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- PDB-5glh: Human endothelin receptor type-B in complex with ET-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5glh
タイトルHuman endothelin receptor type-B in complex with ET-1
要素
  • Endothelin Receptor Subtype-B
  • Peptide from Endothelin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / chordate pharynx development / rhythmic excitation / neuroblast migration / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / endothelin receptor activity / peptide hormone secretion ...enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / chordate pharynx development / rhythmic excitation / neuroblast migration / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / endothelin receptor activity / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / aldosterone metabolic process / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / neural crest cell fate commitment / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / noradrenergic neuron differentiation / histamine secretion / positive regulation of penile erection / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte activation / maternal process involved in parturition / rough endoplasmic reticulum lumen / posterior midgut development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / body fluid secretion / positive regulation of sarcomere organization / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / positive regulation of cation channel activity / heparin proteoglycan metabolic process / Weibel-Palade body / podocyte differentiation / response to ozone / endothelin receptor signaling pathway / renal sodium excretion / developmental pigmentation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / response to leptin / response to sodium phosphate / axonogenesis involved in innervation / glomerular filtration / renin secretion into blood stream / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / renal sodium ion absorption / renal albumin absorption / artery smooth muscle contraction / positive regulation of prostaglandin secretion / cellular response to luteinizing hormone stimulus / protein transmembrane transport / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / cellular response to mineralocorticoid stimulus / regulation of pH / positive regulation of smooth muscle contraction / melanocyte differentiation / vasoconstriction / respiratory gaseous exchange by respiratory system / positive regulation of renal sodium excretion / enteric nervous system development / basal part of cell / peripheral nervous system development / type 1 angiotensin receptor binding / response to salt / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of hormone secretion / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / regulation of epithelial cell proliferation / signal transduction involved in regulation of gene expression / axon extension / dorsal/ventral pattern formation / embryonic heart tube development / cellular response to toxic substance / cellular response to fatty acid / cartilage development / : / establishment of endothelial barrier / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of urine volume / negative regulation of protein metabolic process / superoxide anion generation / cellular response to glucocorticoid stimulus / nitric oxide transport / neural crest cell migration / response to dexamethasone / response to pain / branching involved in blood vessel morphogenesis / middle ear morphogenesis / response to testosterone / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy
類似検索 - 分子機能
Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Phage lysozyme ...Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Endothelin-1 / Endothelin receptor type B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shihoya, W. / Nishizawa, T. / Okuta, A. / Tani, K. / Fujiyoshi, Y. / Dohmae, N. / Nureki, O. / Doi, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Activation mechanism of endothelin ETB receptor by endothelin-1.
著者: Shihoya, W. / Nishizawa, T. / Okuta, A. / Tani, K. / Dohmae, N. / Fujiyoshi, Y. / Nureki, O. / Doi, T.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelin Receptor Subtype-B
B: Peptide from Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4552
ポリマ－58,4552
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.970, 172.970, 109.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Endothelin Receptor Subtype-B


分子量: 55956.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDNRB / プラスミド: modified pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24530*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Endothelin-1 / Preproendothelin-1 / PPET1


分子量: 2497.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05305
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: PEG 400, MES, (NH4)2SO4, 1,4-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 17421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 70.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1543 / Net I/av σ(I): 14.63 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / CC1/2: 0.975 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSdata processing
精密化解像度: 2.8→46.214 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 1741 10 %
Rwork0.2336 15662 -
obs0.2379 17403 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.43 Å2 / Biso mean: 84.5266 Å2 / Biso min: 31.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→46.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 0 4 3643
Biso mean---76.23 -
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4725072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1432209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-2.88250.34311420.319412741416100
2.8825-2.97550.37891420.328812761418100
2.9755-3.08180.36441410.292512821423100
3.0818-3.20520.32621450.279813031448100
3.2052-3.3510.29781450.258313001445100
3.351-3.52760.31441420.250612761418100
3.5276-3.74860.30631440.241513001444100
3.7486-4.03780.2871460.235113141460100
4.0378-4.44390.28771450.215312941439100
4.4439-5.08620.24321470.213913191466100
5.0862-6.40540.28921470.242613261473100
6.4054-46.22060.21111550.19531398155399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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