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万見
- PDB-5hhe: Human Beclin 1 coiled-coil domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hhe
タイトルHuman Beclin 1 coiled-coil domain
要素Beclin-1
キーワードCELL CYCLE / autophagy regulator / coiled-coil domain / anti-parallel dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization ...cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / negative regulation of autophagosome assembly / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / suppression by virus of host autophagy / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / late endosome to vacuole transport / SMAD protein signal transduction / phagophore assembly site / negative regulation of programmed cell death / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / response to iron(II) ion / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / mitotic metaphase chromosome alignment / lysosome organization / Macroautophagy / RSV-host interactions / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / autophagosome maturation / autophagosome assembly / mitophagy / neuron development / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to vitamin E / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / cellular defense response / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / JNK cascade / cellular response to copper ion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / response to lead ion / trans-Golgi network / ISG15 antiviral mechanism / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / GTPase binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / protein-macromolecule adaptor activity / protein-containing complex assembly / defense response to virus / molecular adaptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / nuclear body / response to hypoxia / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / endosome / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / cell division / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3110 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3110 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Mei, Y. / Sinha, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Identification of BECN1 and ATG14 Coiled-Coil Interface Residues That Are Important for Starvation-Induced Autophagy.
著者: Mei, Y. / Su, M. / Sanishvili, R. / Chakravarthy, S. / Colbert, C.L. / Sinha, S.C.
履歴
登録2016年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32016年8月17日Group: Database references
改定 1.42016年8月31日Group: Data collection
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Beclin-1
A: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5732
ポリマ－22,5732
非ポリマー00
水4,594255
1
D: Beclin-1

D: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5732
ポリマ－22,5732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area4940 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
2
A: Beclin-1

A: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5732
ポリマ－22,5732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area4990 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.200, 71.575, 58.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 11286.409 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP entries 175-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BECN1, GT197 / プラスミド: pET29b
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q14457
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 39% 2-methyl-2, 4-pentadiol, 9% PEG400 and 100 mM Tris buffer, pH 7.5.
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→40.15 Å / Num. obs: 38596 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.91
反射 シェル解像度: 1.46→1.57 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q8T

3q8t


解像度: 1.46→40.15 Å / FOM work R set: 0.8251 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 1921 5 %random selection
Rwork0.1715 36508 --
obs0.1733 38429 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.26 Å2 / Biso mean: 32.34 Å2 / Biso min: 14.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→40.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1574 0 0 255 1829
Biso mean---43.02 -
残基数----186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7042122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.35664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4564-1.49280.3171310.24442476X-RAY DIFFRACTION94
1.4928-1.53310.3081330.20382560X-RAY DIFFRACTION97
1.5331-1.57830.26111380.18692602X-RAY DIFFRACTION100
1.5783-1.62920.21571370.15742621X-RAY DIFFRACTION100
1.6292-1.68740.20361370.14842585X-RAY DIFFRACTION100
1.6874-1.7550.22581370.15122628X-RAY DIFFRACTION100
1.755-1.83490.25951390.1612629X-RAY DIFFRACTION100
1.8349-1.93160.23821380.16352616X-RAY DIFFRACTION100
1.9316-2.05260.21631370.15622608X-RAY DIFFRACTION100
2.0526-2.21110.19981380.14782628X-RAY DIFFRACTION100
2.2111-2.43360.18381400.14632650X-RAY DIFFRACTION100
2.4336-2.78570.22761370.17072618X-RAY DIFFRACTION100
2.7857-3.50930.171390.172634X-RAY DIFFRACTION100
3.5093-40.150.20091400.18762653X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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