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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gqh | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PaeCas3-AcrF3 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CRISPR/Cas system anti-CRISPR proteins Cas3 AcrF3 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) Pseudomonas phage JBD5 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Ma, J. / Wang, Y. / Wang, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2016 タイトル: A CRISPR evolutionary arms race: structural insights into viral anti-CRISPR/Cas responses. 著者: Jiuyu Wang / Jun Ma / Zhi Cheng / Xu Meng / Lilan You / Min Wang / Xinzheng Zhang / Yanli Wang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gqh.cif.gz | 206.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gqh.ent.gz | 140.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gqh_validation.pdf.gz | 852.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gqh_full_validation.pdf.gz | 875.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5gqh_validation.xml.gz | 33.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gqh_validation.cif.gz | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/5gqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/5gqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 122892.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: cas3 / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q02ML8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15806.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD5 (ファージ) 遺伝子: JBD5_035 / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7P7R7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 78904 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL |