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- PDB-5hhl: Reverse transcriptase domain of group II intron maturase from Eub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hhl
タイトルReverse transcriptase domain of group II intron maturase from Eubacterium rectale in P21 space group
要素Retron-type reverse transcriptase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Group II intron
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity
類似検索 - 分子機能
Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Retron-type reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium rectale M104/1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhao, C. / Pyle, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM50313 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / : 2016
タイトル: Crystal structures of a group II intron maturase reveal a missing link in spliceosome evolution.
著者: Zhao, C. / Pyle, A.M.
履歴
登録2016年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retron-type reverse transcriptase
B: Retron-type reverse transcriptase
C: Retron-type reverse transcriptase
D: Retron-type reverse transcriptase
E: Retron-type reverse transcriptase
F: Retron-type reverse transcriptase
G: Retron-type reverse transcriptase
H: Retron-type reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,04916
ポリマ-265,7378
非ポリマー3138
22,5191250
1
A: Retron-type reverse transcriptase
B: Retron-type reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5124
ポリマ-66,4342
非ポリマー782
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
2
C: Retron-type reverse transcriptase
H: Retron-type reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5124
ポリマ-66,4342
非ポリマー782
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA
3
D: Retron-type reverse transcriptase
E: Retron-type reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5124
ポリマ-66,4342
非ポリマー782
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
4
F: Retron-type reverse transcriptase
G: Retron-type reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5124
ポリマ-66,4342
非ポリマー782
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.830, 119.860, 161.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Retron-type reverse transcriptase


分子量: 33217.070 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-292 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium rectale M104/1 (バクテリア)
遺伝子: ERE_01490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4JMT6
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1250 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES/imidazole pH 6.5, 20 mM sodium formate, 20 mM NH4OAc, 20 mM trisodium citrate, 20 mM sodium potassium L-tartrate, 20 mM sodium oxamate, 10 % PEG 8000, 20 % EG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.143 Å / Num. obs: 165153 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 8.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2254: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HHJ
解像度: 2.1→49.143 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 8256 5 %
Rwork0.2008 --
obs0.2027 165139 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18416 0 8 1250 19674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00118819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42425357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.97411611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12390.34492460.31364728X-RAY DIFFRACTION91
2.1239-2.14890.32692770.29685250X-RAY DIFFRACTION100
2.1489-2.17510.31982730.2935225X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.20260.33322760.28145224X-RAY DIFFRACTION100
2.2026-2.23160.32292750.26965214X-RAY DIFFRACTION100
2.2316-2.26220.31822740.26015249X-RAY DIFFRACTION100
2.2622-2.29450.27442730.24885168X-RAY DIFFRACTION100
2.2945-2.32870.26852780.24435280X-RAY DIFFRACTION100
2.3287-2.36510.32542730.2495205X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.40390.29032790.24635280X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.44530.26862740.2315214X-RAY DIFFRACTION100
2.4453-2.48980.27182800.23125249X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.53770.2842720.23225207X-RAY DIFFRACTION100
2.5377-2.58950.28362780.22775267X-RAY DIFFRACTION100
2.5895-2.64580.28862710.23525205X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.70730.26892790.22135234X-RAY DIFFRACTION100
2.7073-2.7750.27332790.22225297X-RAY DIFFRACTION100
2.775-2.85010.24772730.21055190X-RAY DIFFRACTION100
2.8501-2.93390.28582720.22245254X-RAY DIFFRACTION100
2.9339-3.02860.25992800.225243X-RAY DIFFRACTION100
3.0286-3.13680.25632770.22265276X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.26240.28472760.21715234X-RAY DIFFRACTION100
3.2624-3.41080.22882760.2055243X-RAY DIFFRACTION100
3.4108-3.59060.23662770.19145252X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-3.81550.21742760.18095255X-RAY DIFFRACTION100
3.8155-4.110.20482770.1695270X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.52330.18912750.15375253X-RAY DIFFRACTION100
4.5233-5.17720.16632810.14755298X-RAY DIFFRACTION100
5.1772-6.52030.20712780.17655287X-RAY DIFFRACTION100
6.5203-49.15670.19042810.17265332X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4684-0.4348-0.04170.601-0.16090.2026-0.0792-0.00180.3036-0.2129-0.0707-0.1612-0.2997-0.0215-00.4318-0.0367-0.01390.48840.040.382246.293599.684877.1048
20.2358-0.08870.06110.33030.14160.1056-0.049-0.03620.002-0.0665-0.1827-0.21710.27830.1349-00.3318-0.04270.01420.51220.04440.415851.962188.204789.6972
30.26280.2457-0.22131.1924-0.18640.6224-0.04070.0281-0.0571-0.0977-0.0226-0.13620.06940.037700.2655-0.03590.01160.40320.02480.324139.403777.842981.0303
40.46970.3429-0.25890.3077-0.39480.8907-0.0688-0.0741-0.1749-0.2210.05-0.34090.31290.15450.05190.22050.03430.0830.3012-0.03880.460640.457857.892983.3898
50.31360.1105-0.03010.2255-0.16820.13590.1048-0.1351-0.1160.1487-0.1085-0.0537-0.07430.1182-0.00210.1796-0.03290.0240.27020.03240.315431.332467.763995.4107
60.3299-0.1595-0.18880.33180.060.1761-0.03170.1886-0.282-0.3850.0570.37390.36490.0428-0.0070.4174-0.0894-0.06270.55070.03730.5211.292868.518583.4926
70.0705-0.1295-0.08690.27560.21960.2104-0.053-0.1307-0.07070.10990.2570.32750.10390.00180.00590.2635-0.0140.01160.57630.07780.4262.589275.99799.3808
80.50770.25130.20960.69620.11450.7286-0.03110.08680.0497-0.07190.02740.238-0.0977-0.15810.01110.2475-0.0308-0.0310.41710.03590.362410.661489.514289.7084
90.12560.1261-0.01180.21850.08830.1036-0.1546-0.07280.35370.14620.06240.0873-0.3245-0.22200.33960.0315-0.0150.39390.01220.369814.8378102.5977100.183
100.0482-0.05970.06210.0752-0.07730.0815-0.2258-0.1059-0.2710.120.1167-0.0581-0.1181-0.2065-0.01620.2072-0.09370.01680.25160.03490.271835.206892.493999.9591
110.0586-0.0780.1590.1366-0.2820.5863-0.2184-0.37780.10090.45020.046-0.0711-0.20370.0964-0.27210.78240.0685-0.07370.4642-0.1080.295129.837788.3599173.7189
120.61060.12920.65550.02730.1390.7035-0.4489-0.44940.52390.4017-0.030.0552-0.609-0.3774-0.77280.83370.1818-0.1580.3846-0.11620.430323.240697.6751166.7928
131.23850.91540.24190.68510.18510.1663-0.52010.01530.09580.09340.16340.3871-0.3249-0.2149-0.41720.56630.14440.0560.3824-0.07690.31418.056286.7596155.4941
140.3336-0.19130.44170.7153-0.37191.0801-0.1106-0.1240.020.15370.0921-0.0033-0.0888-0.1852-00.42720.01730.0460.279-0.01430.240625.989271.2181161.4442
150.209-0.23510.08990.2897-0.05890.1039-0.1065-0.0569-0.0522-0.03620.12190.25550.1447-0.3190.00060.3648-0.08080.05750.2704-0.00840.247821.020158.0576151.4799
160.052-0.01840.00930.05010.0330.0309-0.13250.18830.30490.09890.2037-0.00820.0344-0.08980.00010.4085-0.01610.040.294-0.01180.340841.48362.0825141.7275
170.83660.2259-0.70681.10530.07930.6793-0.10870.5890.0844-0.20930.1035-0.0352-0.2472-0.2487-0.23830.32090.0237-0.08280.25320.05410.438216.873122.7482115.8877
180.9409-0.20390.27620.7492-0.00090.6854-0.05880.03520.05930.09270.01210.1166-0.0766-0.0383-0.01520.1813-0.0408-0.00220.1169-0.0150.239728.4018113.621135.8673
190.2386-0.11020.01060.32070.00120.00010.0811-0.11440.19130.2666-0.1433-0.1373-0.53640.36810.00440.4187-0.1737-0.03330.3292-0.07530.432362.7731119.9497136.9909
200.84490.7788-0.11021.97530.86790.76570.065-0.1654-0.01620.6005-0.1319-0.37640.05610.2842-0.60490.2967-0.1427-0.1230.3264-0.01160.398568.1439108.4439142.0676
210.0471-0.08120.12820.3176-0.07620.4683-0.0561-0.20210.0425-0.1152-0.0856-0.03840.15380.17130.00550.2616-0.0719-0.03690.4519-0.06980.540664.0989100.193128.441
220.3128-0.04320.3580.8406-0.14490.5271-0.07510.2226-0.0117-0.0487-0.0101-0.0815-0.19390.1902-00.2948-0.0946-0.02010.3593-0.03690.310256.7178114.2248119.56
230.0588-0.03250.02010.0174-0.01560.04020.0867-0.1452-0.02410.18410.0369-0.02480.14610.05620.00010.3213-0.0155-0.01190.403-0.06250.368853.6135103.8111126.0639
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400.41470.0072-0.03160.1623-0.16040.1652-0.0572-0.1253-0.02150.1059-0.07820.1320.3421-0.2888-0.75880.4323-0.20580.18160.5056-0.02150.42017.818252.2801133.4527
410.67120.04430.19340.51440.17161.18910.10180-0.01410.166-0.13260.12990.1896-0.29540.08890.2341-0.09310.0710.2437-0.01360.259212.594846.8052114.1654
420.61210.48720.47450.39450.29872.74640.0806-0.0106-0.36490.76260.2291-0.71810.7349-0.0799-0.23270.69050.1104-0.27520.45040.06660.521860.400553.5766152.7013
430.4882-0.0550.04180.0390.0790.3461-0.019-0.16570.00520.65460.0147-0.75340.16290.1716-0.01380.42930.0271-0.22030.27350.04340.536957.385674.0257155.2794
440.2982-0.1014-0.19550.31690.01610.13360.03540.16630.03790.0667-0.0298-0.4228-0.09540.15810.00990.309-0.0747-0.04430.26050.02440.547551.591288.9184147.372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 234 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 235 through 251 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 252 through 292 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 56 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 57 through 84 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 85 through 234 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 235 through 274 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 275 through 292 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 26 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 27 through 56 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 57 through 84 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 85 through 234 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 235 through 274 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 275 through 291 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 84 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 85 through 292 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 3 through 26 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 27 through 56 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 57 through 84 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 85 through 177 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 178 through 198 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 199 through 234 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 235 through 251 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 252 through 274 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 275 through 291 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 4 through 26 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 27 through 56 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 57 through 84 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 85 through 131 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 132 through 150 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 151 through 177 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 178 through 198 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 199 through 234 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 235 through 251 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 252 through 274 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 275 through 291 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 4 through 56 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 57 through 84 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 85 through 292 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 2 through 84 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 85 through 234 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 235 through 291 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る