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- PDB-5hj5: Crystal structure of tertiary complex of glucosamine-6-phosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hj5
タイトルCrystal structure of tertiary complex of glucosamine-6-phosphate deaminase from Vibrio cholerae with BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE and FRUCTOSE-6-PHOSPHATE
要素Glucosamine-6-phosphate deaminase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / glucosamine-6-phosphate deaminase / Vibrio cholerae
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosamine catabolic process / glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucosamine-6-phosphate isomerase, conserved site / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerases signature. / Glucosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / Glucosamine-6-phosphate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of tertiary complex of glucosamine-6-phosphate deaminase from Vibrio cholerae with BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE and FRUCTOSE -6-PHOSPHATE
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosamine-6-phosphate deaminase
B: Glucosamine-6-phosphate deaminase
C: Glucosamine-6-phosphate deaminase
D: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,66119
ポリマ－118,9684
非ポリマー2,69415
水21,9961221
1
A: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,61518
ポリマ－89,2263
非ポリマー2,39015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area30940 Å2
手法PISA
2
B: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,24315
ポリマ－89,2263
非ポリマー2,01712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area31350 Å2
手法PISA
3
C: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,06312
ポリマ－89,2263
非ポリマー1,8379
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area31070 Å2
手法PISA
4
D: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

D: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

D: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,06312
ポリマ－89,2263
非ポリマー1,8379
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area30940 Å2
手法PISA
5
A: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,67830
ポリマ－178,4516
非ポリマー4,22724
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z+1/21
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z+1/21
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+1/21
Buried area18810 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area59000 Å2
手法PISA
6
B: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

D: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

D: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子

D: Glucosamine-6-phosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,30627
ポリマ－178,4516
非ポリマー3,85421
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area17590 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area59290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.093, 113.093, 215.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-673-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Glucosamine-6-phosphate deaminase / GlcN6P deaminase / GNPDA / Glucosamine-6-phosphate isomerase


分子量: 29741.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: nagB, VC_A1025 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9KKS5, glucosamine-6-phosphate deaminase
#3: 糖
ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1232分子

#2: 化合物
ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE


分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 17 % PEG1-K, 10 mM Praseodymium(III) acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 170772 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 20.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.937 / Net I/av σ(I): 28.467 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 1460271
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.7360.73585070.7980.3260.8060.685100
1.73-1.767.10.63885670.850.2560.6880.717100
1.76-1.797.70.54385240.8970.2090.5830.732100
1.79-1.838.60.46185010.9280.1670.4910.758100
1.83-1.878.70.38585370.950.1390.4090.795100
1.87-1.918.70.31185470.9650.1120.3310.838100
1.91-1.968.70.26785130.9770.0960.2840.866100
1.96-2.028.80.22385010.9830.080.2370.887100
2.02-2.078.80.18684700.9870.0660.1970.919100
2.07-2.148.80.15785890.9910.0560.1670.947100
2.14-2.228.90.12885510.9930.0450.1350.987100
2.22-2.318.90.1185160.9950.0390.1161100
2.31-2.418.90.185330.9950.0350.1060.972100
2.41-2.5490.08685250.9970.030.0910.955100
2.54-2.78.90.07585590.9970.0260.0790.958100
2.7-2.9190.06685330.9970.0230.070.983100
2.91-3.290.06585250.9970.0230.0691.196100
3.2-3.668.90.06585630.9970.0230.0691.586100
3.66-4.618.80.04785710.9980.0170.051.096100
4.61-508.90.03286400.9990.0120.0350.66699.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R7T

4r7t


解像度: 1.7→39.023 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.87 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: According to the authors the breaks in peptide linkage between residues 262, 263 and 263, 264 are due to the fact that the coordinates of residues from 259 for molecules C and D are ...詳細: According to the authors the breaks in peptide linkage between residues 262, 263 and 263, 264 are due to the fact that the coordinates of residues from 259 for molecules C and D are representing only partial structures among more than 20 multiple conformations.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1697 17059 5.03 %
Rwork0.1354 322113 -
obs0.1371 170600 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.03 Å2 / Biso mean: 25.7582 Å2 / Biso min: 11.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→39.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8333 0 184 1221 9738
Biso mean--31.54 37.77 -
残基数----1065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82812395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7295456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6997-1.71910.29854780.2289105871106597
1.7191-1.73930.23436020.20321080811410100
1.7393-1.76050.25595560.19391064311199100
1.7605-1.78280.22945680.17591076311331100
1.7828-1.80620.21886730.16261062911302100
1.8062-1.8310.19435980.15381077511373100
1.831-1.85710.20485820.14281075511337100
1.8571-1.88490.17736200.14361067111291100
1.8849-1.91430.19335820.14181079211374100
1.9143-1.94570.17396240.13391061111235100
1.9457-1.97920.18795280.12771086811396100
1.9792-2.01520.15275740.11831070811282100
2.0152-2.0540.16085080.12161077811286100
2.054-2.09590.16964960.12361084411340100
2.0959-2.14150.18155760.12861070711283100
2.1415-2.19130.17155620.12471068311245100
2.1913-2.24610.16485560.11681080111357100
2.2461-2.30680.17616160.12161074411360100
2.3068-2.37470.17865660.12651067311239100
2.3747-2.45130.17455920.12491080611398100
2.4513-2.53890.16756100.12281069411304100
2.5389-2.64060.17345920.12791068211274100
2.6406-2.76070.16676160.1341073511351100
2.7607-2.90620.16065180.131079811316100
2.9062-3.08820.17385740.13731071111285100
3.0882-3.32650.16715620.13841079011352100
3.3265-3.66110.1545220.13741076111283100
3.6611-4.19030.1515020.12131084211344100
4.1903-5.27730.1465680.12521072011288100
5.2773-39.03330.15815380.1654107341127299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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