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- PDB-6fx1: Crystal structure of Pholiota squarrosa lectin in complex with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fx1
タイトルCrystal structure of Pholiota squarrosa lectin in complex with an octasaccharide
要素lectinレクチン
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / octasaccharide
機能・相同性マロン酸 / 3-OXOOCTANOIC ACID / レクチン
機能・相同性情報
生物種Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cabanettes, A. / Varrot, A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Recognition of Complex Core-Fucosylated N-Glycans by a Mini Lectin.
著者: Cabanettes, A. / Perkams, L. / Spies, C. / Unverzagt, C. / Varrot, A.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: lectin
B: lectin
C: lectin
D: lectin
E: lectin
F: lectin
G: lectin
H: lectin
I: lectin
J: lectin
K: lectin
L: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,15037
ポリマ－56,53512
非ポリマー14,61525
水5,693316
1
A: lectin
B: lectin
C: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,33310
ポリマ－14,1343
非ポリマー4,1997
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: lectin
E: lectin
F: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,97211
ポリマ－14,1343
非ポリマー3,8388
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: lectin
H: lectin
I: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9719
ポリマ－14,1343
非ポリマー3,8376
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: lectin
K: lectin
L: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8747
ポリマ－14,1343
非ポリマー2,7404
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.000, 95.593, 110.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質・ペプチド
lectin / レクチン


分子量: 4711.271 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
プラスミド: pet39a-TEV / 詳細 (発現宿主): pet39a-TEV-PhosL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: A0A3B6UEU4*PLUS

-
糖 , 5種, 12分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]1-azido-beta-N-acetyl-D-glucosamine


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1123.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5_1*N=^ZN=N_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-2-5/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c6-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp1N2NAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]1-azido-beta-N-acetyl-D-glucosamine


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1488.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_1*N=^ZN=N_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-2-4-2-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp1N2NAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]1-azido-beta-N-acetyl-D-glucosamine


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 919.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1b_1-5_1*N=^ZN=N_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-5/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp1N2NAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]1-azido-beta-N-acetyl-D-glucosamine


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1285.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,7,6/[a2122h-1b_1-5_1*N=^ZN=N_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-4-2-5/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp1N2NAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]1-azido-beta-N-acetyl-D-glucosamine


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 757.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_1*N=^ZN=N_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp1N2NAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 329分子

#7: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#8: 化合物 ChemComp-OOA / 3-OXOOCTANOIC ACID / 3-オキソオクタン酸


分子量: 158.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 % / 解説: diamant
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.2 M Na malonate pH5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.88 Å / Num. obs: 56993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDS20160617データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PhosL

解像度: 2.1→47.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.229 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21925 2785 4.9 %RANDOM
Rwork0.18391 ---
obs0.18567 54161 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.16 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3787 0 984 316 5087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024967
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8512.1436909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95639520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7845479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.11524.545176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08615509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.863156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6222.7461946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6232.7461945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6394.0842415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6394.0852416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9833.5793021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9833.583022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8845.2894495
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.10238.1045008
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.10238.1045009
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 221 -
Rwork0.236 3929 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.90283.0606-1.33465.6912-2.04541.52920.0920.039-0.0420.2345-0.02250.05790.1433-0.1822-0.06950.1278-0.0658-0.03090.0808-0.00770.02922.4591-28.4389-11.1998
21.2543-0.2062-0.88081.54540.89014.35050.0338-0.0056-0.11930.11710.00860.05610.4246-0.1321-0.04240.2209-0.1057-0.04420.0661-0.00090.067922.0477-40.4598-11.7389
31.4698-1.67730.15766.26340.93291.51610.11850.2333-0.0133-0.1489-0.0398-0.16180.2691-0.0344-0.07870.1638-0.075-0.02830.1152-0.00740.035228.2299-34.7595-20.1606
42.8562-2.14211.46634.9941-2.30963.32580.15090.1096-0.0744-0.1411-0.09130.13910.2497-0.1946-0.05960.0729-0.0710.00190.0976-0.01050.004721.1052-19.45427.4492
50.8649-0.31840.44811.09171.24496.5310.0457-0.01660.0576-0.05580.02650.1976-0.0555-0.303-0.07220.018-0.02670.00420.08770.02090.098120.6281-7.39337.9479
61.22351.1402-0.00726.42391.14090.96710.1107-0.18620.00330.2071-0.0121-0.0290.1558-0.1251-0.09860.0485-0.0303-0.00840.12210.03120.018925.5862-13.14117.1014
76.39590.71390.19441.3030.23282.59030.04490.12730.1085-0.16550.0893-0.0385-0.0905-0.0154-0.13430.0563-0.02420.00270.04380.02390.025433.5842-4.9541-18.0763
84.4213-3.6591-3.02365.18913.4675.2142-0.1419-0.16990.07060.10570.2655-0.1248-0.09910.4682-0.12370.0328-0.0449-0.00770.10860.01240.016141.1313-2.3331-8.4535
90.9947-0.46250.950.80640.06966.40750.0423-0.01630.1734-0.00240.10750.0546-0.3048-0.1917-0.14980.04190.00610.04080.04550.04330.098329.27570.4691-8.3702
106.5881-2.11181.41851.8914-0.05113.18740.1154-0.3892-0.2530.27350.05560.10370.3703-0.211-0.1710.3041-0.0922-0.02380.07440.06610.088630.9575-42.935615.9154
114.39281.54011.9462.40921.96723.4126-0.03590.1592-0.30180.01930.2148-0.09940.52890.3761-0.17890.38380.0247-0.08820.08970.05170.122139.3495-46.02117.5713
121.85830.2488-0.85080.6727-1.20476.9320.0875-0.0754-0.32560.02040.07270.09740.4206-0.3127-0.16030.3686-0.0853-0.05630.03530.04410.175327.8103-48.23326.1135
1300000000000000-00.1816000.181600.1816000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 39
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 39
7X-RAY DIFFRACTION7G-1 - 39
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 39
10X-RAY DIFFRACTION10J-1 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11K2 - 39
12X-RAY DIFFRACTION12L2 - 39
13X-RAY DIFFRACTION13N1 - 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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