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Yorodumi- PDB-5hhl: Reverse transcriptase domain of group II intron maturase from Eub... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hhl | ||||||
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Title | Reverse transcriptase domain of group II intron maturase from Eubacterium rectale in P21 space group | ||||||
Components | Retron-type reverse transcriptase | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Group II intron | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Eubacterium rectale M104/1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Zhao, C. / Pyle, A.M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Crystal structures of a group II intron maturase reveal a missing link in spliceosome evolution. Authors: Zhao, C. / Pyle, A.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hhl.cif.gz | 935.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hhl.ent.gz | 786 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hhl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/5hhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/5hhl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5hhjSC 5hhkC 5irfC 5irgC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33217.070 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 1-292 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Eubacterium rectale M104/1 (bacteria) / Gene: ERE_01490 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D4JMT6 #2: Chemical | ChemComp-K / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100 mM MES/imidazole pH 6.5, 20 mM sodium formate, 20 mM NH4OAc, 20 mM trisodium citrate, 20 mM sodium potassium L-tartrate, 20 mM sodium oxamate, 10 % PEG 8000, 20 % EG |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 4, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→49.143 Å / Num. obs: 165153 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.8 % / Net I/σ(I): 8.12 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HHJ Resolution: 2.1→49.143 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→49.143 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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