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万見
- PDB-5h4s: Crystal structure of a rhamnose-binding lectin SUL-I from the tox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h4s
タイトルCrystal structure of a rhamnose-binding lectin SUL-I from the toxopneustid sea urchin Toxopneustes pileolus
要素L-rhamnose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / rhamnose-binding lectin / SUL-I / sea urchin / Toxopneustes pileolus / lectin
機能・相同性D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / Galactose binding lectin domain / SUEL-type lectin domain profile. / carbohydrate binding / PHOSPHATE ION / alpha-L-rhamnopyranose / L-rhamnose-binding lectin
機能・相同性情報
生物種Toxopneustes pileolus (ラッパウニ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Unno, H. / Hatakeyama, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Carbohydrate recognition by the rhamnose-binding lectin SUL-I with a novel three-domain structure isolated from the venom of globiferous pedicellariae of the flower sea urchin Toxopneustes pileolus
著者: Hatakeyama, T. / Ichise, A. / Unno, H. / Goda, S. / Oda, T. / Tateno, H. / Hirabayashi, J. / Sakai, H. / Nakagawa, H.
履歴
登録2016年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-rhamnose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1055
ポリマ－30,5181
非ポリマー5874
水7,386410
1
A: L-rhamnose-binding lectin
ヘテロ分子

A: L-rhamnose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,21110
ポリマ－61,0362
非ポリマー1,1758
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4320 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.760, 44.210, 71.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 L-rhamnose-binding lectin


分子量: 30517.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxopneustes pileolus (ラッパウニ)
遺伝子: SUL-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A090BWT0
#2: 糖 ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate (pH4.2), 20% PEG 1000, 0.05% DDM

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.8 Å / Num. obs: 24749 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 20.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZX2

2zx2


解像度: 1.8→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.6 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20523 1260 5.1 %RANDOM
Rwork0.1565 ---
obs0.15906 23467 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2116 0 38 410 2564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.9783028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10834554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4745290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.31823.89595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3415346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7981517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9711.9261143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9681.9231142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9232.8821429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9252.8851430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9732.1851078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9642.1761074
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5713.1571590
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.16326.5312707
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.81524.3062463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 89 -
Rwork0.203 1736 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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