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- PDB-5hc1: Structure of EAV NSP11 H141A mutant at 3.10A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hc1
タイトルStructure of EAV NSP11 H141A mutant at 3.10A
要素Non-structural protein 11
キーワードHYDROLASE / nsp11 / Equine arteritis virus / Endoribonuclease / Nonstructural Protein 11 / Nidovirus / NF-kappaB
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type exopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / RNA nuclease activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 ...serine-type exopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / RNA nuclease activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3756 / Equine arteritis virus, non-structural protein 1 / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / Nidovirus helicase, RING/Ubox like zinc-binding domain / Protein of unknown function (DUF3756) / Papain-like auto-proteinase / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / RING/Ubox like zinc-binding domain ...Protein of unknown function DUF3756 / Equine arteritis virus, non-structural protein 1 / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / Nidovirus helicase, RING/Ubox like zinc-binding domain / Protein of unknown function (DUF3756) / Papain-like auto-proteinase / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / RING/Ubox like zinc-binding domain / Nonstructural protein 10, zinc-binding domain, arterivirus / NSP11, NendoU domain, arterivirus / NSP11, N-terminal, arterivirus / Arteriviridae zinc-binding (AV ZBD) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain / Arterivirus Nsp2, peptidase C33 / Equine arteritis virus peptidase S32 / Serine protease, chymotrypsin-like serine protease, C-terminal / Arterivirus NSP4 peptidase domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp7 alpha superfamily / Equine arterivirus Nsp2-type cysteine proteinase / Equine arteritis virus serine endopeptidase S32 / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp4 proteinase domain profile. / Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain profile. / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Equine arteritis virus Bucyrus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, M.F. / Chen, Z.Z.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structural Biology of the Arterivirus nsp11 Endoribonucleases.
著者: Zhang, M. / Li, X. / Deng, Z. / Chen, Z. / Liu, Y. / Gao, Y. / Wu, W. / Chen, Z.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 11
B: Non-structural protein 11
C: Non-structural protein 11
D: Non-structural protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0594
ポリマ－97,0594
非ポリマー00
水2,252125
1
A: Non-structural protein 11
D: Non-structural protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5292
ポリマ－48,5292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural protein 11
C: Non-structural protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5292
ポリマ－48,5292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.136, 133.742, 145.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
Non-structural protein 11


分子量: 24264.705 Da / 分子数: 4 / 変異: H141A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Equine arteritis virus Bucyrus (ウイルス)
株: Bucyrus / 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19811
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 23202 / Num. obs: 19651 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EYI

5eyi


解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 22.013 / SU ML: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25199 1052 5.1 %RANDOM
Rwork0.20849 ---
obs0.21064 19651 89.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6658 0 0 125 6783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.9589379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938314385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2015870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.63723.551276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.12915972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8641529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1356.5353498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1356.5353497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6339.7974362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6329.7974363
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8086.6853362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8086.6853359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1219.9595016
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.06952.3517386
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.06852.3617383
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.099→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 60 -
Rwork0.318 1397 -
obs--86.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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