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万見
- PDB-5h2w: Crystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h2w
タイトルCrystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO protease Ulp1p (150-340)
要素
  • Importin subunit alpha
  • Ubiquitin-like-specific protease 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/HYDROLASE / nuclear import / PROTEIN TRANSPORT-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ulp1 peptidase / proteasome localization / SUMO is proteolytically processed / deSUMOylase activity / protein desumoylation / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / protein targeting to membrane ...Ulp1 peptidase / proteasome localization / SUMO is proteolytically processed / deSUMOylase activity / protein desumoylation / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / cysteine-type peptidase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. ...Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like-specific protease 1 / Importin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hirano, H. / Matsuura, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS25440019 日本
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of the Karyopherins Kap121p and Kap60p Bound to the Nuclear Pore-Targeting Domain of the SUMO Protease Ulp1p
著者: Hirano, H. / Kobayashi, J. / Matsuura, Y.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha
B: Ubiquitin-like-specific protease 1
C: Importin subunit alpha
D: Ubiquitin-like-specific protease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9414
ポリマ－137,9414
非ポリマー00
水1,53185
1
A: Importin subunit alpha
B: Ubiquitin-like-specific protease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9702
ポリマ－68,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
2
C: Importin subunit alpha
D: Ubiquitin-like-specific protease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9702
ポリマ－68,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.610, 63.540, 80.910
Angle α, β, γ (deg.)106.09, 107.72, 90.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha / Karyopherin subunit alpha / Karyopherin-60 / Serine-rich RNA polymerase I suppressor protein


分子量: 46847.535 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 88-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SRP1, KAP60, YNL189W, N1606 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02821
#2: タンパク質 Ubiquitin-like-specific protease 1


分子量: 22122.736 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 150-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ULP1, YPL020C, LPB11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02724, Ulp1 peptidase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.1 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M MES, 0.1M calcium acetate, 12% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30.37 Å / Num. obs: 29881 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 29.84 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 47966
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.61.70.1630.956191
9.01-30.371.90.0250.996191.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C1T

2c1t


解像度: 2.5→27.028 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1542 5.16 %
Rwork0.2135 --
obs0.2152 29866 90.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6667 0 0 85 6752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8229219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0022507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58060.32321510.28492600X-RAY DIFFRACTION91
2.5806-2.67280.32851530.27762519X-RAY DIFFRACTION89
2.6728-2.77970.29381570.26142570X-RAY DIFFRACTION90
2.7797-2.90610.29251010.26162597X-RAY DIFFRACTION90
2.9061-3.05910.29111290.24852508X-RAY DIFFRACTION88
3.0591-3.25050.25351370.23672584X-RAY DIFFRACTION91
3.2505-3.50090.25941530.23232585X-RAY DIFFRACTION91
3.5009-3.85240.2611550.20322524X-RAY DIFFRACTION90
3.8524-4.40770.19311300.17272540X-RAY DIFFRACTION89
4.4077-5.54540.20871520.192545X-RAY DIFFRACTION90
5.5454-27.02990.19751240.16732752X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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