[日本語] English
万見
- PDB-5hn1: Crystal structure of Interleukin-37 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hn1
タイトルCrystal structure of Interleukin-37
要素Interleukin-37
キーワードCYTOKINE / Interleukin-1 Cytokine Inflammation Interleukin-18
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-18 signaling / interleukin-1 receptor binding / Interleukin-37 signaling / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide ...Interleukin-18 signaling / interleukin-1 receptor binding / Interleukin-37 signaling / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor antagonist/Interleukin-36 / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Ellisdon, A.M. / Nold-Petry, C.A. / Nold, M.F. / Whisstock, J.C.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1012353 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1043845 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Homodimerization attenuates the anti-inflammatory activity of interleukin-37.
著者: Ellisdon, A.M. / Nold-Petry, C.A. / D'Andrea, L. / Cho, S.X. / Lao, J.C. / Rudloff, I. / Ngo, D. / Lo, C.Y. / Soares da Costa, T.P. / Perugini, M.A. / Conroy, P.J. / Whisstock, J.C. / Nold, M.F.
履歴
登録2016年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-37
B: Interleukin-37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4277
ポリマ－38,9472
非ポリマー4805
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.578, 103.505, 77.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Dimer based on SEC Multiangle light scatter

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-37 / FIL1 zeta / IL-1X / Interleukin-1 family member 7 / IL-1F7 / Interleukin-1 homolog 4 / IL-1H4 / ...FIL1 zeta / IL-1X / Interleukin-1 family member 7 / IL-1F7 / Interleukin-1 homolog 4 / IL-1H4 / Interleukin-1 zeta / IL-1 zeta / Interleukin-1-related protein / IL-1RP1 / Interleukin-23 / IL-37


分子量: 19473.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL37, FIL1Z, IL1F7, IL1H4, IL1RP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZH6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.1 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate (pH 4.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→39.07 Å / Num. obs: 23171 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 46.66 Å2 / Net I/σ(I): 9.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MD6

1md6


解像度: 2.25→34.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9453 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9352 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.163
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 1187 5.13 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.184 23157 98.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.695 Å20 Å20 Å2
2---13.154 Å20 Å2
3---5.4591 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→34.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2386 0 25 158 2569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012462HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.093318HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1131SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes348HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2462HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion310SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2660SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2791 171 6.07 %
Rwork0.2331 2645 -
all0.2358 2816 -
obs--98.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.70960.07410.69771.0557-0.29663.6131-0.1087-0.16550.0166-0.0080.0440.0393-0.1055-0.18550.0648-0.21960.0440.0169-0.0157-0.0099-0.223417.579827.465384.4219
23.680.1494-1.25742.7883-1.94735.78390.4310.0123-0.03030.6845-0.07960.1116-0.73040.2294-0.3514-0.1108-0.05250.0931-0.1518-0.0022-0.2948.726216.3571122.782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る