / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / cardiac septum morphogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / acetyltransferase activity / SMAD binding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of execution phase of apoptosis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / behavioral response to cocaine / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / SUMOylation of transcription factors / TFIIB-class transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Zinc finger ZZ-type signature. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / Histone lysine acetyltransferase CREBBP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsNMR solution structure of an intein-based fusion protein between the N-terminal transactivation ...NMR solution structure of an intein-based fusion protein between the N-terminal transactivation domain ofp53 with the TAZ1 domain of CREB Binding Protein
データ登録者Krois, A.S. / Ferreon, J.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA096865 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Recognition of the disordered p53 transactivation domain by the transcriptional adapter zinc finger domains of CREB-binding protein.
著者: Krois, A.S. / Ferreon, J.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2016年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53,CREB-binding protein fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3094
ポリマ－19,1131
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cellular tumor antigen p53,CREB-binding protein fusion protein / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 19112.639 Da / 分子数: 1 / 断片: p53TAD, TAZ1 domain of CBP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: TP53, P53, Crebbp, Cbp / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) [DNAY]
参照: UniProt: P04637, UniProt: P45481, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
222isotropic13D 1H-13C NOESY
133isotropic13D 1H-15N NOESY
244isotropic13D 1H-13C NOESY
155isotropic23D HN(CA)CB
165isotropic23D HN(CO)CA
176isotropic23D HN(CA)CB
186isotropic23D HN(CO)CA
295isotropic23D (H)CCH-TOCSY
2106isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.0 mM [U-15N] p53TAD - [NA] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O, 5% D2O1mM sample of p53TAD(15N)-TAZ1(14N) used for 15N NOESY15N_p53TAD_14N_TAZ195% H2O/5% D2O
solution21.0 mM [U-15N][U-13C] p53TAD - [NA] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O1mM sample of p53TAD(15N/13C)-TAZ1(14N/12C) used for 13C NOESY15N/13C_p53TAD_14N/12C_TAZ199% D2O, 1% H2O
solution51.0 mM [U-15N][U-13C] p53TAD - [NA] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O1mM sample of p53TAD(15N/13C)-TAZ1(14N/12C) used for triple resonance15N/13C_p53TAD_14N/12C_TAZ195% H2O/5% D2O
solution31.0 mM [NA] p53TAD - [U-15N] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O1mM sample of p53TAD(14N)-TAZ1(15N) used for 15N NOESY14N_p53TAD_15N_TAZ195% H2O/5% D2O
solution41.0 mM [NA] p53TAD - [U-15N][U-13C] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O1mM sample of p53TAD(14N/12C)-TAZ1(15N/13C) used for 13C NOESY14N/12C_p53TAD_15N/13C_TAZ199% D2O, 1% H2O
solution61 mM [NA] p53TAD - [U-15N][U-13C] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O1mM sample of p53TAD(14N/12C)-TAZ1(15N/13C) used for triple resonance14N/12C_p53TAD_15N/13C_TAZ195% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMp53TAD-TAZ1 fusion protein[U-15N] p53TAD - [NA] TAZ11
20 mMTRISnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
5 %D2O[U-2H]1
1.0 mMp53TAD-TAZ1 fusion protein[U-15N][U-13C] p53TAD - [NA] TAZ12
20 mMTRIS[U-2H]2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMDTT[U-2H]2
99 %D2O[U-2H]2
1.0 mMp53TAD-TAZ1 fusion protein[U-15N][U-13C] p53TAD - [NA] TAZ15
20 mMTRISnatural abundance5
50 mMsodium chloridenatural abundance5
2 mMDTTnatural abundance5
5 %D2O[U-2H]5
1.0 mMp53TAD-TAZ1 fusion protein[NA] p53TAD - [U-15N] TAZ13
20 mMTRISnatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
5 %D2O[U-2H]3
1.0 mMp53TAD-TAZ1 fusion protein[NA] p53TAD - [U-15N][U-13C] TAZ14
20 mMTRIS[U-2H]4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMDTT[U-2H]4
99 %D2O[U-2H]4
1 mMp53TAD-TAZ1 fusion protein[NA] p53TAD - [U-15N][U-13C] TAZ16
20 mMTRISnatural abundance6
50 mMsodium chloridenatural abundance6
2 mMDTTnatural abundance6
5 %D2O[U-2H]6
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Protonated NMR buffer50 mMH2O_conditions6.81 atm308 K
2Deuterated NMR buffer50 mMD2O_conditions6.4 pD1 atm308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView5.0.04Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structure generation, Refinement of CYANA generated structures
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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