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- PDB-5glg: The novel function of Osm1 under anaerobic condition in the ER wa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5glg
タイトルThe novel function of Osm1 under anaerobic condition in the ER was revealed by crystal structure of Osm1, a soluble fumarate reductase in yeast
要素Fumarate reductase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / OSM1 / Fumarate Reductase / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate reductase (NADH) / fumarate reductase (NADH) activity / FAD metabolic process / protein folding in endoplasmic reticulum / FMN binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Flavocytochrome c / : / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / SUCCINIC ACID / Fumarate reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Park, H.H. / Choi, J.Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular basis of maintaining an oxidizing environment under anaerobiosis by soluble fumarate reductase.
著者: Kim, S. / Kim, C.M. / Son, Y.J. / Choi, J.Y. / Siegenthaler, R.K. / Lee, Y. / Jang, T.H. / Song, J. / Kang, H. / Kaiser, C.A. / Park, H.H.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4993
ポリマ－51,5961
非ポリマー9042
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.638, 109.274, 49.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fumarate reductase 2 / FRDS2 / NADH-dependent fumarate reductase / Osmotic sensitivity protein 1 / Soluble fumarate ...FRDS2 / NADH-dependent fumarate reductase / Osmotic sensitivity protein 1 / Soluble fumarate reductase / mitochondrial isozyme


分子量: 51595.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: OSM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21375, fumarate reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG4000, 0.1M Tris, 0.2 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 164160 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 33.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→28.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.914 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21365 1956 5 %RANDOM
Rwork0.17937 ---
obs0.18111 36796 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→28.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3617 0 61 110 3788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0351.9895054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96638384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4225470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11725.329152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84315683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8411516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2912.1591883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2882.1581882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.133.232352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.133.232353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4062.5711854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4052.571855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9613.6962703
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.22918.4954290
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.21718.4694270
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 140 -
Rwork0.205 2526 -
obs--90.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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