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- PDB-5gup: Cryo-EM structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5gup
タイトルCryo-EM structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 9
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 12
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cryo-EM / Mammalian / Respiratory / Supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Complex III assembly / Mitochondrial protein import / : / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Complex I biogenesis ...Complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Complex III assembly / Mitochondrial protein import / : / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Complex I biogenesis / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / Mitochondrial protein degradation / respiratory chain complex IV / anterograde axonal transport / thalamus development / cellular response to oxygen levels / mesenchymal stem cell proliferation / reproductive system development / gliogenesis / mesenchymal stem cell differentiation / circulatory system development / respiratory chain complex III / neural precursor cell proliferation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / oxygen sensor activity / quinol-cytochrome-c reductase activity / stem cell division / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / acyl binding / midbrain development / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / regulation of mitochondrial membrane potential / axon cytoplasm / muscle contraction / reactive oxygen species metabolic process / aerobic respiration / hippocampus development / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / kidney development / fatty acid metabolic process / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organism growth / NAD binding / cellular senescence / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / gene expression / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / nuclear speck / mitochondrial matrix / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein MGARP / Protein MGARP, N-terminal / Mitochondria Localisation Sequence / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily ...Protein MGARP / Protein MGARP, N-terminal / Mitochondria Localisation Sequence / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Di-haem cytochrome, transmembrane / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / Rieske iron-sulphur protein / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Peptidase M16, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PLX ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PLX / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome c reductase, Rieske iron-sulfur polypeptide 1 / Mitochondria localized glutamic acid rich protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / : / Complex I-AGGG / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / Cytochrome b / Complex III subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Gu, J. / Wu, M. / Guo, R. / Yang, M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2016YFA0501100 and 2012CB911101 中国
National Outstanding Young Scholar Science Foundation 中国
National Natural Science Foundation of China3162500065, 31030020 and 31170679 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure of Mammalian Respiratory Supercomplex IIIIIV.
著者: Meng Wu / Jinke Gu / Runyu Guo / Yushen Huang / Maojun Yang /
要旨: The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to ...The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to synthesize ATP. The precise arrangement of SCs is largely unknown. Here, we report a 4.0-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the major SC in porcine heart, the 1.7-MDa SCIIIIIV. The complex III (CIII) dimer and complex IV (CIV) bind at the same side of the L-shaped complex I (CI). Several accessory or supernumerary subunits of CI, such as NDUFA11, NDUFB4, NDUFB8, and NDUFB9, directly contribute to the oligomerization of CI, CIII, and CIV. COX7C and COX7A of CIV attach CIV to the concave surface formed by CIII and the distal end of membrane arm of CI. The structure suggests a possible mechanism by which electrons are transferred from NADH to cytochrome c and provides a platform for future functional dissection of respiration.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年3月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年3月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年3月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年3月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年3月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / em_image_scans / em_software / Item: _cell.Z_PDB / _em_software.name
改定 2.02025年4月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Database references / Experimental summary / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / entity
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9539
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 6C
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
D: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
G: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
H: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
J: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
K: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
L: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
M: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
N: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
O: Acyl carrier protein, mitochondrial
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
T: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
U: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
X: Acyl carrier protein, mitochondrial
Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
i: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
j: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
k: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
l: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
m: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
q: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
r: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
s: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
t: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
u: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
v: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
w: Cytochrome b
x: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
y: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
z: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
0: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
1: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
3: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
4: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
5: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
6: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
7: Cytochrome b
8: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
9: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
Aa: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
Ab: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
Ac: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
Ad: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
Ae: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske transit peptide, mitochondrial
Af: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske transit peptide, mitochondrial
Ag: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
Ah: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
Ai: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Aj: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Ak: Cytochrome c oxidase subunit 1
Al: Cytochrome c oxidase subunit 2
Am: Cytochrome c oxidase subunit 3
An: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
Ao: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
Ap: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
Aq: Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial
Ar: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,818,699132
ポリマ－1,781,94180
非ポリマー36,75852
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 13分子 AAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqAr

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C


分子量: 8494.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#56: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#57: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#58: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#59: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#60: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 57065.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#61: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 26040.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#62: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3


分子量: 29943.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#63: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#64: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SJ34
#65: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#66: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial


分子量: 9452.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#67: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 50637.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RVN1
#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial


分子量: 26301.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SM98

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 CDFHIJh

#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial


分子量: 52552.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S1A8
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial


分子量: 30241.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SIF2
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 13348.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S031
#8: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial


分子量: 23893.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial


分子量: 23777.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LK43
#10: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 19718.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: G8IFA6
#32: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5


分子量: 12506.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SV23

+
タンパク質 , 4種, 7分子 GOXw7x8

#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial


分子量: 79627.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SHD7
#15: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial


分子量: 17326.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SAB6
#47: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42840.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q1HBG9
#48: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial


分子量: 35488.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 13分子 KRLMNPQSTUVWs

#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 17162.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SQP4
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial


分子量: 42606.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SL07
#13: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7


分子量: 12648.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SA62
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5


分子量: 13321.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SLY2
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 11099.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RGE3
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6


分子量: 14953.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SRG2
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 8088.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GR43
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3


分子量: 9225.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RNI5
#20: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 40476.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SIS9
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11


分子量: 14686.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM4
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 16911.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S6Q1
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 20064.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SLR1

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 YZabcdenopt

#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial


分子量: 11939.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SRQ0
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3


分子量: 11128.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SI50
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial


分子量: 21587.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC6
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6


分子量: 15603.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN80
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 21702.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWL7
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10


分子量: 20944.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LDC3
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial


分子量: 17384.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWV4
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1


分子量: 7044.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SD73
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4


分子量: 15117.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LPW0
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9


分子量: 21864.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GSE5
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7


分子量: 16487.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 fg

#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial


分子量: 8630.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRC9
#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14327.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1STY1

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmqr

#33: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39077.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79875
#34: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 12998.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79880
#35: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10827.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P56632
#36: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68695.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q9TDR1
#37: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19021.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79882
#41: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 51859.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79881
#42: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35667.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79874

+
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 18分子 u5v6y9zAa0Ab1Ac243AdAeAf

#45: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial


分子量: 52756.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKM0
#46: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial


分子量: 48264.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#49: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13587.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#50: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8


分子量: 9784.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RI18
#51: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial


分子量: 10685.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S3W0
#52: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9


分子量: 7412.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN79
#53: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 29492.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RNZ1
#54: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10


分子量: 6560.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SDI2
#55: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske transit peptide, mitochondrial


分子量: 7900.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RNZ1

+
非ポリマー , 14種, 52分子

#68: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#69: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#70: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#71: 化合物
ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H89NO8P / コメント: リン脂質*YM
#72: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#73: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#74: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#75: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#76: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#77: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#78: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#79: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#80: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#81: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF RESIDUE 1-47 OF CHAIN E IS MFLTAALRARATGFTAQWGRHVRNLHKTAVQNGAGGALFVHRDTPEN. THE ...THE SEQUENCE OF RESIDUE 1-47 OF CHAIN E IS MFLTAALRARATGFTAQWGRHVRNLHKTAVQNGAGGALFVHRDTPEN. THE AUTHOR COULD OBSERVE SOME CONNECTED RESIDUES AND ASSIGNED UNK TO THESE RESIDUES. THE AUTHOR IS NOT SURE WHCIH PART OF RESIDUE 1-47 CORRESPONDS WITH THIS PEPTIDE OF UNK. SO THE RESIDUE NUMBERS OF UNK IS MEANINGLESS.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratory supercomplex I1III2IV1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Supercomplex generated by complex I, III and IV. / Entity ID: #1-#67 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2.1粒子像選択
2AutoEMation2画像取得
4CTFFIND3CTF補正
7Coot0.8.2モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
13PHENIX1.9モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161912 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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