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- PDB-5glh: Human endothelin receptor type-B in complex with ET-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5glh
タイトルHuman endothelin receptor type-B in complex with ET-1
要素
  • Endothelin Receptor Subtype-B
  • Peptide from Endothelin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / aldosterone metabolic process / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation ...enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / aldosterone metabolic process / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / endothelin receptor activity / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / positive regulation of artery morphogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / body fluid secretion / neural crest cell fate commitment / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / positive regulation of renal sodium excretion / histamine secretion / leukocyte activation / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of penile erection / rough endoplasmic reticulum lumen / neuroblast migration / heparin metabolic process / posterior midgut development / developmental pigmentation / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of hormone secretion / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / Weibel-Palade body / response to leptin / endothelin receptor signaling pathway / response to ozone / podocyte differentiation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / renal sodium ion absorption / artery smooth muscle contraction / glomerular filtration / response to sodium phosphate / renal sodium excretion / protein transmembrane transport / enteric nervous system development / axonogenesis involved in innervation / positive regulation of cation channel activity / renin secretion into blood stream / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / melanocyte differentiation / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / regulation of pH / positive regulation of prostaglandin secretion / regulation of epithelial cell proliferation / renal albumin absorption / respiratory gaseous exchange by respiratory system / basal part of cell / cellular response to mineralocorticoid stimulus / peripheral nervous system development / positive regulation of smooth muscle contraction / response to salt / positive regulation of urine volume / positive regulation of hormone secretion / negative regulation of adenylate cyclase activity / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / negative regulation of blood coagulation / : / type 1 angiotensin receptor binding / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / axon extension / establishment of endothelial barrier / superoxide anion generation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of signaling receptor activity / cartilage development / middle ear morphogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of protein metabolic process / neural crest cell migration / cGMP-mediated signaling / prostaglandin biosynthetic process / cellular response to fatty acid / nitric oxide transport / positive regulation of heart rate / branching involved in blood vessel morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Phage lysozyme ...Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Endothelin-1 / Endothelin receptor type B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shihoya, W. / Nishizawa, T. / Okuta, A. / Tani, K. / Fujiyoshi, Y. / Dohmae, N. / Nureki, O. / Doi, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Activation mechanism of endothelin ETB receptor by endothelin-1.
著者: Shihoya, W. / Nishizawa, T. / Okuta, A. / Tani, K. / Dohmae, N. / Fujiyoshi, Y. / Nureki, O. / Doi, T.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelin Receptor Subtype-B
B: Peptide from Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4552
ポリマ－58,4552
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.970, 172.970, 109.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Endothelin Receptor Subtype-B


分子量: 55956.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDNRB / プラスミド: modified pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24530*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Endothelin-1 / Preproendothelin-1 / PPET1


分子量: 2497.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05305
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: PEG 400, MES, (NH4)2SO4, 1,4-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 17421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 70.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1543 / Net I/av σ(I): 14.63 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / CC1/2: 0.975 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSdata processing
精密化解像度: 2.8→46.214 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 1741 10 %
Rwork0.2336 15662 -
obs0.2379 17403 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.43 Å2 / Biso mean: 84.5266 Å2 / Biso min: 31.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→46.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 0 4 3643
Biso mean---76.23 -
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4725072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1432209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-2.88250.34311420.319412741416100
2.8825-2.97550.37891420.328812761418100
2.9755-3.08180.36441410.292512821423100
3.0818-3.20520.32621450.279813031448100
3.2052-3.3510.29781450.258313001445100
3.351-3.52760.31441420.250612761418100
3.5276-3.74860.30631440.241513001444100
3.7486-4.03780.2871460.235113141460100
4.0378-4.44390.28771450.215312941439100
4.4439-5.08620.24321470.213913191466100
5.0862-6.40540.28921470.242613261473100
6.4054-46.22060.21111550.19531398155399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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