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万見
- PDB-5gwp: Crystal structure of RCAR3:PP2C wild-type with (+)-ABA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gwp
タイトルCrystal structure of RCAR3:PP2C wild-type with (+)-ABA
要素
  • ABA receptor RCAR3
  • Probable protein phosphatase 2C 50
キーワードHYDROLASE/RECEPTOR / abscisic acid / ABA receptor / PP2C / HYDROLASE-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of intracellular signal transduction / seed germination / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / response to cold / signaling receptor activity ...regulation of intracellular signal transduction / seed germination / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / response to cold / signaling receptor activity / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain ...Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / Abscisic acid receptor PYL3 / Abscisic acid receptor PYL3 / Protein phosphatase 2C 50
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.577 Å
データ登録者Han, S. / Lee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Rural Development AgencyPJ009106 韓国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2017
タイトル: Modulation of ABA Signaling by Altering VxG Phi L Motif of PP2Cs in Oryza sativa.
著者: Han, S. / Min, M.K. / Lee, S.Y. / Lim, C.W. / Bhatnagar, N. / Lee, Y. / Shin, D. / Chung, K.Y. / Lee, S.C. / Kim, B.G. / Lee, S.
履歴
登録2016年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable protein phosphatase 2C 50
B: Probable protein phosphatase 2C 50
C: ABA receptor RCAR3
D: ABA receptor RCAR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,81112
ポリマ－111,1374
非ポリマー6748
水1,40578
1
A: Probable protein phosphatase 2C 50
C: ABA receptor RCAR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9066
ポリマ－55,5682
非ポリマー3374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21170 Å2
手法PISA
2
B: Probable protein phosphatase 2C 50
D: ABA receptor RCAR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9066
ポリマ－55,5682
非ポリマー3374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.981, 133.684, 191.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Probable protein phosphatase 2C 50 / OsPP2C50


分子量: 35507.512 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 59-385 / 変異: E139A/E140A/K142A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Os05g0537400, LOC_Os05g46040, OJ1741_B01.18, OSJNBa0052K01.2
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6L5H6, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 ABA receptor RCAR3


分子量: 20060.865 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4N2F7, UniProt: Q6EN42*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 8000, MES pH 6.0, calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.577→46.1435 Å / Num. obs: 30728 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1142 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 22.02
反射 シェル解像度: 2.577→2.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RT0

3rt0


解像度: 2.577→46.136 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1928 6.53 %
Rwork0.206 --
obs0.2087 29514 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.577→46.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7134 0 44 78 7256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5199872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2954460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5775-2.64190.32151320.25791812X-RAY DIFFRACTION89
2.6419-2.71330.30941220.27051812X-RAY DIFFRACTION90
2.7133-2.79320.34551370.26351856X-RAY DIFFRACTION92
2.7932-2.88330.31651230.26771890X-RAY DIFFRACTION93
2.8833-2.98630.27441470.24951916X-RAY DIFFRACTION94
2.9863-3.10590.26841230.23181942X-RAY DIFFRACTION95
3.1059-3.24720.29171400.21441971X-RAY DIFFRACTION97
3.2472-3.41840.27141330.22121992X-RAY DIFFRACTION97
3.4184-3.63240.24861480.20972001X-RAY DIFFRACTION98
3.6324-3.91280.23081380.19122014X-RAY DIFFRACTION98
3.9128-4.30630.19321420.17342044X-RAY DIFFRACTION99
4.3063-4.92880.20461480.15792066X-RAY DIFFRACTION100
4.9288-6.20740.23251430.19492098X-RAY DIFFRACTION100
6.2074-46.14350.23711520.2062172X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.7842 Å / Origin y: -13.2151 Å / Origin z: -23.3851 Å
111213212223313233
T0.3113 Å2-0.0445 Å2-0.0711 Å2-0.3265 Å20.0285 Å2--0.3351 Å2
L0.6165 °2-0.2387 °2-0.0679 °2-0.7975 °20.0396 °2--0.3626 °2
S-0.0105 Å °-0.0828 Å °-0.0991 Å °-0.0584 Å °0.0072 Å °0.1535 Å °-0.0062 Å °-0.0089 Å °0.0029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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