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万見
- PDB-5gvq: Solution structure of the first RRM domain of human spliceosomal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gvq
タイトルSolution structure of the first RRM domain of human spliceosomal protein SF3b49
要素Splicing factor 3B subunit 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM / SF3b49 / SF3b145 / U2 snRNP / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA Splicing - Major Pathway ...U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SF3B4, RNA recognition motif 2 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...SF3B4, RNA recognition motif 2 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor 3B subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. ...Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Sakamoto, T. / Wakamatsu, K. / Guntert, P. / Takahashi, S. / Yokoyama, S. / Muto, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Solution structure of the first RNA recognition motif domain of human spliceosomal protein SF3b49 and its mode of interaction with a SF3b145 fragment.
著者: Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Sakamoto, T. / Wakamatsu, K. / ...著者: Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Sakamoto, T. / Wakamatsu, K. / Guntert, P. / Takahashi, S. / Yokoyama, S. / Muto, Y.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年4月12日ID: 1X5U
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22025年3月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 3B subunit 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3791
ポリマ－11,3791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7310 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 4 / spliceosomal protein SF3b49 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated ...spliceosomal protein SF3b49 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 49 / SAP 49


分子量: 11378.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B4, SAP49 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15427*PLUS
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
141isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] human spliceosomal protein SF3b49, 90% H2O/10% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: human spliceosomal protein SF3b49 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condistions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
KUJIRAKobayashi Nデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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