PDB-5hcf: T. cruzi calreticulin globular domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hcf

タイトル

T. cruzi calreticulin globular domain

要素

Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

キーワード

CHAPERONE / legume lectin fold / chagas disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ERAD pathway / unfolded protein binding / protein folding / carbohydrate binding / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.451 Å

データ登録者

Moreau, C.P. / Gaboriaud, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2016
タイトル: Structures of parasite calreticulins provide insights into their flexibility and dual carbohydrate/peptide-binding properties.
著者: Moreau, C. / Cioci, G. / Iannello, M. / Laffly, E. / Chouquet, A. / Ferreira, A. / Thielens, N.M. / Gaboriaud, C.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hcf.cif.gz	646.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hcf.ent.gz	540.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5hcf_validation.pdf.gz	503.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hcf_full_validation.pdf.gz	519 KB	表示
XML形式データ	5hcf_validation.xml.gz	62.8 KB	表示
CIF形式データ	5hcf_validation.cif.gz	78.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hcf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hcaC 5hcbC 5lk5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fl3-d 3a4u-d 1l5m-d 2fkc-2 2pso-2 1q87-2 4g8x-1 2pso-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

B: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

C: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

D: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

E: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

F: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

ヘテロ分子

188 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.300, 79.380, 85.080
Angle α, β, γ (deg.)	95.57, 98.69, 119.86
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Calreticulin, putative,Calreticulin, putative

分子量: 31163.006 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053510685.10 / プラスミド: pJexpress411 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4CPZ0

#2: 化合物

ChemComp-ACY / ACETIC ACID

分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl. 1 M Glucose added to the drop (ratio 1 (protein) / 1 (reservoir)/ 1 Glucose)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→82 Å / Num. obs: 58978 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.1 % / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7.14
反射シェル	解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / R_sym value: 0.522 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.451→47.699 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 29.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	2985	5.06 %
R_work	0.2229	-	-
obs	0.2246	58952	92.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.451→47.699 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12721	0	46	50	12817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	17950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.347	4969
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1880
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4505-2.4907	0.4082	123	0.3332	2001	X-RAY DIFFRACTION	69
2.4907-2.5336	0.3665	173	0.3226	2657	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5336-2.5797	0.341	140	0.3139	2772	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5797-2.6293	0.3315	142	0.3055	2720	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6293-2.683	0.3562	141	0.3159	2693	X-RAY DIFFRACTION	93
2.683-2.7413	0.3346	125	0.3109	2765	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7413-2.8051	0.3512	138	0.3023	2663	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8051-2.8752	0.3507	140	0.3029	2680	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8752-2.953	0.3239	148	0.2866	2699	X-RAY DIFFRACTION	92
2.953-3.0398	0.3486	137	0.2764	2550	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0398-3.1379	0.2912	135	0.2759	2733	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1379-3.2501	0.3013	156	0.2552	2693	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2501-3.3802	0.2772	171	0.2409	2660	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3802-3.5339	0.2537	132	0.2221	2728	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5339-3.7202	0.2447	165	0.2083	2653	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7202-3.9532	0.203	145	0.1877	2638	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9532-4.2582	0.1963	151	0.1759	2682	X-RAY DIFFRACTION	94
4.2582-4.6864	0.1729	127	0.1592	2803	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6864-5.3638	0.1973	140	0.1603	2706	X-RAY DIFFRACTION	94
5.3638-6.7547	0.2229	140	0.2013	2712	X-RAY DIFFRACTION	94
6.7547-47.7083	0.2498	116	0.207	2759	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3991	-0.4583	-0.7938	2.8731	-0.6059	2.6804	0.717	-0.4251	0.5149	1.1085	-0.4142	1.1816	0.0592	-0.5358	-0.1726	0.5439	-0.0429	0.2572	0.49	-0.0853	0.5504	-6.6924	17.2229	-7.625
2	2.3482	-1.0729	0.2114	3.6071	-0.9256	3.3404	-0.1234	-0.4512	0.0154	0.4805	0.0161	0.6537	0.0142	-0.1699	0.2307	0.327	-0.1316	0.1079	0.4708	-0.0714	0.3805	-9.6746	4.6645	-10.2283
3	2.8171	0.827	-1.0728	2.3576	-0.3052	2.171	0.1819	-0.2024	0.1907	0.3041	-0.2189	0.3032	-0.0829	-0.1984	0.0037	0.3518	0.0237	0.056	0.3881	-0.0461	0.2749	-1.9284	11.963	-15.6465
4	2.0697	0.4252	-0.6748	3.0328	0.6023	1.075	0.0465	0.3434	0.253	-0.3057	-0.2026	0.0024	-0.0428	-0.2972	0.1871	0.2894	0.0029	0.0036	0.3605	0.0152	0.2862	1.6027	14.3323	-24.9263
5	2.9101	1.4135	-0.5206	6.3563	-1.562	4.9269	0.2944	0.0314	-0.4877	-0.0099	-0.1288	-0.1525	-0.0325	-0.0909	-0.1272	0.3048	0.0083	-0.0351	0.2352	0.0117	0.382	11.0101	3.2889	-18.3649
6	0.9972	0.7398	-0.8393	2.3704	-1.4457	1.2818	0.0056	-0.2297	0.0743	0.0983	-0.2258	-0.3727	0.1533	0.2588	0.2062	0.3388	-0.0529	-0.0327	0.3292	-0.0041	0.3584	18.007	19.3484	-23.5461
7	1.4272	-0.1042	-0.1476	1.6601	-0.2435	1.1067	-0.0383	0.3461	0.3344	0.115	0.0469	0.3434	-0.3402	-0.147	0.035	0.2893	-0.0076	0.0273	0.3412	-0.0031	0.4104	3.754	22.6521	-22.0206
8	2.0602	1.0748	-0.3601	2.566	0.4421	1.7557	0.4485	-0.6754	0.1433	1.0681	-0.4425	-0.0165	0.1796	-0.0212	-0.1154	0.4922	-0.0389	-0.0057	0.3988	0.0133	0.2872	4.4637	12.4324	-6.0921
9	3.0936	-1.0998	-0.892	5.1272	-1.7826	4.2947	-0.1508	-0.1487	-0.3215	0.3371	0.2767	0.0301	1.0458	-0.3917	-0.0975	0.8106	-0.1593	-0.0414	0.7053	0.0747	0.3414	4.055	-8.0369	-0.7627
10	2.2575	-2.1747	-1.3439	6.1816	-0.0297	2.3226	-0.9611	-0.8898	1.2607	1.9882	1.4551	-1.4431	-0.2889	0.6735	-0.315	0.6609	0.0791	-0.3559	0.4743	-0.2161	0.8426	45.7814	37.9016	-7.1335
11	3.5521	-0.5741	-1.0604	3.4819	-0.8135	3.8397	-0.4966	-0.4634	0.796	0.2174	0.3322	-0.4726	-0.6403	0.1263	0.3257	0.5242	0.0097	-0.1945	0.3994	-0.1917	0.6927	36.5453	46.6868	-9.8121
12	0.5561	0.6321	0.0399	0.6265	0.4118	2.1789	-0.1311	-0.1908	0.4492	0.4492	0.1559	-0.4744	-0.216	0.4465	-0.097	0.3761	0.0528	-0.1406	0.4412	-0.1351	0.617	43.4747	36.5601	-15.1019
13	1.9662	-1.6761	-0.32	5.0063	0.041	2.5599	-0.2989	-0.1695	0.3922	0.4868	0.1658	-0.2629	-0.0818	-0.0186	0.0893	0.3405	-0.0116	-0.0391	0.2452	-0.0204	0.3187	33.2167	36.0368	-15.2426
14	2.5489	-1.0635	0.5318	1.4862	0.6088	0.9358	-0.2906	0.3704	0.51	-0.1683	0.1062	-0.5353	-0.3518	0.3244	0.0375	0.3677	-0.0671	0.0303	0.3467	-0.006	0.4675	41.8026	35.6791	-23.2265
15	2.8927	-1.5849	0.8656	2.3291	-0.2339	0.1591	-0.2826	1.0003	-0.1804	-0.13	-0.0586	0.0147	0.2657	-0.1742	0.0359	0.3566	-0.0617	-0.0129	0.3442	-0.013	0.2941	37.1974	26.7196	-27.131
16	3.0899	-1.8099	-0.6224	1.4505	0.0192	1.4878	0.0073	0.0422	0.0514	0.4262	-0.1645	0.0822	0.0137	-0.3629	0.0952	0.3505	-0.0303	0.0218	0.2586	0.0046	0.3195	25.1409	29.5697	-18.4289
17	0.5041	-1.324	-0.5252	2.5833	1.8279	1.6999	-0.2399	0.0373	-0.2239	0.4286	-0.0463	0.4201	0.3755	-0.105	0.372	0.2659	0.0043	0.0355	0.2579	0.0003	0.3929	35.4354	15.5965	-23.2497
18	1.5208	-1.5092	0.111	3.0034	1.0674	0.7151	-0.2939	-0.248	0.3506	0.3177	0.3622	-0.3838	-0.0731	0.27	-0.0381	0.35	-0.0352	-0.0532	0.3037	-0.0039	0.377	42.1125	30.0977	-17.4662
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精密化 TLSグループ

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27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 352 through 366 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 23 through 38 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 39 through 63 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 64 through 113 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 114 through 154 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 155 through 186 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 187 through 313 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 314 through 330 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 331 through 351 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 352 through 366 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 23 through 38 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 39 through 63 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 64 through 90 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 91 through 113 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 114 through 154 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 155 through 166 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 167 through 186 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 187 through 299 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 300 through 330 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 331 through 351 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 352 through 366 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 23 through 38 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 39 through 63 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 64 through 113 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 114 through 154 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 155 through 186 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 187 through 299 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'F' and (resid 300 through 321 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resid 322 through 351 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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